Рестрикционные эндонуклеазы из серии Yeasen FuniCut™, 5-минутное расщепление с универсальным буфером
Молекулярное клонирование используется практически в каждой лаборатории. Рестрикционные эндонуклеазы являются важнейшим компонентом в экспериментах по молекулярному клонированию, но людей также часто беспокоят различные проблемы с экспериментами с рестрикционными эндонуклеазами. Распространенные проблемы следующие:
- Существует так много типов эндонуклеаз рестрикции, что выбор затруднен.
- Неправильное расщепление, случайное расщепление или неполное ферментативное расщепление.
- Скорость пищеварения низкая: оно может занять час или даже всю ночь.
- Кроме того, для экспериментов по множественному ферментативному пищеварению также необходимо выбрать различные ферментативные методы пищеварения bTo
Чтобы доказать вам более полное понимание эндонуклеаз рестрикции, ниже будет кратко объяснено, что такое эндонуклеазы рестрикции и как классифицируются различные эндонуклеазы в ответ на первый вопрос. Серия быстрых эндонуклеаз рестрикции Yeasen FuniCut™ может легко решить проблемы со второй по четвертую посредством модуляции деформации и улучшенной процедуры!
1. Что такое рестрикционная эндонуклеаза?
2. Номенклатура эндонуклеаз рестрикции
3. Ограничения по классификации эндонуклеаз
4. Быстрые рестрикционные эндонуклеазы Yeasen FuniCut™
1. Что такое рестрикционная эндонуклеаза?
Рестрикционные эндонуклеазы — это класс ферментов, которые могут распознавать определенные нуклеотидные последовательности в двухцепочечных молекулах ДНК и разрывать фосфодиэфирные связи в цепях ДНК в определенных местах.
Различные эндонуклеазы рестрикции распознают различные последовательности ДНК. Они могут разрезать ДНК внутри последовательности распознавания или в месте, расположенном недалеко от последовательности распознавания, что приводит к образованию различных продуктов, как показано на рисунке 1. BamHI образует липкие концы, KpnI образует 3'-липкие концы, а EcoRV образует тупые концы.
Рисунок 1. Схематическая диаграмма расщепления BamHI, KpnI, EcoRV
2. Номенклатура эндонуклеаз рестрикции
Название рода, название вида, штамм или серотип бактерии и порядок открытия являются основными факторами, используемыми для наименования эндонуклеаз рестрикции. Руководящие принципы наименования показаны в Таблице 1 ниже с использованием BstEII в качестве примера:
Таблица 1. Номенклатура эндонуклеаз рестрикции
| Аббревиатура | Полное имя | Импликация |
| Б | Бацилла | Первая буква названия рода |
| ул | стеаротермофилус | Первые две буквы названия вида |
| Э | ET | Первая буква названия штамма |
| II | Второе открытие | Порядок, обнаруженный у таких бактерий |
3.Ограничения по классификации эндонуклеаз
В зависимости от сложности структуры, способа действия и разницы между кофакторами, рестриктазы можно разделить на четыре категории. В следующей таблице 2 обобщены характеристики и типичные ферменты каждой категории.
Таблица 2. Различия между несколькими эндонуклеазами рестрикции
| Класс эндонуклеазы | Функции | Типичные виды ферментов |
| Тип I | 1. Распознавание и модификация расщепления. 2. Он может распознавать определенные последовательности ДНК, а участок расщепления находится на неопределенно большом расстоянии от участка распознавания, вплоть до тысяч оснований. 3. Действие требует АТФ. | ЭкоБ, ЭкоК и т.д. |
| Тип II | 1. Имеет только функцию идентификации резки. 2. Последовательность распознавания часто представляет собой короткую палиндромную последовательность (около 4–8 п.н.), а специфический сайт расщепления эндонуклеазой рестрикции обычно является распознаваемой последовательностью. 3. Для действия необходим Mg2+. 4. Тип ферментов рестрикции, наиболее часто используемых при молекулярном клонировании. | HindIII, NotI и т.д. |
| Тип III | 1. Распознавание и модификация пищеварения. 2. Разделите участок распознавания и участок переваривания. 3. Действие требует АТФ. | ХинфIII и др. |
| Тип IV | 1. Разрезает только метилированные последовательности ДНК. 2. Примерно 30 п.н. отделяют сайт узнавания от сайта расщепления. | McrA, McrBC и т.д. |
Как указано в таблице 3 ниже, его также можно разделить на три группы на основе сходств и различий между сайтами распознавания и переваривания.
