Descrizione
Hieff NGS™ MaxUp Human rRNA Depletion Kit (rRNA e ITS/ETS) è progettato per rimuovere rRNA e 45S ITS/ETS dall'RNA totale umano, di topo e di ratto in base al flusso di lavoro basato su RNase H e per trattenere mRNA e altri RNA non codificanti. Questo kit è adatto sia per campioni di RNA intatti che parzialmente degradati (ad esempio, RNA FFPE). Poiché i campioni FFPE degradati contengono solitamente una percentuale maggiore di ITS/ETS rispetto ai campioni di tessuto fresco, questo kit aggiunge sonde nella regione Human 45S ITS/ETS e la rimozione di ITS può aumentare significativamente la percentuale di dati validi nei dati grezzi.
Caratteristiche
- Forte specificità: rimuovere specificamente rRNA e ITS/ETS dai campioni umani, in particolare per i campioni FFPE
- Elevata compatibilità della quantità iniziale del modello: applicabile a campioni da 100 ng~1μg
- Elevato effetto di rimozione: per rRNA, ITS ed ETS nei campioni umani, di topo e di ratto, l'effetto di rimozione è superiore al 95%
- Qualità stabile: rigoroso controllo di qualità delle prestazioni e della stabilità dei lotti
Applicazioni
- Ricerca sull'espressione genica
- Analisi di splicing alternativo
- Rilevamento e scoperta di RNA non codificanti
- identificazione dei siti di poliadenilazione selettiva
- Rilevamento del gene di fusione
Specifiche
| Tecnologia di esaurimento | RNasi H |
| Tipo di campione | RNA totale di esseri umani, topi e ratti |
| Tipo di prodotto finale | mRNA e altri RNA non codificanti |
| Numero di reazioni | Preparativi 24/96 |
| Quantità di materiale di partenza | 100 ng~1 μg di RNA totale |
| Bersaglio | Rimuovere rRNA e 45S ITS/ETS dall'RNA totale umano |
Componenti
| Componenti n. | Nome | 12257ES24 (24T) | 12257ES96 (96T) |
| 12257-A | Tampone di ibridazione | 72 microlitri | 288 microlitri |
| 12257-B | Miscela di sonde (rRNA e ITS/ETS) | 48 microlitri | 192 microlitri |
| 12257-C | Tampone RNasi H | 72 microlitri | 288 microlitri |
| 12257-D | RNasi H | 48 microlitri | 192 microlitri |
| 12257-E | Tampone DNasi I | 660 microlitri | 2×1320 μL |
| 12257-F | DNasi I | 60 microlitri | 240 microlitri |
Spedizione e stoccaggio
Tutti i componenti vengono spediti con ghiaccio secco e possono essere conservati a una temperatura compresa tra -15℃ e -25℃ per un anno.
Cifre
- Specificità della rimozione dell'rRNA
Per i campioni convenzionali, rRNA e ITS/EST possono essere rimossi di oltre il 98%, mentre per i campioni FFPE con integrità di circa il 50%, rRNA e ITS/EST possono essere rimossi di oltre il 95%. Allo stesso tempo, anche i campioni FFPE con scarsa integrità possono essere rimossi efficacemente.
Tabella 1. Effetto della specificità della rimozione dell'rRNA
| RNA qualità | Rimozione schema | Ingresso | RNA ricostituito (%) | ITS/ETS (%) | Mappatura (%) |
| 293T RNA; RIN=10 | rimuovere RNA ricostituito | 1 μg | 0,19 | 4.6 | 98,28 |
| rimuovere RNA ricostituito E ITS/ETS | 1 μg | 0,15 | 0,04 | 98,79 | |
| FFPE RNA; DV200 =90% | rimuovere RNA ricostituito | 500 ng | 0,23 | 4.75 | 95,35 |
| rimuovere RNA ricostituito E ITS/ETS | 500 ng | 0,21 | 0,02 | 95,42 | |
| FFPE RNA; DV200 =50% | rimuovere RNA ricostituito | 500 ng | 1.4 | 16.28 | 95,57 |
| rimuovere RNA ricostituito E ITS/ETS | 500 ng | 0,56 | 0,11 | 95,51 | |
| FFPE RNA; DV200 =20% | rimuovere RNA ricostituito | 1 μg | 0,35 | 67,61 | 58,4 |
| rimuovere RNA ricostituito E ITS/ETS | 1 μg | 0,79 | 0,84 | 60,35 |
Nota: sono stati utilizzati diversi campioni di RNA umano per rimuovere rRNA o rRNA e ITS/ETS e per costruire librerie con il kit RNA library Prep dopo ITS/ETS. Le proporzioni di rRNA e ITS/ETS nei dati offline sono state analizzate tramite sequenziamento.
- Prestazioni dei dati di sequenziamento
Tabella 2.Prestazioni dei dati di sequenziamento
| Campione | DV200 | Kit | Pulito Domanda 20 (%) | Pulito Domanda 30 (%) | Pulito GC (%) | RNA ricostituito (%) | ITS/ETS (%) | unico(%) |
| 1 | 24% | SÌ ... Gatto#12257 | 96,75 | 92.68 | 57.05 | 4.58 | 2.42 | 96,90 |
| 2 | 40% | 96,56 | 92.42 | 55.31 | 1.93 | 0,63 | 96,45 | |
| 3 | 53% | 97.4 | 93.52 | 45.19 | 0,23 | 0,01 | 98.08 | |
| 4 | 76% | 97,67 | 93,78 | 51.28 | 0,44 | 0,01 | 93.63 |
[1] Tian S, Zhang B, He Y, et al. CRISPR-iPAS: un nuovo metodo basato su dCAS13 per l'interferenza alternativa della poliadenilazione. Nucleic Acids Res. 2022;50(5):e26. doi:10.1093/nar/gkac108(IF:16.971)
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Indagine
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