Agarose é um colóide hidrofílico de galactana linear purificado extraído de ágar ou algas marinhas contendo ágar. Estruturalmente, é um polímero linear composto de β-D-galactopiranosil (1-4) ligado a resíduos de 3,6-anidro-α-L-galactopiranosil. Como um reagente de gel, é comumente usado para análise de rotina de ácido nucleico por meio de eletroforese em gel ou métodos de blotting (como Northern ou Southern), e também é adequado para aplicações de proteína, como experimentos de imunodifusão radial (RID).
A eletroforese em gel de agarose é um método eletroforético que usa agarose como meio de suporte, incluindo preparação de gel, carregamento de amostra e eletroforese. A principal diferença no princípio de análise de outra eletroforese de material de suporte é que ela tem um papel duplo de "peneira molecular" e "eletroforese". Quando o gel é colocado em um campo elétrico, os ácidos nucleicos carregados migram através dos poros do gel em direção ao polo positivo. Após a eletroforese sob diferentes condições por um período de tempo apropriado, fragmentos de ácido nucleico de diferentes tamanhos e conformações serão localizados em diferentes posições no gel, alcançando assim a separação.
Fig.1 Etapas para a operação do experimento de eletroforese de ácido nucleico
Fig.2 Diagrama de direção de migração de eletroforese
Como escolher a agarose certa?
Julgue com base nos parâmetros básicos da agarose:
- Teor de sulfato — um indicador de pureza;
- Força do gel — a força externa necessária para quebrar o gel;
- Ponto de gel — temperatura na qual uma solução de agarose solúvel em água forma um gel ao resfriar;
- Eletroendosmose (EEO) — um tipo de movimento eletrocinético onde líquidos penetram no gel. Os grupos aniônicos dentro do gel de agarose adsorvem na matriz e não migram, mas os cátions dissociados migrarão em direção ao polo negativo, gerando assim eletroosmose. Como a migração eletroforética de amostras geralmente se move em direção ao polo positivo, a convecção interna causada pela EEO pode interferir na eficiência da separação. Com base nos parâmetros básicos da agarose, um gel de agarose de alta qualidade deve ter poros claros, ser menos propenso a quebrar e ter características como alta pureza (baixo teor de sulfato), alta resistência do gel, ponto de gel relativamente alto (solidificação rápida em temperatura ambiente) e baixa EEO.
Julgue com base no intervalo de separação da agarose:
Os géis de agarose têm uma ampla faixa de separação e são comumente usados para recuperação de gel de DNA, separação de DNA e para confirmar se o DNA é recombinado e se plasmídeos e similares são cortados. Diferentes tamanhos de fragmentos alvo correspondem a diferentes concentrações de agarose. De acordo com o princípio de que alta concentração é adequada para separar pequenos fragmentos, você pode consultar a tabela a seguir para encontrar a concentração de gel ideal que atenda às suas necessidades.
| Concentração de Agarose (%) | ≥3 | 2-3 | 1-2 | 0,7-1 | ≤0.7 |
| Tamanho do fragmento de DNA (pb) | ≤200 | 200-700 | 700-1500 | 1500-5000 | ≥5000 |
YEASEN Agarose de alta qualidade — cobrindo uma variedade de cenários de aplicação para atender às suas necessidades
| Nome do produto | Número do produto | Especificação do produto | Cenário de aplicação |
| 10208ES60/76 | 100 g / 500 g | Eletroforese de ácido nucleico de rotina |
Vantagens do produto
Baixa eletroendosmose (EEO ≤ 0,13), resultando em excelente separação de bandas, distinção clara e migração mais rápida.
Os poros do gel são transparentes e retos, com alta resistência do gel e menos propensos a quebrar.
Método de uso de agarose de alta qualidade
A concentração do gel de agarose é geralmente escolhida entre 0,7% e 2%. Quanto maior a concentração, menor o tamanho do poro molecular do gel, mais lenta a taxa de migração do DNA e maior a resolução. Por outro lado, quanto menor a concentração, mais rápida a taxa de migração do DNA e menor a resolução. Escolha a concentração de gel apropriada e o tampão de eletroforese compatível com base em diferentes propósitos experimentais.
| Concentração de Agarose | Faixa de separação efetiva (pb) | Buffer recomendado |
| 0,5% | 2.000-50.000 | 1×TAE |
| 0,8% | 800-10.000 | 1×TAE |
| 1,0% | 400-8.000 | 1×TAE |
| 1,2% | 300-7.000 | 1×TAE |
| 1,5% | 200-3.000 | 1×TAE/0,5×TBE |
| 2.0% | 100-2.000 | 1×TAE/0,5×TBE |
| 3,0% | 25-1.000 | 0,5×TBE |
Literatura publicada (parcial)
- Li Z, Wang M, Fang H, et al. Adsorção de interface sólido-líquido de plasmídeos de resistência a antibióticos induzida por nanoplásticos agrava poluição genética em ecossistemas aquáticos. Environ Pollut. 2023. doi:10.1016/j.envpol.2022.120456.SE=10,366(10208ES)
- Wang M, Zhang S, Zheng G, et al. Mutação de ganho de função de Card14 leva à inflamação cutânea espontânea semelhante à psoríase por meio da resposta aprimorada dos queratinócitos à IL-17A. Imunidade. 2018;49(1):66-79.e5. doi:10.1016/j.immuni.2018.05.012.SE=19.734
- Zhang Y, Ding H, Wang X, et al. MK2 promove a degradação de Tfcp2l1 via β-TrCP ubiquitina ligase para regular a autorrenovação de células-tronco embrionárias de camundongo. Cell Rep. 2021;37(5):109949. doi:10.1016/j.celrep.2021.109949.SE=9.423
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- Zhou J, Xiong R, Zhou J, et al. Envolvimento do fator regulador m6A IGF2BP1 na transformação maligna de células epiteliais brônquicas humanas Beas-2B induzidas pelo carcinógeno do tabaco NNK. Toxicol Appl Pharmacol. 2022;436:115849. doi:10.1016/j.taap.2021.115849.SE=5.219
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Guia de seleção de produtos relacionados
| Posicionamento do produto | Nome do produto | Número do produto | Especificação do produto | Cenário de aplicação |
| Manchas de ácido nucléico | 10202ES76 | 500 μL | Solúvel em água, com as mesmas características espectrais do EB, detectado sob excitação de luz UV de 300 nm. | |
| Marcador de DNA | 10501ES60/80 | 100 T/10×100 T | 100-2000 pb | |
| Marcador de DNA GoldBand DL5000 | 10504ES60/80 | 100 T/10×100 T | 100-5000 pb | |
| 10507ES60/80 | 100 T/10×100 T | 100-1.500 pb | ||
| 10510ES60/80 | 100 T/10×100 T | 250-12.000 pb |