L'agarosio è un colloide idrofilo galattanico lineare purificato estratto da agar o alghe contenenti agar. Strutturalmente, è un polimero lineare composto da β-D-galattopiranosile (1-4) legato a residui di 3,6-anidro-α-L-galattopiranosile. Come reagente in gel, è comunemente utilizzato per analisi di routine di acidi nucleici tramite elettroforesi su gel o metodi di blotting (come Northern o Southern), ed è anche adatto per applicazioni proteiche, come esperimenti di immunodiffusione radiale (RID).
L'elettroforesi su gel di agarosio è un metodo elettroforetico che utilizza l'agarosio come mezzo di supporto, tra cui la preparazione del gel, il caricamento del campione e l'elettroforesi. La principale differenza nel principio di analisi rispetto all'elettroforesi su altri materiali di supporto è che ha un duplice ruolo di "setaccio molecolare" ed "elettroforesi". Quando il gel viene posto in un campo elettrico, gli acidi nucleici carichi migrano attraverso i pori del gel verso il polo positivo. Dopo l'elettroforesi in diverse condizioni per un periodo di tempo appropriato, frammenti di acido nucleico di diverse dimensioni e conformazioni saranno localizzati in diverse posizioni nel gel, ottenendo così la separazione.
Fig.1 Fasi per il funzionamento dell'esperimento di elettroforesi degli acidi nucleici
Fig.2 Diagramma della direzione della migrazione dell'elettroforesi
Come scegliere l'agarosio giusto?
Giudicare in base ai parametri di base dell'agarosio:
- Contenuto di solfati: indicatore di purezza;
- Resistenza del gel: la forza esterna necessaria per rompere il gel;
- Punto di gelificazione: la temperatura alla quale una soluzione di agarosio solubile in acqua forma un gel durante il raffreddamento;
- Elettroendosmosi (EEO): un tipo di movimento elettrocinetico in cui i liquidi penetrano nel gel. I gruppi anionici all'interno del gel di agarosio si adsorbono sulla matrice e non migrano, ma i cationi dissociati migreranno verso il polo negativo, generando così elettroosmosi. Poiché la migrazione elettroforetica dei campioni di solito si sposta verso il polo positivo, la convezione interna causata dall'EEO può interferire con l'efficienza di separazione. In base ai parametri di base dell'agarosio, un gel di agarosio di alta qualità dovrebbe avere pori trasparenti, essere meno incline alla rottura e avere caratteristiche quali elevata purezza (basso contenuto di solfati), elevata resistenza del gel, punto di gel relativamente alto (rapida solidificazione a temperatura ambiente) e basso EEO.
Giudicare in base all'intervallo di separazione dell'agarosio:
I gel di agarosio hanno un ampio intervallo di separazione e sono comunemente usati per il recupero del gel di DNA, la separazione del DNA e per confermare se il DNA è ricombinato e se i plasmidi e simili sono tagliati e aperti. Diverse dimensioni dei frammenti target corrispondono a diverse concentrazioni di agarosio. In base al principio secondo cui un'alta concentrazione è adatta per separare piccoli frammenti, puoi fare riferimento alla seguente tabella per trovare la concentrazione di gel ottimale che si adatta alle tue esigenze.
| Concentrazione di agarosio (%) | ≥3 | 2-3 | 1-2 | 0,7-1 | ≤0.7 |
| Dimensione del frammento di DNA (bp) | ≤200 | 200-700 | 700-1500 | 1500-5000 | ≥5000 |
SÌ ... Agarosio di alta qualità: copre una varietà di scenari applicativi per soddisfare le tue esigenze
| Nome del prodotto | Numero di prodotto | Specifiche del prodotto | Scenario applicativo |
| 10208ES60/76 | 100 gr / 500 gr | Elettroforesi di routine degli acidi nucleici |
Vantaggi del prodotto
Bassa elettroendosmosi (EEO ≤ 0,13), con conseguente eccellente separazione delle bande, chiara distinzione e migrazione più rapida.
I pori del gel sono trasparenti e dritti, hanno un'elevata resistenza e sono meno inclini a rompersi.
