——Più genotipizzazione, meno tempo e meno reagenti
La genotipizzazione basata sulla PCR e altri esperimenti spesso richiedono la purificazione del DNA genomico dai campioni. Quando ci sono molti campioni da testare, il processo di purificazione del DNA genomico è dispendioso in termini di tempo, ripetitivo e costoso. YEASEN Biology ha sviluppato una serie di prodotti Direct PCR Kit modificando la Taq DNA polimerasi e ottimizzando il sistema di reazione PCR, eliminando la necessità di purificazione genomica.
PCR intelligente: PCR diretto
Il kit Direct PCR di YEASEN parte direttamente dal campione, utilizzando quantità minime di campioni grezzi (Figura 1-A) o i loro prodotti lisati (Figura 1-B) senza purificazione genomica come modelli per la genotipizzazione basata su PCR (Figura 1). Rispetto alla genotipizzazione basata su PCR convenzionale, il kit Direct PCR utilizza meno campione, è facile da usare, ha un basso costo sperimentale e consente il rilevamento del campione ad alta produttività.
Fig.1 Flusso di lavoro di amplificazione PCR diretta
A. Metodo diretto: prelevare una piccola quantità del campione e aggiungerla direttamente al PCR Master Mix per l'identificazione tramite PCR.Vantaggi tecnici
Diretto: non è necessario procedere a una dispendiosa e lunga purificazione del DNA.
Veloce: la preparazione del modello viene completata in 10 minuti e la reazione PCR viene completata in appena 30 minuti.
Semplice: i campioni possono essere lisati senza bisogno di tagliarli o macinarli e la miscela PCR è in forma premiscelata, riducendo il numero di passaggi di pipettaggio.
Risparmio: ridotta quantità di materiali utilizzati.
Elevata produttività: le reazioni di lisi possono essere completate in una piastra a 96 pozzetti.
Resistente all'inibizione: tollerante a vari campioni animali e vegetali.
Processo sperimentale del kit PCR diretto
Questa serie di prodotti utilizza un esclusivo sistema di lisi della proteasi per lisare i campioni. La soluzione di lisi può essere utilizzata direttamente come modello e abbinata al PCR Master Mix fornito nel kit per l'amplificazione genica.
Fig.2 Processo di esperimento PCR diretto sui tessuti del topo
Fico.3 Processo di esperimento PCR diretto sul tessuto vegetale
Tabella di selezione dei prodotti PCR diretti
| Serie di prodotti | PCR diretta del topo di seconda generazione | |||
| Numero di prodotto | 10189ES | 10185ES | 10188ES | 10187ES |
| Specifiche | 20T/50T/200T/500T | 50 tonnellate/200 tonnellate | 20T/50T/200T/500T | 50 tonnellate/200 tonnellate |
| Caratteristiche | ||||
| Lunghezza dell'amplicone | ≤5Kb | ≤1Kb | ≤8Kb | ≤1Kb |
| Tempo di estensione (s/kb) | 3-20 secondi | 30 secondi | ≤2 kb: 3-5 secondi ≤8kb: 10 secondi | anni 60 |
| Organismi applicabili | Topi, ratti | Topi, ratti | Umani, topi, capre, polli, maiali, ecc. | Riso, mais, tabacco, colza, grano, soia, ecc. |
| Tipi di tessuto/materiale applicabili | Coda di topo, orecchio di topo, dita (con muscoli) e altri organi | Coda di topo, orecchio di topo, dita (con muscoli) e altri organi | Sangue fresco contenente anticoagulanti comuni come EDTA, eparina, citrato, sangue refrigerato (congelato) e macchie di sangue essiccato commerciali come Whatman903® e accordo di libero scambio® | Foglie tenere, Foglie vecchie, Piantine, Steli teneri |
| Esempio di utilizzo | Tessuto: 5 mg Coda di topo: 1-5 mm | Tessuto: 5-10 mg Coda di topo: 1-5 mm | Sangue intero: 0.5%-20% Whatman® macchie di sangue essiccato: 1 mm2 | Foglia: 1-10 mm Seme: 1-3 mm |
| Tempo di rilascio genomico | 5-10 minuti | 15 minuti | 0-3 minuti | Da 0 a 10 minuti |
| Struttura finale del prodotto | Estremità smussate | Estremità smussate | Estremità smussate | Estremità smussate |
| Temperatura di ricottura | Temperatura -(2~5)℃ | Temperatura -(2~5)℃ | Temperatura -(1~2)℃ | Temperatura -(2~5)℃ |
| Intervallo di ritaglio GC | 29-70% | 30-70% | 30-75% | 40-65% |
| Attività esonucleasica 5'-3' | SÌ | SÌ | SÌ | SÌ |
| Applicazioni | ||||
| Genotipizzazione | SÌ | SÌ | SÌ | SÌ |
| PCR multipla | Fino a 5x |
| Fino a 3-4x |
|
| Amplificazione diretta del campione | SÌ | SÌ | SÌ | SÌ |
| Altre caratteristiche | ||||
| Indicatore di elettroforesi | Incolore | Blu | Incolore | Blu |
| Avvio a caldo | SÌ | SÌ | SÌ | SÌ |
| Premiscelato/Kit | Kit (con mix) | Kit (con mix) | Kit (con Mix+tampone) | Kit (con mix) |
Vantaggi del prodotto
La Taq DNA Polimerasi modificata è la garanzia della PCR diretta: ha una super tolleranza agli inibitori.
