Исследование всего транскриптома
[Полное секвенирование транскриптома — исследование целенаправленной регуляции и взаимосвязи взаимодействия между некодирующей РНК и мРНК]
Высокопроизводительное секвенирование всего транскриптома использует метод построения библиотеки, специфичной для цепей, обедненных рибосомой, и метод построения библиотеки скрининга обогащения небольшими фрагментами, который позволяет выполнять построение библиотеки, секвенирование, анализ информации, совместный анализ и ceRNA и т. д. кодирующих РНК и некодирующих РНК. таким образом это может получать полная информация о транскриптах РНК, связанная с конкретными биологическими процессами (такими как развитие, болезнь и т. д.) быстро, всесторонне и точно. Благодаря анализу данных исследование механизма биологической регуляции может быть расширено до трехмерной модели, объединяющей «сеть и многоуровневость», что полезно для всесторонней интерпретации биологических явлений.
Существует два способа секвенирования всего транскриптома: один — LncRNA-Seq + Small RNA, а другой — LncRNA-Seq + Small RNA + CircRNA, который позволяет получить более полную информацию о CircRNA.
1.Полноценное секвенирование транскриптома с двумя библиотеками: LncRNA-Seq + Малая РНК
2.Полное секвенирование транскриптома с тремя библиотеками: LncRNA-Seq + Small RNA + CircRNA
Решение для получения исходного материала для всего транскриптома
| Классификация | Категория животных | Категория растений | Бактериальная и грибковая категория | |||
| Тип образца | Животная ткань/клетка | Клетка | Цельная кровь | Растительная ткань | Грибковая ткань | Культивируемые бактерии и грибы |
| Извлечение РНК | Метод магнитных шариков: 18605/18607/18606; Метод столбиков: 19221/19211; Метод Тризола: 10606/19202 | Метод магнитных шариков: 18600/18604; Метод столбцов: 19231 | Метод столбцов: 19241; Метод Тризола: 19201 | Метод магнитных шариков: 18534/18535/18537; Метод столбиков: 19291ES/19292ES | Метод магнитных шариков: 18534/18535/18537; Метод столбиков: 19291ES/19292ES | Метод колонки: 19301 (грибы должны добавлять лизоцим) 10403) |
| Извлечение миРНК | Метод столбцов: 19331 | Метод столбцов: 19331 | Метод столбцов: 19332 | Метод столбцов: 19331 | — | — |
| Создание библиотеки miRNA | Ожидается | |||||
| Удаление рРНК | РНКаза H ферментативное удаление: 12257; 3-минутное быстрое удаление: 12258 (удаление человеческого источника); удаление методом магнитных шариков: 12266 (универсальный тип млекопитающих)/12267 универсальный тип птиц/12268 домашняя курица/12269 данио-рерио/12270 дрозофила/12275 устрица/12278 планария/12285 пчела/12286 паук-кругопряд/12289 клещ/12290 Aedes albopictus/12287 нематода | РНКаза H ферментативное удаление: 12257; 3-минутное быстрое удаление: 12258 (удаление человека, подходит для патогена) | РНКаза Ферментативное удаление H, включая удаление глобина: 12257 + 12806; РНКаза H Ферментативное удаление глобина: 13572; 3-минутное быстрое удаление: 12258 + 12260 | РНКаза H ферментативное удаление: 12254; удаление методом магнитных шариков: 12262 покрытосеменные | Метод удаления магнитных шариков: 12271 грибковый универсальный тип | Метод удаления магнитных частиц: 12264 бактериальный универсальный тип/12265 прокариотический универсальный тип |
| Строительство библиотеки | Набор для создания библиотеки РНК без предварительной обработки: набор для создания библиотеки РНК с двумя режимами работы 12308 (совместим с Illumina и MGI); Набор для создания предварительно приготовленной библиотеки РНК: набор для создания двухрежимной библиотеки РНК 12310 (совместим с Illumina и MGI)/12340 (без актиномицина D, dUTP)/12341 (без актиномицина D, dTTP) | |||||
Исследования LncRNA
Длинная некодирующая РНК (LncRNA) — это тип некодирующей РНК с уникальной регуляторной функцией, которая привлекла к себе пристальное внимание в последние годы. Длина LncRNA составляет более 200 нуклеотидов, она не кодирует белки, и ее сохранение среди видов плохое.Некоторые из его структур последовательности похожи на мРНК (содержат полиА-хвост и альтернативный сплайсинг), в то время как другие не имеют этих характеристик. В настоящее время генерация и функциональный механизм LncRNA еще не полностью изучены, однако, Было обнаружено много LncRNA с важными биологическими функциями (такими как возникновение рака, подавление Х-хромосомы и формирование сложных регуляторных сетей с другими регуляторными факторами).
