核酸汚染は長い間、分子診断技術の進歩における大きな障害となってきました。より感度の高い診断方法が開発されるにつれて、酵素とタンパク質のより高い純度に対する需要が高まっています。タンパク質生産における重要な課題の 1 つは、核酸汚染を効果的に除去することです。核酸が存在すると、タンパク質の機能と活性が損なわれ、非特異的結合、酵素活性阻害、バックグラウンド信号の増加などの問題につながる可能性があり、最終的には診断結果の精度に影響を及ぼします。

その結果、タンパク質生産中に核酸を除去するための効率的なプロセスを開発することが非常に重要かつ不可欠です。

Yeasen Biotechnology は、長年の技術研究を経て、効率的な核酸除去のための閉鎖統合法を開発しました。このプロセスは、細胞透過性を最適化し、陰イオン陽イオン交換カラム精製、精密濾過、限外濾過のステップを組み込んでおり、残留物のプロセス全体のモニタリングも含まれています。この統合アプローチにより、核酸汚染が最大限に除去され、DNA 残留物が極めて少ない分子酵素の精製が可能になります。

タンパク質生産における DNA 汚染を防ぐための包括的戦略

DNA 汚染は生物学的製品の製造において広く問題となっており、製品の純度、品質、実験結果の正確性に重大な影響を及ぼします。タンパク質調製物に DNA が存在すると、実験結果が不正確になり、データが歪曲され、偽陽性の可能性が増加する可能性があります。タンパク質製造に携わる研究者や製造業者にとって、DNA 汚染を防止および軽減するための効果的な戦略を実施することは不可欠です。この記事では、DNA 汚染、特に空気汚染を回避する方法を検討し、タンパク質サンプルから DNA を効果的に除去する方法を概説します。


I.空気中のDNA汚染の防止

空気中の DNA 汚染は、特に微生物や微粒子の制御が不可欠な環境では、タンパク質生産において依然として重大な懸念事項です。空気中の DNA 汚染のリスクを最小限に抑えるには、次の戦略を採用する必要があります。

1.クリーンルーム環境の確立

クリーンルームでタンパク質生産を行うと、DNA 汚染を引き起こす可能性のある浮遊粒子や微生物を最小限に抑えるために必要な制御された環境が提供されます。クリーンルームは、汚染物質のない雰囲気を確保するために、特定の清浄度基準を満たす必要があります。

2. HEPAフィルターシステムを導入する

HEPA フィルターを備えた空気清浄システムは、ほこり、微生物汚染物質、DNA 断片などの空気中の微粒子を捕捉するために不可欠です。これらのフィルターは、生産施設全体できれいな空気を維持するのに役立ちます。

3.正圧環境を維持する

正圧環境は、制御された空間の外部からの汚染された空気の侵入を防ぎます。外部環境と比較して生産エリア内の気圧を高く維持することで、空気の漏れが侵入ではなく、空気の流出につながることを保証します。

4.日常的な清掃と消毒の手順

ヌクレアーゼや塩素系クリーナーなどの適切な消毒剤を使用して製造エリアを定期的に清掃すると、空気中の DNA を分解し、汚染のリスクを軽減できます。これは、頻繁に触れるエリアやタンパク質製造装置に近い表面では特に重要です。

5.人事異動を制限する

クリーンルーム環境内での人員の移動を最小限に抑えることで、人間の接触による汚染物質の持ち込みの可能性が減ります。指定された人員は、曝露を制御するために入退出に関する厳格なプロトコルに従う必要があります。

6.空気質の監視

微生物数や粒子レベルなど、クリーンルーム内の空気の質を監視することは、生産基準への継続的な準拠を保証するために不可欠です。空気サンプラーと粒子カウンターを使用して、環境の清浄度を評価することができます。

7.使い捨て材料を採用する

タンパク質生産に使い捨て消耗品を使用すると、再利用可能な機器でよくある交差汚染のリスクが大幅に軽減されます。

8.閉鎖型生産プロセス

バイオリアクターや密閉チャンバーなどの閉鎖系システムでは、開放環境への露出が最小限に抑えられます。これにより、特に発酵やタンパク質精製などの重要な段階で、空気からの DNA 汚染のリスクが軽減されます。

9.エアロゾルの発生を避ける

タンパク質製造中にエアロゾルが形成されると、空気中の DNA の拡散が促進される可能性があります。液体を慎重に取り扱い、撹拌せずに移送するなどの予防措置を講じることで、エアロゾルの形成を最小限に抑えることができます。

10.ヌクレアーゼの使用

使用前と使用後に表面と機器をヌクレアーゼで処理すると、細胞溶解や濾過などのプロセス後に残る可能性がある残留 DNA を分解できます。

11.環境隔離を実施する

タンパク質の精製や配合などの高リスク操作の場合、アイソレーターやグローブボックスを使用すると、空気中の汚染物質からプロセスを隔離し、保護層を追加できます。

12.専用機器とツール

タンパク質生産専用の装置を使用することで、他のプロセスで DNA や核酸にさらされた可能性のあるツールや器具による交差汚染を防ぐことができます。

13.緊急汚染対応計画

偶発的な DNA 汚染を管理するには、効果的な対応計画を策定する必要があります。プロトコルには、汚染の拡散を防ぎ、汚染の影響を最小限に抑えるための迅速な識別、封じ込め、修復手順が含まれている必要があります。