Таблица 3.Сравнительный анализ Изошизомера, Неошизомера и Изокаударника
|
| Изошизомер | Неошизомер | Изокаударнер |
| последовательность распознавания | такой же | такой же | другой |
| места пищеварения | такой же | другой | такой же |
| типичный представитель | AgeI и BshTI: оба распознают и расщепляют 5′-A↓CCGGT-3′ | SmaI (5'-CCC↓GGG-3') и XmaI(5'-C↓CCGGG-3') | BamHI (5'-G↓GATCC-3') и BglII (5'-A↓GATCT-3') |
Ввиду того, что некоторые эндонуклеазы рестрикции, представленные на рынке, по-прежнему требуют ночного переваривания, а продукты склонны к неправильному перевариванию, нуклеаза Yeasen Fast Restriction Endoa, универсальный буфер, выполняет точное переваривание за 5 минут, избавляя ваши эксперименты по перевариванию от лишних проблем!
4. Йесен FuniCut™ Быстрые рестрикционные эндонуклеазы
Рисунок 2. Быстрые эндонуклеазы рестрикции Yeasen FuniCut™
4.1 Особенности
- Быстрое пищеварение: пищеварение может быть завершено за 5–15 минут, что может быть сокращено более чем на 1–2 часа по сравнению с традиционными экспериментами по пищеварению.
- Универсальный буфер: реакция многоферментного расщепления упрощается тем фактом, что любая комбинация эндонуклеаз может использовать один и тот же буфер.
- Эффект ферментативного переваривания: сопоставим с N* и соответствует его буферу.
- Прямой электрофорез упрощает процесс, предоставляя буфер красного цвета и позволяя доставлять продукты переваривания непосредственно для электрофореза.
- Точное пищеварение: даже при ночном пищеварении активность звезд очень мала.
4.2 Демонстрация производительности
4.2.1 В буфере FuniCut™ однократное, двукратное и трехкратное пищеварение происходит за 5 минут.
Рисунок 3. Одинарное, двойное и тройное пищеварение с использованием FuniCut™ Обычно буфер можно закончить за 5 минут, например, тройное расщепление с использованием EcoRI+KpnI+SmaI.
4.2.2 Влияние ферментативного переваривания сопоставимо с влиянием N* и T*, и оно хорошо работает с их буферами.
Рисунок 4. По сравнению с аналогичными товарами N*, T*, эффект переваривания ферментов Yeasen FuniCut™ BamHI совместим с буферами бренда N*, T*.
4.2.3 Ночное пищеварение с очень низкой активностью звезд
Рисунок 5. Используйте быстрые эндонуклеазы HindIII, NheI, PstI, XbaI и XhoI от Yeasen, Tbydance с экспериментальным протоколом, рекомендованным каждой маркой.Проведите ночное (16 ч) переваривание и проанализируйте переваренные продукты с помощью электрофореза в агарозном геле.
4.2.4 Высокая избыточность и способность обрабатывать излишки субстрата.
Рисунок 6. При использовании быстрых эндонуклеаз рестрикции FuniCut™ EcoR I, Eag I, XbaI и Sac I в качестве субстратов использовали 1 мкг и 1,5 мкг плазмиды соответственно, которые расщепляли в течение 5 мин, а продукты расщепления подвергали электрофорезу в агарозном геле.
