Het hele transcriptoomonderzoek
[Volledige transcriptoomsequentie - Onderzoek naar de gerichte regulatie en interactierelatie tussen niet-coderende RNA en mRNA]
Sequentiebepaling met hoge doorvoer van het hele transcriptoom maakt gebruik van de ribosoom-uitgeputte streng-specifieke bibliotheekconstructiemethode en de bibliotheekconstructiemethode voor screening met kleine fragmentverrijking, die de bibliotheekconstructie, sequentiebepaling, informatieanalyse, gezamenlijke analyse en ceRNA, enz. van coderend RNA en niet-coderend RNA kan bereiken. op die manier kan het verkrijgen de volledige RNA-transcriptgegevensinformatie met betrekking tot specifieke biologische processen (zoals ontwikkeling, ziekte, enz.) snel, uitgebreid en nauwkeurig. Door middel van gegevensanalyse kan het onderzoek naar biologische regulatiemechanismen worden uitgebreid tot een driedimensionaal model dat "netwerk en multi-level" combineert, wat nuttig is om biologische fenomenen uitgebreid te interpreteren.
Er zijn twee manieren om het volledige transcriptoom te sequencen: LncRNA-Seq + Small RNA en LncRNA-Seq + Small RNA + CircRNA. Hiermee kan uitgebreidere informatie over CircRNA worden verkregen.
1.Volledige transcriptoomsequentie met twee bibliotheken: LncRNA-Seq + Small RNA
2.Sequentiebepaling van het gehele transcriptoom met drie bibliotheken: LncRNA-Seq + Small RNA + CircRNA
Volledige transcriptoom grondstofoplossing
| Classificatie | Diercategorie | Plantencategorie | Categorie bacteriën en schimmels | |||
| Voorbeeldtype | Dierlijk weefsel/cel | Cel | Volbloed | Plantenweefsel | Schimmelweefsel | Gekweekte bacteriën en schimmels |
| RNA-extractie | Magnetische kralenmethode: 18605/18607/18606; Kolommethode: 19221/19211; Trizol-methode: 10606/19202 | Magnetische kralenmethode: 18600/18604; Kolommethode: 19231 | Kolommethode: 19241; Trizol-methode: 19201 | Magnetische kralenmethode: 18534/18535/18537; Kolommethode: 19291ES/19292ES | Magnetische kralenmethode: 18534/18535/18537; Kolommethode: 19291ES/19292ES | Kolommethode: 19301 (schimmels moeten Lysozyme toevoegen 10403) |
| miRNA-extractie | Kolommethode: 19331 | Kolommethode: 19331 | Kolommethode: 19332 | Kolommethode: 19331 | — | — |
| Bouw van miRNA-bibliotheek | Te verwachten | |||||
| rRNA-verwijdering | RNase H-enzymatische verwijdering: 12257; snelle verwijdering in 3 minuten: 12258 (verwijdering door menselijke bron); verwijdering met magnetische kralen: 12266 (universeel type zoogdieren)/12267 universeel type aviaire/12268 tamme kip/12269 zebravis/12270 Drosophila/12275 oester/12278 planaria/12285 bij/12286 gouden wielwebspin/12289 teek/12290 Aedes albopictus/12287 nematode | RNase H enzymatische verwijdering: 12257; snelle verwijdering in 3 minuten: 12258 (menselijke verwijdering, geschikt voor pathogenen) | RNase H-enzymatische verwijdering, inclusief globineverwijdering: 12257 + 12806; RNase H enzymatische verwijdering van globine: 13572; snelle verwijdering in 3 minuten: 12258 + 12260 | RNase H enzymatische verwijdering: 12254; Magnetische kralenmethode verwijdering: 12262 angiosperm | Magnetische kralenmethode voor verwijdering: 12271 schimmel universeel type | Magnetische kralenmethode verwijdering: 12264 bacterieel universeel type/12265 prokaryotisch universeel type |
| Bibliotheekconstructie | Bouwpakket voor niet-voorgemengde RNA-bibliotheek: 12308 bouwpakket voor dual-mode RNA-bibliotheek (compatibel met Illumina en MGI); Voorgemengde RNA-bibliotheekconstructiekit: 12310 dual-mode RNA-bibliotheekconstructiekit (compatibel met Illumina en MGI)/12340 (zonder actinomycine D, dUTP)/12341 (zonder actinomycine D, dTTP) | |||||
LncRNA-onderzoek
Long non-coding RNA (LncRNA) is een soort non-coding RNA met een unieke regulerende functie die de laatste jaren veel aandacht heeft getrokken. De lengte van LncRNA is meer dan 200 nt, het codeert geen eiwitten en de conservatie ervan tussen soorten is slecht.Sommige van de sequentiestructuren lijken op mRNA (met polyA-staart en alternatieve splicing), terwijl andere deze kenmerken niet hebben. Op dit moment worden de generatie en het functionele mechanisme van LncRNA nog niet volledig begrepen, maar Er zijn veel LncRNA's met belangrijke biologische functies ontdekt (zoals het ontstaan van kanker, het uitschakelen van het X-chromosoom en de vorming van complexe regulerende netwerken met andere regulerende factoren).