14.従業員研修

DNA 汚染のリスクと適切な取り扱い技術の重要性について担当者を継続的にトレーニングすることで、ベストプラクティスの実装と汚染管理プロトコルの遵守が保証されます。

II.タンパク質からのDNA汚染の除去

タンパク質の精製中、残留 DNA 汚染を除去することは、タンパク質の品質を維持するために重要です。タンパク質サンプルから DNA を除去するために、一般的にいくつかの手法が使用されています。

1.穏やかな細胞溶解法

非破壊溶解バッファーを使用すると、DNA の破壊を最小限に抑えながらタンパク質を放出できます。このアプローチにより、DNA の無差別破壊が回避され、タンパク質サンプルが汚染される可能性が減ります。

2.最適化された溶解条件

細胞溶解中に pH やイオン強度などの要素を調整することで、DNA が可溶化されるのを防ぎ、結果として得られるサンプル中の汚染 DNA の量を減らすことができます。

3.ヌクレアーゼ阻害

フェニルメチルスルホニルフルオリド (PMSF) などのプロテアーゼ阻害剤を使用すると、細胞内のヌクレアーゼの活性を防ぐことができ、溶解中に DNA をより制御された選択的な分解が可能になります。

4.浸透圧ショック

浸透圧ショックとは、浸透圧の急激な差がある溶液に細胞を置くことで細胞を溶解する穏やかな方法です。これにより DNA の放出が抑えられ、よりクリーンなタンパク質調製が可能になります。

5.酵素分解

リゾチームなどの酵素を使用して細菌細胞壁を分解することは、細胞膜のみを標的とする制御された溶解方法であり、細胞の内容物の放出中に DNA が汚染されるリスクを軽減します。

6.溶解後の処理

細胞が溶解したら、サンプルをすぐに冷却することでヌクレアーゼ活性を低下させることができます。そうしないと、溶液中の DNA のさらなる分解につながります。

III.核酸除去の高度な方法

下流処理でクロマトグラフィーまたはアフィニティーベースの方法を利用すると、タンパク質調製物から微量の DNA 汚染物質をさらに除去できます。 陰イオン交換クロマトグラフィーと陽イオン交換クロマトグラフィーは、タンパク質サンプルから DNA 汚染を除去するための 2 つの確立された技術です。どちらも、核酸と帯電表面の相互作用を利用して DNA を選択的に除去します。

1.陰イオン交換カラム

陰イオン交換カラムは、正に帯電した固定相を使用して、負に帯電した核酸を引き寄せて結合します。溶出バッファーの塩濃度を調整することで、タンパク質調製物から核酸を選択的に除去できます。

2.陽イオン交換カラム

特定の条件下では、陽イオン交換カラムを使用して核酸を除去することもできます。塩濃度を上げるか pH を変更することで、核酸を競合的にカラムから溶出させることができます。

3.限外濾過

限外濾過では、選択的な膜濾過を使用してタンパク質を核酸から分離し、精製段階で DNA が効果的に除去されるようにします。

4.ゲル濾過クロマトグラフィー

ゲル濾過は、分子をサイズに基づいて分離するサイズ排除クロマトグラフィー技術です。核酸はタンパク質よりも大きいため、効果的に分離され、純粋なタンパク質サンプルが残ります。

IV.職員からのDNA汚染の削減

タンパク質生産プロセスに DNA 汚染が持ち込まれる可能性については、人員が大きな役割を果たします。次の対策により、このリスクを軽減できます。

1.総合的な人材育成

すべてのスタッフは、DNA 汚染管理の重要性と汚染を防止するためのベストプラクティスに関するトレーニングを受ける必要があります。

2.個人用保護具(PPE)

人間との接触による DNA 汚染のリスクを最小限に抑えるため、作業員は白衣、手袋、マスク、ゴーグルなどの適切な個人用保護具を着用する必要があります。

3.手指衛生プロトコル

手から表面や機器への DNA の移行を減らすには、頻繁な手洗いとアルコールベースの消毒剤の使用が不可欠です。

4.衣服と履物の変更

専用の作業服と履物に着替えることで、生産エリア外からの DNA 汚染が持ち込まれないようにします。

5.厳格な就業規則

唾液、食物粒子、飛沫による DNA の侵入を防ぐため、タンパク質生産エリアでは飲食や会話を控える必要があります。

6.環境モニタリング

生産エリアに DNA 汚染が存在していないことを確認するために、空気、表面、機器のチェックを含む定期的な環境モニタリングを実施する必要があります。

結論

高品質で汚染されていないタンパク質の生産を確実にするためには、DNA 汚染制御に対する包括的なアプローチが必要です。厳格な環境制御を採用し、最適化された精製方法を採用し、人員トレーニングを重視することで、DNA 汚染に関連するリスクを大幅に最小限に抑えることができます。これらの実践は、研究および産業用途におけるタンパク質製品の完全性と信頼性を維持するために不可欠であり、最終的には生物学的製品開発の進歩に貢献します。

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図1. ヌクレアーゼ残留試験結果

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図2. 大腸菌ゲノムDNA残留物検査結果

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