Descrição
As esferas de seleção de DNA Hieff NGS™ são preparadas com base no princípio SPRI (Solid Phase Reverse Immobilization) e são aplicáveis para purificação de DNA e seleção de tamanho durante a preparação de bibliotecas de sequenciamento de próxima geração (NGS). As esferas de seleção de DNA Hieff NGS™ são compatíveis com vários kits de preparação de bibliotecas de DNA e RNA e são uma boa alternativa de Contas AMPure.
Componentes
| Componentes No. | Nome | 12601ES08 | 12601ES56 | 12601ES75 |
| 12601 | Contas de seleção de DNA Hieff NGS™ | 5 mL | 60 mL | 450 mL |
Especificações
| Linha de produtos | Contas de limpeza e seleção de DNA |
| Matéria-prima inicial | ADN |
| Compatibilidade | ADN |
| Tecnologia de isolamento | Conta magnética |
| Tipo de produto final | ADN |
| Para uso com (aplicativo) | DNA celan up, seleção de tamanho de DNA |
Envio e armazenamento
As contas são enviadas com bolsas de gelo e podem ser armazenadas entre 2°C e 8°C por um ano.
Instruções
- 1. Preparação
Equilibre as esferas de seleção em temperatura ambiente por pelo menos 30 minutos antes de usar.
- 2. Seleção do tamanho do DNA
O fluxo de operação de seleção de tamanho é mostrado na Figura 1 e o protocolo é o seguinte.
Figura 1. Fluxograma de seleção do tamanho do DNA
2.1 Misture bem as contas agitando ou pipetando para cima e para baixo sempre antes de usar.
2.2 Adicione a primeira rodada de esferas de seleção à amostra (consulte a Tabela 1). Misture bem agitando ou pipetando para cima e para baixo pelo menos 10 vezes.
2.3 Incube em temperatura ambiente por 5 min.
2.4 Centrifugue o tubo brevemente e coloque-o no suporte magnético. Quando a solução estiver límpida (cerca de 5 min), transfira o sobrenadante para um novo tubo de PCR.
2.5 Adicione a segunda rodada de esferas de seleção à amostra da etapa 2.4 de acordo com a Tabela 1. Misture bem agitando ou pipetando para cima e para baixo pelo menos 10 vezes.
2.6 Incube em temperatura ambiente por 5 min.
2.7 Centrifugue o tubo brevemente e coloque-o no suporte magnético. Quando a solução estiver límpida (cerca de 5 min), aspire o sobrenadante e descarte.
2.8 Mantenha o tubo no suporte magnético e adicione 200 μL de etanol 80% recém-preparado sem perturbar as esferas, incubar em temperatura ambiente por 30 seg. Aspire o etanol e descarte.
2.9 Repita a etapa 2.8 uma vez para um total de duas lavagens.
2.10 Remova o etanol residual com pontas de pipeta de 10 µL. Mantenha o tubo no suporte magnético, seque as esferas de seleção ao ar com a tampa aberta até que as rachaduras apareçam (cerca de 5 min).
Observação: não seque demais as esferas de seleção. Isso pode resultar em menor recuperação do DNA alvo.
2.11 Remova o tubo do suporte magnético. Adicione uma quantidade apropriada de ddH2O (≥20 µL) e misture bem agitando ou pipetando para cima e para baixo pelo menos 10 vezes.
2.12 Incube em temperatura ambiente por 5 min.
Gire o tubo brevemente e coloque-o no suporte magnético. Quando a solução estiver límpida (cerca de 5 minutos), transfira 20 μL do sobrenadante para um novo tubo.
- 3. Condições recomendadas para seleção do tamanho do DNA
O DNA do timo do bezerro foi fragmentado por sonicação para preparar um fragmento de 100-1.000 pb, e duas rodadas de seleção de tamanho foram realizadas de acordo com a Tabela 1. Os resultados foram analisados usando o Agilent 2100 Bioanalyzer (Figura 2).
Tabela 1. Condição recomendada para seleção do tamanho do DNA
| Comprimento do fragmento de DNA | 250-350 pb | 320-420 pb | 450-550 pb | 550-700 pb | 700-900 pb | 800-1.000 pb |
| Proporção de contas: DNA para a 1ª Rodada | 0,80× | 0,70× | 0,60× | 0,55× | 0,50× | 0,45× |
| Proporção de contas: DNA para o 2º Redondo | 0,20× | 0,20× | 0,20× | 0,15× | 0,15× | 0,15× |
Nota: "×" na tabela indica o volume do DNA da amostra. Por exemplo, se o comprimento de inserção da biblioteca for 250 pb e o volume do DNA da amostra for 100 μL, o volume de esferas magnéticas usadas na primeira rodada de classificação será 0,80×100 μL=80 μL; o volume de esferas magnéticas usadas na segunda rodada de classificação será 0,20×100 μL=20 μL.
Figura 2. Eletroferograma do chip de DNA de alta sensibilidade Agilent 2100
Notas:
1. Para sua segurança e saúde, use jalecos e luvas descartáveis para a operação.
Citado de "Integração específica de sequência pela família 1 casposase de Candidatus Nitrosopumilus koreensis AR1. Ácidos Nucleicos Res. 2021;49(17):9938-9952. doi:10.1093/nar/gkab725"
Citado de "Infecção recente por Wolbachia altera comunidades microbianas em populações selvagens de Laodelphax striatellus. Microbioma. 2020;8(1):104. Publicado em 2020 Jul 2. doi:10.1186/s40168-020-00878-x"
[1] Wang X, Yuan Q, Zhang W, et al. Integração específica de sequência pela família 1 casposase de Candidatus Nitrosopumilus koreensis AR1. Ácidos Nucleicos Res. 2021;49(17):9938-9952. doi:10.1093/nar/gkab725(IF:16.971)
[2] Duan XZ, Sun JT, Wang LT, et al. A infecção recente por Wolbachia altera as comunidades microbianas em populações selvagens de Laodelphax striatellus. Microbioma. 2020;8(1):104. Publicado em 2 de julho de 2020. doi:10.1186/s40168-020-00878-x(IF:11.607)
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