Технический маршрут секвенирования LncRNA
Решение для секвенирования исходного материала LncRNA
| Классификация | Категория животных | Растение Категория | Бактериальная и грибковая категория | |||
| Тип образца | Животная ткань/клетка | Клетка | Цельная кровь | Растительная ткань | Грибковая ткань | Культивируемые бактерии и грибы |
| Извлечение РНК | Метод магнитных шариков: 18605/18607/18606; Метод колонок: 19221/19211; Метод тризола: 10606/19202 | Метод магнитных шариков: 18600/18604; Метод столбцов: 19231 | Метод колонок: 19241; Метод тризола: 19201 | Метод магнитных шариков: 18534/18535/18537; Метод столбиков: 19291ES/19292ES | Метод магнитных шариков: 18534/18535/18537; Метод столбиков: 19291ES/19292ES | Метод колонки: 19301 (грибы должны добавить ливалзим 10403) |
| Удаление рРНК | РНКаза H ферментативное удаление: 12257; Быстрое удаление за 3 минуты: 12258 (удаление человеческого источника); Удаление методом магнитных шариков: 12266 (универсальный тип млекопитающих)/12267 универсальный тип птиц/12268 домашняя курица/12269 данио-рерио/12270 дрозофила/12275 устрица/12278 планария/12285 пчела/12286 паук-кругопряд/12289 клещ/12290 Aedes albopictus/12287 нематода | РНКаза H Ферментативное удаление: 12257; быстрое удаление за 3 минуты: 12258 (удаление человеком, подходит для патогенов) | РНКаза H Ферментативное удаление, включая удаление глобина: 12257 + 12806; РНКаза H Ферментативное удаление глобина: 13572; 3-минутное быстрое удаление: 12258 + 12260 | РНКаза H ферментативное удаление: 12254; удаление методом магнитных шариков: 12262 покрытосеменные | Метод удаления магнитных шариков: 12271 грибковый универсальный тип | Метод удаления магнитных частиц: 12264 бактериальный универсальный тип/12265 прокариотический универсальный тип |
| Строительство библиотеки | Набор для создания библиотеки РНК без предварительной обработки: набор для создания библиотеки РНК с двумя режимами работы 12308 (совместим с Illumina и MGI); Набор для создания предварительно приготовленной библиотеки РНК: набор для создания двухрежимной библиотеки РНК 12310 (совместим с Illumina и MGI)/12340 (без актиномицина D, dUTP) | |||||
Исследование транскриптома эукариот
В исследовании транскриптома эукариот используется технология секвенирования РНК для получения общей мРНК, которая может транскрибироваться конкретными клетками в определенном функциональном состоянии.Затем загруженные необработанные данные сплайсируются и собираются, подсчитывается уровень экспрессии генов, проводятся дифференциальный анализ и анализ функционального обогащения. Он может не только получить большую часть генной информации вида, но и изучить разницу экспрессии генов и изменение функционального пути на общем уровне, а также раскрыть молекулярный механизм конкретных биологических процессов.
Технический маршрут секвенирования транскриптома эукариот
Решение для секвенирования эукариотического транскриптома на основе исходного материала
| Классификация | Категория животных | Категория растений | Грибковая категория | |||
| Тип образца | Животная ткань/клетка | Клетка | Цельная кровь | Растительная ткань | Грибковая ткань | Культивируемые грибы |
| Извлечение РНК | Метод магнитных шариков: 18605/18607/18606; Метод колонок: 19221/19211; Метод тризола: 10606/19202 | Метод магнитных шариков: 18600/18604; Метод столбцов: 19231 | Метод колонок: 19241; Метод тризола: 19201 | Метод магнитных шариков: 18534/18535/18537; Метод столбиков: 19291ES/19292ES | Метод магнитных шариков: 18534/18535/18537; Метод столбиков: 19291ES/19292ES | Метод колонки: 19301 (добавьте лизоцим 10403) |
| Захват мРНК | 12629 Мастер-комплект для выделения мРНК | 12629 Мастер-комплект для выделения мРНК | 12629 Мастер-комплект для выделения мРНК | 12629 Мастер-комплект для выделения мРНК | 12629 Мастер-комплект для выделения мРНК | 12629 Мастер-комплект для выделения мРНК |
| Строительство библиотеки | Набор непремиксованной библиотеки РНК: 12308 Набор библиотек РНК двойного режима (совместим с Illumina и MGI) Набор непремиксованной библиотеки РНК с захватом мРНК: 12309 Набор двухрежимной библиотеки РНК (совместим с Illumina и MGI) Набор предварительно приготовленных библиотек РНК: 12310 Набор двухрежимных библиотек РНК (совместим с Illumina и MGI)/12340 (без актиномицина D, dUTP) | |||||
Исследование circRNA
[Секвенирование circRNA - исследование того, как дифференциальная экспрессия circRNA влияет на биологические процессы]
Кольцевая РНК (circRNA) — это особый тип анализа некодирующей РНК. Секвенирование выполняется с использованием платформы секвенирования для проведения точной идентификации circRNA и анализа исходных генов для образцов с референтным геномом. Секвенирование circRNA все шире используется в медицинских и сельскохозяйственных исследованиях. На основе высокопроизводительного секвенирования и с опорой на основные базы данных и программное обеспечение для идентификации circRNA анализируется информация circRNA проектных видов для глубокого изучения важных функций circRNA в регуляции транскрипции.