Technische route voor LncRNA-sequencing
LncRNA-sequencing-grondstofoplossing
| Classificatie | Diercategorie | Plant Categorie | Categorie bacteriën en schimmels | |||
| Voorbeeldtype | Dierlijk weefsel/cel | Cel | Volbloed | Plantenweefsel | Schimmelweefsel | Gekweekte bacteriën en schimmels |
| RNA-extractie | Magnetische kralenmethode: 18605/18607/18606; Kolommethode: 19221/19211; Trizolmethode: 10606/19202 | Magnetische kralenmethode: 18600/18604; Kolommethode: 19231 | Kolommethode: 19241; Trizol-methode: 19201 | Magnetische kralenmethode: 18534/18535/18537; Kolommethode: 19291ES/19292ES | Magnetische kralenmethode: 18534/18535/18537; Kolommethode: 19291ES/19292ES | Kolommethode: 19301 (schimmels moeten lywallzyme 10403 toevoegen) |
| rRNA-verwijdering | RNase H enzymatische verwijdering: 12257; Snelle verwijdering in 3 minuten: 12258 (verwijdering door menselijke bron); Verwijdering met magnetische kralen: 12266 (universeel type zoogdieren)/12267 universeel type aviaire/12268 tamme kip/12269 zebravis/12270 Drosophila/12275 oester/12278 planaria/12285 bij/12286 gouden wielwebspin/12289 teek/12290 Aedes albopictus/12287 nematode | RNase H enzymatische verwijdering: 12257; snelle verwijdering in 3 minuten: 12258 (menselijke verwijdering, geschikt voor pathogenen) | RNase H enzymatische verwijdering, inclusief globineverwijdering: 12257 + 12806; RNase H enzymatische verwijdering van globine: 13572; snelle verwijdering in 3 minuten: 12258 + 12260 | RNase H enzymatische verwijdering: 12254; Magnetische kralenmethode verwijdering: 12262 angiosperm | Magnetische kralenmethode verwijdering: 12271 schimmel universeel type | Magnetische kralenmethode verwijdering: 12264 bacterieel universeel type/12265 prokaryotisch universeel type |
| Bibliotheekconstructie | Bouwpakket voor niet-voorgemengde RNA-bibliotheek: 12308 bouwpakket voor dual-mode RNA-bibliotheek (compatibel met Illumina en MGI); Voorgemengde RNA-bibliotheekconstructiekit: 12310 dual-mode RNA-bibliotheekconstructiekit (compatibel met Illumina en MGI)/12340 (zonder actinomycine D, dUTP) | |||||
Eukaryotisch transcriptoomonderzoek
Bij eukaryoot transcriptoomonderzoek wordt gebruikgemaakt van RNA-seq-technologie om het totale mRNA te verkrijgen dat door specifieke cellen in een bepaalde functionele staat kan worden getranscribeerd.Vervolgens worden de gedownloade ruwe data gesplitst en geassembleerd, wordt het genexpressieniveau geteld en worden differentiële analyse en functionele verrijkingsanalyse uitgevoerd. Het kan niet alleen de meeste geninformatie van de soort verkrijgen, maar ook het verschil in genexpressie en de verandering van het functionele pad op algemeen niveau bestuderen en het moleculaire mechanisme van specifieke biologische processen onthullen.
