Descrição
Hieff NGS™ O MaxUp Human rRNA Depletion Kit (rRNA e ITS/ETS) foi projetado para remover rRNA e 45S ITS/ETS do RNA total humano, de camundongo e de rato com base no fluxo de trabalho baseado em RNase H e para reter mRNA e outros RNAs não codificadores. Este kit é adequado para amostras de RNA intactas e parcialmente degradadas (por exemplo, RNA FFPE). Como as amostras degradadas de FFPE geralmente contêm uma proporção maior de ITS/ETS do que amostras de tecido fresco, este kit adiciona sondas na região Human 45S ITS/ETS, e a remoção de ITS pode aumentar significativamente a proporção de dados válidos em dados brutos.
Características
- Forte especificidade: remove especificamente rRNA e ITS/ETS de amostras humanas, especialmente para amostras FFPE
- Alta compatibilidade da quantidade inicial do modelo: aplicável a amostra de 100 ng~1μg
- Alto efeito de remoção: para rRNA, ITS e ETS em amostras de humanos\camundongos e ratos, o efeito de remoção é superior a 95%
- Qualidade estável: desempenho rigoroso do lote e controle de qualidade de estabilidade
Aplicações
- Pesquisa de Expressão Gênica
- Análise de splicing alternativa
- Detecção e descoberta de RNA não codificador
- identificação de sítios de poliadenilação seletiva
- Detecção de genes de fusão
Especificações
| Tecnologia de Esgotamento | RNase H |
| Tipo de amostra | RNA total de humanos, camundongos e ratos |
| Tipo de produto final | mRNA e outros RNAs não codificantes |
| Nº de Reações | Preparativos 24/96 |
| Quantidade de material inicial | 100 ng~1 μg de RNA total |
| Alvo | Remover rRNA e 45S ITS/ETS do RNA total humano |
Componentes
| Componentes No. | Nome | 12257ES24 (24T) | 12257ES96 (96T) |
| 12257-A | Tampão de hibridização | 72 μL | 288 μL |
| 12257-B | Mistura de sondas (rRNA e ITS/ETS) | 48 μL | 192 μL |
| 12257-C | Tampão RNase H | 72 μL | 288 μL |
| 12257-D | RNase H | 48 μL | 192 μL |
| 12257-E | Tampão DNase I | 660 μL | 2×1320 μL |
| 12257-F | DNase I | 60 μL | 240 μL |
Envio e armazenamento
Todos os componentes são enviados com gelo seco e podem ser armazenados a -15℃ ~ -25℃ por um ano.
Figuras
- Especificidade de remoção de rRNA
Para amostras convencionais, rRNA e ITS/EST podem ser removidos em mais de 98%, enquanto para amostras FFPE com integridade de cerca de 50%, rRNA e ITS/EST podem ser removidos em mais de 95%. Ao mesmo tempo, FFPE com integridade ruim também pode ser removido efetivamente.
Tabela 1. Efeito da especificidade da remoção de rRNA
| ARN qualidade | Remoção esquema | Entrada | rRNA (%) | ITS/ETS (%) | Mapeamento (%) |
| 293T ARN; RIN=10 | remover rRNA | 1μg | 0,19 | 4.6 | 98,28 |
| remover rRNA e ITS/ETS | 1μg | 0,15 | 0,04 | 98,79 | |
| FFPE ARN; DV200 =90% | remover rRNA | 500 ng | 0,23 | 4,75 | 95,35 |
| remover rRNA e ITS/ETS | 500 ng | 0,21 | 0,02 | 95,42 | |
| FFPE ARN; DV200 =50% | remover rRNA | 500 ng | 1.4 | 16.28 | 95,57 |
| remover rRNA e ITS/ETS | 500 ng | 0,56 | 0,11 | 95,51 | |
| FFPE ARN; DV200 =20% | remover rRNA | 1μg | 0,35 | 67,61 | 58,4 |
| remover rRNA e ITS/ETS | 1μg | 0,79 | 0,84 | 60,35 |
Nota: Diferentes amostras de RNA humano foram usadas para remover rRNA ou rRNA e ITS/ETS, e para construir bibliotecas com RNA library Prep kit após ITS/ETS. As proporções de rRNA e ITS/ETS em dados offline foram analisadas por sequenciamento.
- Desempenho de dados de sequenciamento
Tabela 2.Desempenho de dados de sequenciamento
| Amostra | DV200 | Kit | Limpar Q20 (%) | Limpar Q30 (%) | Limpar GC (%) | rRNA (%) | ITS/ETS (%) | exclusivo(%) |
| 1 | 24% | YEASEN Gato#12257 | 96,75 | 92,68 | 57,05 | 4,58 | 2,42 | 96,90 |
| 2 | 40% | 96,56 | 92,42 | 55,31 | 1,93 | 0,63 | 96,45 | |
| 3 | 53% | 97,4 | 93,52 | 45,19 | 0,23 | 0,01 | 98,08 | |
| 4 | 76% | 97,67 | 93,78 | 51,28 | 0,44 | 0,01 | 93,63 |
[1] Tian S, Zhang B, He Y, et al. CRISPR-iPAS: um novo método baseado em dCAS13 para interferência de poliadenilação alternativa. Nucleic Acids Res. 2022;50(5):e26. doi:10.1093/nar/gkac108(IF:16.971)
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Investigação
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Perguntas frequentes
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