1、Achtergrond
rRNA is verantwoordelijk voor een hoog percentage van Total RNA in organismen, maar het kan weinig effectieve informatie verschaffen. Deze RNA's zullen een groot aantal ongeldige gegevens produceren, wat van weinig belang is voor de studie van het verkrijgen van biologische informatie. Ondertussen maakt rRNA met een hoog percentage mRNA relatief overvloedig in transcripten laag, wat de detectie van transcripten met lage abundantie beïnvloedt. Daarom is bij conventionele RNA-sequencing (RNA-SEQ) de effectieve verwijdering van rRNA essentieel om kosteneffectieve sequentiebepaling van RNA te bereiken.
2、Productbeschrijving
(1) MaxUp-serie, rRNA-uitputtingskit
De MaxUp-serie van rRNA-verwijderingsreagentia is gebaseerd op RNase H-digestie om ribosomaal RNA (rRNA) uit het totale RNA van een monster te verwijderen om messenger-RNA (mRNA) en andere niet-coderende RNA's te behouden. De monstertypen zijn rijk, de starthoeveelheid is breed, het hele proces duurt minder dan 2 uur en de handmatige bedieningstijd is minder dan 10 minuten. Tegelijkertijd kan rRNA efficiënt worden verwijderd voor zowel conventionele monsters als monsters van lage kwaliteit (zoals FFPE), waardoor de effectieve gegevensinformatie in sequentiegegevens aanzienlijk wordt verbeterd en kosteneffectieve sequentiebepaling van RNA-monsters wordt gerealiseerd.
(2) MaxUp-serie rRNA-verwijderingsprocessen
Momenteel is RNase-eliminatie de belangrijkste methode voor het verwijderen van rRNA, vooral voor sommige RNA-afbraakmonsters (zoals FFPE-monsters). RNase-eliminatie kan zijn voordelen hebben.
Figuur 1. Schematisch diagram van het MaxUp-serie rRNA-verwijderingsprincipe
3、Productprestatieweergave
(1) Plantenmonsters
RNase H werd gebruikt om ribosomaal RNA te verteren en te verwijderen uit totaal RNA van planten, en qPCR werd gebruikt om de expressieveranderingen van rRNA-gen en mRNA-gen te vergelijken voor en na verwijdering. De resultaten toonden aan dat dit product effectief rRNA uit planten kon verwijderen.
FIG. 2. 1 μg Arabidopsis-blad-RNA werd gebruikt voor het verwijderen van rRNA, en qPCR werd gebruikt om de expressieveranderingen van het rRNA-gen en het mRNA-gen te vergelijken voor en na verwijdering.
(2) Monster van mens/rat/muis
RNase H werd gebruikt om ribosomaal RNA te verteren en te verwijderen uit het totale RNA van planten, een bibliotheek op te bouwen en sequenties te versturen. Data-analyse toonde aan dat dit product efficiënt rRNA uit dergelijke monsters kon verwijderen.
Figuur 3. 1 μg totaal RNA van mens, muis en rat werd als monster genomen en de rRNA-residuen werden geanalyseerd door sequentiebepaling na verwijdering van rRNA
(3) RNA-monsters van lage kwaliteit (bijv. FFPE-RNA)
Monsters van lage kwaliteit hebben vaak een groot aandeel ITS/ETS-sequenties (zie FFPE RNA: DV200=20% in de volgende afbeelding), en dit deel van de sequenties zal ook een groot aantal ongeldige gegevens opleveren, dus door ITS/ETS-sondes toe te voegen aan monsters van lage kwaliteit, kunnen de doelsequenties verder effectief worden verrijkt. Naast de sonde voor de conventionele 45S Pre-rRNA, is het sondeontwerp voor de Human 45S ITS/ETS-regio ook toegevoegd aan dit product, wat ervoor zorgt dat rRNA-verwijdering in monsters van lage kwaliteit efficiënter kan zijn zonder het rRNA-verwijderingseffect in conventionele monsters te beïnvloeden.
Figuur 4.Vergelijking van rRNA-residuen en ITS/ETS-residuen vóór en na de toevoeging van ITS/ETS-probes
4、Bestelgegevens
| Ttype | Pproductnaam | Productcode | Productspecificaties |
| rRNA-verwijdering uitrusting | 12257ES08/24/96 | 8/24/96T | |
| 12254ES08/24/96 | 8/24T/96T |