De essentie van NGS-bibliotheekkwantificering is nucleïnezuur (DNA of RNA) kwantificering. Nauwkeurige analyse van NGS-bibliotheekkwantificering is cruciaal om sequentiedata van hoge kwaliteit te verkrijgen. Als de kwantitatieve concentratie van de NGS-bibliotheek hoog is, kan de opbrengst van sequentiedata laag zijn vanwege onvoldoende clustering. Een lage kwantitatieve concentratie kan echter signaalinterferentie tussen clusters veroorzaken om data van lage kwaliteit te produceren en zelfs leiden tot sequentiefalen. Bovendien worden met de toename van de sequentieflux van sequencers vaak meerdere NGS-bibliotheken gecombineerd voor sequentiebepaling. Volgens de vereisten van de grootte van sequentiedata worden NGS-bibliotheken met overeenkomstige molaire hoeveelheden gemengd op basis van de kwantitatieve resultaten om de uitvoer van de grootte van elke monsterdata te stabiliseren. Daarom is nauwkeurige NGS-bibliotheekkwantificering van bibliotheken cruciaal.

Momenteel zijn er twee hoofdmethoden voor NGS-bibliotheekkwantificering, de ultravioletabsorptiemethode en de fluorescerende kleurstofmethode. NanoDrop is een DNA-kwantificeringsinstrument dat is ontworpen op basis van het principe van ultravioletabsorptie; Qubit is een DNA-kwantificeringsinstrument dat is ontwikkeld volgens het principe van fluorescerende kleurstof. De kwantitatieve nauwkeurigheid en kosten van deze twee methoden zijn verschillend. De qubitmethode wordt hier voornamelijk aanbevolen. Dus waarom raden we u de qubit aan? Wat zijn de kenmerken van Qubit-producten die worden geleverd door Yeasen? Lees verder...

1. Waarom raden wij Qubit aan?

2. Wat zijn de kenmerken van de Qubit-producten die door Yeasen?

• Hoe werkt Qubit?
• Populair product geleverd door Yeasen
• Producteigenschappen

3. Hoe kies je Qubit voor verschillende samples?

1. Waarom raden wij Qubit aan?

Er is geen twijfel dat Qubit beter is dan Nanodrop. Dus waarom is qubit beter dan nanodrop? Wat is het verschil tussen qubit en nanodrop? Ten eerste, zoals eerder vermeld, verschillen ze in het principe van DNA-kwantificering, NanoDrop is ontworpen op basis van ultraviolette absorptie. Het principe van de ultraviolette absorptiemethode is dat er purine- en pyrimidinebasen in nucleïnezuurcomponenten zitten, en deze basen hebben geconjugeerde dubbele bindingen. Er is een sterke lichtabsorptie bij 250-280 nm in het UV-gebied, en de maximale absorptiewaarde is ongeveer 260 nm. Daarom kan de UV-absorptie van nucleïnezuur worden gebruikt voor concentratiekwantificering. NanoDrop is eenvoudig en snel te bedienen, maar het kan geen onderscheid maken tussen DNA, RNA, afgebroken nucleïnezuren, vrije nucleotiden en andere onzuiverheden. Het is niet geschikt voor het verkrijgen van nauwkeurige kwantitatieve bibliotheekgegevens. Maar Qubit-kwantificering is de beste keuze voor nauwkeurige NGS-bibliotheekkwantificering, met name voor DNA-kwantificering. Wat zijn de kenmerken van qubit DNA-kwantificering? Bekijk de volgende tabel:

2. Wat zijn de kenmerken van de Qubit-producten die door Yeasen?

Voordat we de kenmerken van de door Qubit geleverde producten introduceren, Yeasen, laten we eens kijken hoe het werkt.

2.1 Hoe werkt Qubit?

Het principe van Qubit is om fluorescerende kleurstoffen te gebruiken om te binden aan DNA-moleculen om fluorescentie uit te zenden, en vervolgens de fluorescentie-intensiteit te meten om de concentratie van nucleïnezuur te verkrijgen. Fluorescerende kleurstoffen fluoresceren alleen na binding aan de DNA-dubbelstrengs, en de resulterende fluorescentie is evenredig met de DNA-concentratie.

2.2 Populair product geleverd door Yeasen

De 1×dsDNA HS Assay Kit voor Qubit® (Cat.nr.: 12642ES), ontwikkeld op basis van de dsDNA HS Assay Kit voor Qubit® kit (Cat#: 12640ES), is een kant-en-klare Qubit premix-oplossing om de geconcentreerde kleurstoffen in de originele kit te verdunnen tot een werkoplossing. Tijdens het gebruik hoeft u alleen de werkvloeistof te mengen met het te testen monster om de monsterconcentratie te bepalen met de Qubit® fluorometer, wat handiger is in gebruik.

2.3 Productkenmerken

Eenvoudig en gemakkelijk te bedienen: kant-en-klare voorgemengde vloeistof, geen noodzaak om werkvloeistof voor te bereiden, eenvoudige bediening, kwantitatieve meer tijdsbesparing;

Figuur 1. De processen van de dsDNA HS Assay Kit voor Qubit

Ultrahoge gevoeligheid: nauwkeurige kwantificering door 64x gradiëntverdunning, 0,2-100 ng dsDNA heeft een goede lineaire relatie;

Superspecificiteit: Specifieke detectie van dsDNA, heeft een uitstekende tolerantie voor sommige conventionele verontreinigende stoffen;

Snelle bindingssnelheid van de kleurstof: verzadiging kan binnen 2 minuten worden bereikt, dus er hoeft niet te worden gewacht op snelle aflezing van nauwkeurige kwantitatieve resultaten;

Hoge stabiliteit: het fluorescentiesignaal bleef 3 uur aanwezig en de kwantitatieve nauwkeurigheid werd niet beïnvloed na 20 dagen bij kamertemperatuur.

Figuur 1. De productstabiliteitstest. De resultaten laten zien dat het nog steeds stabiel na 2 weken opslag bij kamertemperatuur (de afwijking tussen de gemeten waarde en de theoretische waarde was <10%)

Opmerking: Er werden twee concentraties dsDNA geselecteerd en Thermo#Q33230 werd bewaard bij 4℃, Yeasen#12642 opgeslagen bij 4℃, en Yeasen#12642, opgeslagen bij kamertemperatuur (ongeveer 25℃), werd gebruikt om de concentratiewaarden op verschillende tijdstippen te bepalen. Ook werd de afwijkingssnelheid tussen elke meting en de eerste (aangeduid als 0d) berekend.

Figuur 2. Productstabiliteitstest. Superstabiliteit, hoge relevantie van testresultaten binnen de geldigheidsperiode

3. Hoe kies je Qubit voor verschillende samples?

Qubit, snelle kwantificering! Het gebruik van Qubit voor bibliotheekkwantificering heeft veel voordelen. Het detectieproces is snel en effectief.Sequentieresultaten kunnen binnen enkele seconden worden verkregen voor een enkel monster en de concentratie kan direct worden uitgevoerd, wat erg intuïtief is. Tegelijkertijd kan het ook compatibel zijn met de meeste enzymlabelinstrumenten voor batchmonsterkwantificering, wat de eerste keuze is voor conventionele bibliotheekkwantificering en dsDNA-kwantificering.