Metodo di utilizzo dell'agarosio di alta qualità
La concentrazione del gel di agarosio è solitamente scelta tra lo 0,7% e il 2%. Maggiore è la concentrazione, minore è la dimensione dei pori molecolari del gel, più lenta è la velocità di migrazione del DNA e maggiore è la risoluzione. Al contrario, minore è la concentrazione, maggiore è la velocità di migrazione del DNA e minore è la risoluzione. Scegli la concentrazione di gel appropriata e il tampone di elettroforesi compatibile in base a diversi scopi sperimentali.
| Concentrazione di agarosio | Intervallo di separazione efficace (bp) | Buffer consigliato |
| 0,5% | 2.000-50.000 | 1×TAE |
| 0,8% | 800-10.000 | 1×TAE |
| 1,0% | 400-8.000 | 1×TAE |
| 1,2% | 300-7.000 | 1×TAE |
| 1,5% | 200-3.000 | 1×TAE/0,5×TBE |
| 2.0% | 100-2.000 | 1×TAE/0,5×TBE |
| 3,0% | 25-1.000 | 0,5×TBE |
Letteratura pubblicata (parziale)
- Li Z, Wang M, Fang H, et al. L'adsorbimento dell'interfaccia solido-liquido di plasmidi di resistenza agli antibiotici indotto da nanoplastiche aggrava l'inquinamento genetico negli ecosistemi acquatici. Environ Pollut. 2023. doi:10.1016/j.envpol.2022.120456.SE=10,366(10208ES)
- Wang M, Zhang S, Zheng G, et al. La mutazione Gain-of-Function di Card14 porta a un'infiammazione cutanea spontanea simile alla psoriasi attraverso una risposta dei cheratinociti migliorata all'IL-17A. Immunità. 2018;49(1):66-79.e5. doi:10.1016/j.immuni.2018.05.012.SE=19.734
- Zhang Y, Ding H, Wang X, et al. MK2 promuove la degradazione di Tfcp2l1 tramite ubiquitina ligasi β-TrCP per regolare l'auto-rinnovamento delle cellule staminali embrionali del topo. Cell Rep. 2021;37(5):109949. doi:10.1016/j.celrep.2021.109949.SE=9.423
- Zhu Z, Zhang L, Sheng R, Chen J. Nanosistema di erogazione di siRNA di lipidi cationici del colesterolo basato su microfluidica: silenziamento genico in vitro altamente efficiente e comportamento intracellulare. Int J Mol Sci. 2022;23(7):3999. Pubblicato il 3 aprile 2022. doi:10.3390/ijms23073999.SE=19.924
- Zhao C, Yang D, Ye Y, et al. L'inibizione della chinasi Pim-2 da parte di LT-171-861 promuove danni al DNA e mostra effetti letali potenziati con inibitore PARP nel mieloma multiplo. Biochem Pharmacol. 2021;190:114648. doi:10.1016/j.bcp.2021.114648.SE=5.858
- Yu J, Yang W, Xing S, et al. Oro miscelato/MnO2@BSA nanoparticelle per la determinazione fluorometrica e a risonanza magnetica dell'acido ascorbico. Mikrochim Acta. 2019;186(2):89. Pubblicato il 10 gennaio 2019. doi:10.1007/s00604-018-3205-8.SE=5.479
- Zheng X, Xu W, Sun R, Yin H, Dong C, Zeng H. Sinergismo tra l'inibitore della tioredossina reduttasi etaselene e selenito di sodio nell'inibizione della proliferazione e nell'induzione della morte delle cellule del cancro polmonare non a piccole cellule umano. Chem Biol Interact. 2017;275:74-85. doi:10.1016/j.cbi.2017.07.020.SE=5.194
- Zhou J, Xiong R, Zhou J, et al. Coinvolgimento del fattore regolatore m6A IGF2BP1 nella trasformazione maligna delle cellule epiteliali bronchiali umane Beas-2B indotta dal cancerogeno del tabacco NNK. Toxicol Appl Pharmacol. 2022;436:115849. doi:10.1016/j.taap.2021.115849.SE=5.219
- Zhou Y, Liu J, Cai S, Liu D, Jiang R, Wang Y. Effetti protettivi del ginsenoside Rg1 sulle cellule ematopoietiche Sca-1⁺ invecchiate. Mol Med Rep. 2015;12(3):3621-3628. doi:10.3892/mmr.2015.3884.SE=5.952
Guida alla selezione dei prodotti correlati
| Posizionamento del prodotto | Nome del prodotto | Numero di prodotto | Specifiche del prodotto | Scenario applicativo |
| Colorazioni di acidi nucleici | Colorante per gel di acido nucleico YeaRed (10.000× in acqua) | 10202ES76 | 500 microlitri | Solubile in acqua, con le stesse caratteristiche spettrali dell'EB, rilevato con eccitazione luminosa UV a 300 nm. |
| Marcatore del DNA | 10501ES60/80 | 100 T/10×100 T | 100-2000 punti base | |
| Marcatore DNA GoldBand DL5000 | 10504ES60/80 | 100 T/10×100 T | 100-5000 punti base | |
| 10507ES60/80 | 100 T/10×100 T | 100-1.500 punti base | ||
| 10510ES60/80 | 100 T/10×100 T | 250-12.000 punti base |