Quando campioni non purificati vengono utilizzati come modelli, vengono introdotti molti componenti che inibiscono le reazioni PCR. È difficile ottenere risultati ideali, o addirittura impossibile eseguire l'amplificazione PCR, con normali sistemi di reazione PCR e Taq DNA polimerasi. Il PCR Mix in questa serie di kit è un premiscelato ottimizzato per formula, che utilizza una Taq DNA polimerasi modificata, che aumenta la capacità di legame al DNA modello e ha una maggiore tolleranza ai comuni inibitori PCR, avendo quindi una più ampia adattabilità del modello.
Fig.4 La miscela PCR nel kit PCR diretto ha una maggiore tolleranza alle impurità. La stessa quantità di template viene utilizzata per la PCR con diversi PCR Mix e vengono aggiunte al sistema diverse concentrazioni di inibitori della reazione PCR. Viene confrontata la quantità di prodotti PCR in diverse condizioni.
EFACILITARE ha sviluppato una serie di prodotti per diversi campioni:
- I. Tipo specifico di roditore: Mouse Tissue Direct PCR Kit Plus (10189ES)
Campioni applicabili: tessuti di topo (come coda di topo, orecchio di topo, dita di topo, ecc.)
- Elevata efficienza di amplificazione (lunghezza, velocità, compatibilità GC)
Fig.5 Il Mouse Tissue Direct PCR Kit Plus amplifica i lisati da tessuti diversi. 1: Plasmide; 2: Orecchio di topo; 3: Coda di topo; 4: Fegato. Condizioni di lisi: lisi a 70°C per 10 min, inattivazione a 95°C per 5 min. I frammenti target sono 1 chicco, 2 chilo, 3 kb, e 6 kb, con tempi di estensione impostati rispettivamente su 3, 5, 10 e 20 sec/kb. M: 10510ES60 (YEASEN).
- Ampia compatibilità con i modelli (10189ES)
Figura 6 Il Mouse Tissue Direct PCR Kit Plus è stato utilizzato per lisare direttamente (70°C per 10 min) e amplificare le cellule umane 293 (1), saliva (2) e tessuto del cuoio capelluto (3). Tutti i campioni hanno mostrato bande bersaglio chiare, M: 10510ES60 (YEASEN).
- II. Tipo universale di sangue multispecie: kit PCR diretto avanzato del sangue (10188ES)
- Lunghezza di amplificazione fino a 8 kb
Fig.7 Frammenti di DNA di diverse lunghezze sono stati amplificati direttamente dal sangue intero umano utilizzando il Blood Advanced Direct PCR Kit. I campioni di sangue sono stati conservati a -20℃ con EDTA come anticoagulante. La concentrazione del modello di sangue era del 10% e il tempo di estensione è stato impostato su 10 sec/kb. M: 10510ES60 (YEASEN).
- Alta tolleranza
Figura 8 A: Il Blood Advanced Direct PCR Kit viene utilizzato per amplificare un frammento di DNA da 2 kb con un contenuto di GC del 71% direttamente da sangue intero umano anticoagulato con EDTA. La concentrazione del modello di sangue è impostata a gradiente da 0,5-50% e il tempo di estensione è impostato a 10 sec/kb. B: Il Blood Advanced Direct PCR Kit viene utilizzato per amplificare un frammento di DNA da 2,2 kb con un contenuto di GC del 67% direttamente da sangue intero di topo anticoagulato con EDTA. La concentrazione del modello di sangue è impostata da 0,5-50% e il tempo di estensione è di 10 sec/kb. M: 10510ES60 (YEASEN).
- III. Tipo specifico della pianta: Kit PCR diretto sui tessuti vegetali (10187ES)
- Verificato con più tipi di campioni vegetali
Fig.9 Risultati di amplificazione diretta da tessuti fogliari di diversi tipi di piante. M: ladder di DNA da 100 bp. C: DNA genomico purificato dalle piante corrispondenti come stampo. 1-2: Lisato di tessuto fogliare come stampo. Numero di cicli: 30 cicli.
Caso del cliente
- I. Identificazione del genotipo del topo
Un'azienda biologica a Guangzhou:
Fig.10 Amplificazione della coda del topo utilizzando il Mouse Direct PCR Kit (10189ES). Gene bersaglio: 500 bp; Tempo di lisi: 10 min; Sistema di reazione PCR: 25 μL, tempo di estensione: 5 sec/kb.
- II.Amplificazione diretta del gene del riso
XX Università
Fig.11 Il kit Plant Direct PCR (10187ES) viene utilizzato per amplificare i geni correlati al riso.
Reuforico Pprodotti
| Posizionamento del prodotto | Nome del prodotto | Numero di prodotto | Specifiche del prodotto |
| Agarosio di alta qualità | 10208ES60/76 | 100g/500g | |
| Macchie di acidi nucleici (sotto luce UV) | Colorante per gel di acido nucleico YeaRed (10.000× in acqua) | 10202ES76 | 500 microlitri |
| Aggiornamento rapido della PCR, può essere una PCR di colonia ed è adatta per l'amplificazione di modelli complessi | 10167ES03/08 | 1 ml/5×1 ml |