Technische route voor eukaryotische transcriptoomsequentie
Oplossing voor ruwe materiaal voor eukaryote transcriptoomsequentie
| Classificatie | Diercategorie | Plantencategorie | Schimmelcategorie | |||
| Voorbeeldtype | Dierlijk weefsel/cel | Cel | Volbloed | Plantenweefsel | Schimmelweefsel | Gekweekte schimmels |
| RNA-extractie | Magnetische kralenmethode: 18605/18607/18606; Kolommethode: 19221/19211; Trizolmethode: 10606/19202 | Magnetische kralenmethode: 18600/18604; Kolommethode: 19231 | Kolommethode: 19241; Trizol-methode: 19201 | Magnetische kralenmethode: 18534/18535/18537; Kolommethode: 19291ES/19292ES | Magnetische kralenmethode: 18534/18535/18537; Kolommethode: 19291ES/19292ES | Kolommethode: 19301 (voeg lysozym 10403 toe) |
| mRNA-opname | 12629 mRNA-isolatiemasterkit | 12629 mRNA-isolatiemasterkit | 12629 mRNA-isolatiemasterkit | 12629 mRNA-isolatiemasterkit | 12629 mRNA-isolatiemasterkit | 12629 mRNA-isolatiemasterkit |
| Bibliotheekconstructie | Niet-voorgemengde RNA-bibliotheekkit: 12308 Dual-Mode RNA-bibliotheekkit (compatibel met Illumina en MGI) Niet-voorgemengde RNA-bibliotheekkit met mRNA-capture: 12309 Dual-Mode RNA-bibliotheekkit (Illumina en MGI compatibel) Voorgemengde RNA-bibliotheekkit: 12310 Dual-Mode RNA-bibliotheekkit (Illumina en MGI compatibel)/12340 (zonder Actinomycine D, dUTP) | |||||
circRNA-onderzoek
[circRNA Sequencing - Onderzoek naar hoe de differentiële expressie van circRNA biologische processen beïnvloedt]
Circulair RNA (circRNA) is een speciaal type niet-coderende RNA-analyse. Sequentiebepaling wordt uitgevoerd met behulp van een sequentieplatform om nauwkeurige circRNA-identificatie en analyse van de brongenen voor monsters met een referentiegenoom uit te voeren. CircRNA-sequentiebepaling wordt steeds breder gebruikt in medische en agrarische onderzoeksvelden. Gebaseerd op high-throughput-sequencing en vertrouwend op gangbare databases en circRNA-identificatiesoftware, wordt de circRNA-informatie van de projectsoort geanalyseerd om de belangrijke functies van circRNA in transcriptionele regulatie diepgaand te onderzoeken.
circRNA Onderzoek Grondstof Oplossing
| Classificatie | Diercategorie | Plantencategorie | Categorie bacteriën en schimmels | |||
| Voorbeeldtype | Dierlijk weefsel/cel | Cel | Volbloed | Plantenweefsel | Schimmelweefsel | Gekweekte bacteriën en schimmels |
| RNA-extractie | Magnetische kralenmethode: 18605/18607/18606; Kolommethode: 19221/19211; Trizolmethode: 10606/19202 | Magnetische kralenmethode: 18600/18604; Kolommethode: 19231 | Kolommethode: 19241; Trizol-methode: 19201 | Magnetische kralenmethode: 18534/18535/18537; Kolommethode: 19291ES/19292ES | Magnetische kralenmethode: 18534/18535/18537; Kolommethode: 19291ES/19292ES | Kolommethode: 19301 (schimmels moeten lysozym 10403 toevoegen) |
| rRNA-verwijdering | RNase H enzymatische verwijdering: 12257; snelle verwijdering in 3 minuten: 12258 (verwijdering door menselijke bron); verwijdering met magnetische kralen: 12266 (universeel type zoogdieren)/12267 universeel type aviaire/12268 tamme kip/12269 zebravis/12270 Drosophila/12275 oester/12278 planaria/12285 bij/12286 gouden wielwebspin/12289 teek/12290 Aedes albopictus/12287 nematode | RNase H enzymatische verwijdering: 12257; snelle verwijdering in 3 minuten: 12258 (menselijke verwijdering, geschikt voor pathogenen) | RNase H enzymatische verwijdering, inclusief globineverwijdering: 12257 + 12806; RNase H enzymatische verwijdering van globine: 13572; snelle verwijdering in 3 minuten: 12258 + 12260 | RNase H enzymatische verwijdering: 12254; Magnetische kralenmethode verwijdering: 12262 angiosperm | Magnetische kralenmethode verwijdering: 12271 schimmel universeel type | Magnetische kralenmethode verwijdering: 12264 bacterieel universeel type/12265 prokaryotisch universeel type |