Таблица 4.Совместимость продуктов и реакционного буфера
| Название продукта | Кот# | Последовательность распознавания | Температура | Температура термической дезактивации |
| Т* Буфер | N* Буфер | Буфер Ta* | Защищенная база (бп) | Ответы |
| FuniCut™ AscI (запросить) | 15001ES50 | GG/CGCGCC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 1 | 50т |
| FuniCut™ AvrII (запросить) | 15002ES25 | C/CTAGG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 25Т |
| FuniCut™ BamHI (запросить) | 15003ES76 | G/GATCC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 500Т |
| FuniCut™ BclI (запросить) | 15004ES62 | Т/ГАТКА | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 125Т |
| FuniCut™ BsaI (запросить) | 15005ES50 | GGTCTC(1/5) | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | Нет | 50т |
| FuniCut™ BstEII (запросить) | 15006ES60 | G/GTNACC | 37 | 80 | 100 | 75 | 100 | 75 | Нет | 100т |
| FuniCut™ ClaI (запросить) | 15007ES50 | АТ/CGAT | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 50т |
| FuniCut™ DpnII (запросить) | 15008ES50 | /ГАТК | 37 | 80 | 100 | 75 | 100 | 75 | Нет | 50т |
| FuniCut™ EagI (запросить) | 15009ES25 | C/GGCCG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 25Т |
| FuniCut™ EcoRI (запросить) | 15010ES78 | Г/ААТТС | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 5 | 600Т |
| FuniCut™ EcoRV (запросить) | 15011ES70 | ГАТ/АТС | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 5 | 200т |
| FuniCut™ HindIII (запросить) | 15012ES76 | А/АГСТТ | 37 | 80 | 100 | 75 | 100 | 100 | 3 | 500Т |
| FuniCut™ HpaI (запросить) | 15013ES50 | ГТТ/ААС | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 50 | 1 | 50т |
| FuniCut™ KpnI (запросить) | 15015ES70 | ГГТАС/С | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 200т |
| FuniCut™ MluI (запросить) | 15016ES60 | A/CGCGT | 37 | 80 | 100 | 75 | 100 | 100 | 3 | 100т |
| FuniCut™ NcoI (запросить) | 15018ES30 | C/CATGG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 30Т |
| FuniCut™ NdeI (запросить) | 15019ES70 | CA/TATG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 200т |
| FuniCut™ NheI (запросить) | 15020ES30 | Г/CTAGC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 30Т |
| FuniCut™ НетI (запросить) | 15021ES50 | GC/GGCCGC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 50т |
| FuniCut™ PstI (запросить) | 15022ES76 | CTGCA/G | 37 | Нет | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 500Т |
| FuniCut™ SacI (запросить) | 15023ES60 | GAGCT/C | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 100т |
| FuniCut™ SalI (запросить) | 15024ES70 | G/TCGAC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 200т |
| FuniCut™ SbfI (запросить) | 15025ES25 | CCTGCA/GG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 25Т |
| FuniCut™ SmaI (запросить) | 15027ES60 | КХК/ГГГ | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 1 | 100т |
| FuniCut™ Spel (запросить) | 15028ES50 | А/CTAGT | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 50т |
| FuniCut™ SphI (запросить) | 15029ES50 | GCATG/C | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 1 | 50т |
| FuniCut™ SspI (запросить) | 15030ES56 | ААТ/АТТ | 37 | 80 | 100 | 50 | 100 | 100 | 2 | 60Т |
| FuniCut™ StuI (запросить) | 15031ES60 | АГГ/ЦКТ | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 1 | 100т |
| FuniCut™ TaqI (запросить) | 15032ES70 | Т/СГА | 65 | Нет | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 200т |
| FuniCut™ XbaI (запросить) | 15033ES76 | Т/CTAGA | 37 | 80 | 100 | 50 | 100 | 100 | 2 | 500Т |
| FuniCut™ XhoI (запросить) | 15034ES76 | C/TCGAG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 500Т |
| FuniCut™ FspI (запросить) | 15036ES50 | ТГК/ГКА | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 50т |
| FuniCut™ HinfI (запросить) | 15038ES76 | Г/АНТК | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 50 | 2 | 500Т |
| FuniCut™ ApaLI (запросить) | 15039ES70 | Г/ТГКАК | 37 | 80 | 100 | 75 | 100 | 100 | 4 | 200т |
| FuniCut™ NruI (запросить) | 15040ES50 | TCG/CGA | 37 | Нет | 100 | 100 | 100 | 100 | 5 | 50т |
| FuniCut™ PacI (запросить) | 15041ES25 | ТТААТ/ТАА | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 25Т |
| FuniCut™ PvuII (запросить) | 15042ES70 | КАГ/КТГ | 37 | Нет | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 200т |
| FuniCut™ SacII (запросить) | 15043ES50 | CCGC/GG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 50т |
| FuniCut™ NsiI (запросить) | 15044ES25 | АТГКА/Т | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 25Т |
| FuniCut™ Esp3I (BsmBI) (запросить) | 15048ES30 | CGTCTC(1/5) | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 5 | 30Т |
| FuniCut™ BglII (запросить) | 15049ES60 | А/ГАТКТ | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 50 | 2 | 100т |
| FuniCut™ BstBI (запросить) | 15050ES60 | ТТ/CGAA | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | Нет | 100т |
| FuniCut™ MnlI (запросить) | 15051ES50 | CCTC(7/6) | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 50т |
CpG: зависит от метилирования CpG.
ЭК: Зависит от метилирования EcoKI.
EB: Зависит от метилирования EcoBI.
Dcm: зависит от метилирования Dcm.
Dam: подвержен метилированию Dam.