| Lineaire RNA-vertering | 14606 RNase R om lineaire RNA-moleculen te verwijderen | 14606 RNase R om lineaire RNA-moleculen te verwijderen | 14606 RNase R om lineaire RNA-moleculen te verwijderen | 14606 RNase R om lineaire RNA-moleculen te verwijderen | 14606 RNase R om lineaire RNA-moleculen te verwijderen | 14606 RNase R om lineaire RNA-moleculen te verwijderen |
| Bibliotheekconstructie | Bouwpakket voor niet-voorgemengde RNA-bibliotheek: 12308 bouwpakket voor dual-mode RNA-bibliotheek (compatibel met Illumina en MGI); Voorgemengde RNA-bibliotheekconstructiekit: 12310 dual-mode RNA-bibliotheekconstructiekit (compatibel met Illumina en MGI)/12340 (zonder actinomycine D, dUTP) | |||||
Metatranscriptoom
[Metatranscriptome - Het vastleggen van de dynamische veranderingen van actieve micro-organismen in de micro-ecologische micro-omgeving]
Metatranscriptoomsequentie: bestudeert de transcriptie- en regulatieregels van alle genomen in een specifieke omgeving op algemeen niveau.Het neemt alle RNA in de micro-ecologische micro-omgeving als onderzoeksobject en combineert high-throughput sequencing om de veranderingen van complexe microbiële gemeenschappen op transcriptieniveau te bestuderen en de actieve genen te achterhalen die hierbij een rol spelen.
Metatranscriptoomonderzoek Grondstofoplossing
| Voorbeeldtype | Gekweekte bacteriën en schimmels | Klinische monsters |
| RNA-extractie | Kolommethode: 19301 (schimmels moeten lywallzyme 10403 toevoegen) | Kolommethode: 19321 (virale DNA/RNA-extractie); Magnetische kralenmethode: 18521 (virale DNA/RNA-extractie); 18306 (pathogeen-DNA/RNA-extractie) |
| rRNA-verwijdering | Snelle verwijdering in 3 minuten: 12258 (verwijdering van menselijke bron) | Snelle verwijdering in 3 minuten: 12258 (verwijdering van menselijke bron) |
| Bibliotheekconstructie | Optie 1. Constructie van een totale RNA-bibliotheek: 12308ES dual-mode RNA-bibliotheekconstructiekit (compatibel met Illumina en MGI); Optie 2. Constructie van een cDNA-enzymatische digestiebibliotheek: 13488ES cDNA-synthesemodule + 12316ES snelle enzymatische digestiebibliotheekconstructiekit | Optie 1. Constructie van een totale RNA-bibliotheek: 12308ES dual-mode RNA-bibliotheekconstructiekit (compatibel met Illumina en MGI); Optie 2.Bouw van cDNA enzymatische digestiebibliotheek: 13488ES cDNA-synthesemodule + 12316ES snelle enzymatische digestiebibliotheekbouwpakket |
Productaanbeveling
| Productnaam | Catalogusnummer | Specificatie |
| Hoog NGS TM EvoMax RNA-bibliotheekvoorbereidingskit (dUTP) | 12340ES24/96 | 24 uur / 96 uur |
| Hoog NGSTM EvoMax RNA-bibliotheekvoorbereidingskit (dNTP) | 12341ES24/96 | 24 uur / 96 uur |
| Hoog NGSTM Ultima Dual-mode RNA-bibliotheekvoorbereidingskit (Illumina en MGI) | 12308ES24/96 | 24 uur / 96 uur |
| Hoog NGSTM Ultima Dual-mode RNA Library Prep Kit (voorgemengde versie) | 12310ES24/96 | 24 uur / 96 uur |
| Hoog NGSTM mRNA-isolatiemasterkit V2 | 12629ES24/96 | 24 uur / 96 uur |
| Hoog NGSTM MaxUp Human rRNA-uitputtingskit (rRNA & ITS/ETS) | 12257ES24/96 | 24 uur / 96 uur |
| Hoog NGSTM MaxUp rRNA-uitputtingskit (plant) | 12254ES24/96 | 24 uur / 96 uur |
| Hoog NGSTM Eénstaps rRNA-verwijderingskit (humaan, 100-1.000 ng) | 12258ES24/96 | 24 uur / 96 uur |
| Hoog NGSTM MagSP rRNA-verwijderingskit (bacteriën (G- en G+)) met zuiveringskorrels | 12264ES24/96 | 24 uur / 96 uur |