Решение для исследования исходного материала circRNA
| Классификация | Категория животных | Категория растений | Бактериальная и грибковая категория | |||
| Тип образца | Животная ткань/клетка | Клетка | Цельная кровь | Растительная ткань | Грибковая ткань | Культивируемые бактерии и грибы |
| Извлечение РНК | Метод магнитных шариков: 18605/18607/18606; Метод колонок: 19221/19211; Метод тризола: 10606/19202 | Метод магнитных шариков: 18600/18604; Метод столбцов: 19231 | Метод колонок: 19241; Метод тризола: 19201 | Метод магнитных шариков: 18534/18535/18537; Метод столбиков: 19291ES/19292ES | Метод магнитных шариков: 18534/18535/18537; Метод столбиков: 19291ES/19292ES | Метод колонки: 19301 (грибы должны добавить лизоцим 10403) |
| Удаление рРНК | РНКаза H Ферментативное удаление: 12257; 3-минутное быстрое удаление: 12258 (удаление человеческого источника); Удаление методом магнитных шариков: 12266 (универсальный тип млекопитающих)/12267 универсальный тип птиц/12268 домашняя курица/12269 данио-рерио/12270 дрозофила/12275 устрица/12278 планария/12285 пчела/12286 паук-кругопряд/12289 клещ/12290 Aedes albopictus/12287 нематода | РНКаза H Ферментативное удаление: 12257; быстрое удаление за 3 минуты: 12258 (удаление человеком, подходит для патогенов) | РНКаза H Ферментативное удаление, включая удаление глобина: 12257 + 12806; РНКаза H Ферментативное удаление глобина: 13572; 3-минутное быстрое удаление: 12258 + 12260 | РНКаза H ферментативное удаление: 12254; удаление методом магнитных шариков: 12262 покрытосеменные | Метод удаления магнитных шариков: 12271 грибковый универсальный тип | Метод удаления магнитных частиц: 12264 бактериальный универсальный тип/12265 прокариотический универсальный тип |
| Линейное расщепление РНК | 14606 РНКаза R для удаления линейных молекул РНК | 14606 РНКаза R для удаления линейных молекул РНК | 14606 РНКаза R для удаления линейных молекул РНК | 14606 РНКаза R для удаления линейных молекул РНК | 14606 РНКаза R для удаления линейных молекул РНК | 14606 РНКаза R для удаления линейных молекул РНК |
| Строительство библиотеки | Набор для создания библиотеки РНК без предварительной обработки: набор для создания библиотеки РНК с двумя режимами работы 12308 (совместим с Illumina и MGI); Набор для создания предварительно приготовленной библиотеки РНК: набор для создания двухрежимной библиотеки РНК 12310 (совместим с Illumina и MGI)/12340 (без актиномицина D, dUTP) | |||||
Метатранскриптом
[Метатранскриптом - регистрация динамических изменений активных микроорганизмов в микроэкологической микросреде]
Метатранскриптомное секвенирование: изучает правила транскрипции и регуляции всех геномов в определенной среде на общем уровне.Рассматривая всю РНК в микроэкологической микросреде в качестве объекта исследования, он объединяет высокопроизводительное секвенирование для изучения изменений сложных микробных сообществ на уровне транскрипции и поиска активных генов, которые играют определенную роль.
Решение для исследования метатранскриптомного сырья
| Тип образца | Культивируемые бактерии и грибы | Клинические образцы |
| Извлечение РНК | Метод колонки: 19301 (грибы должны добавить ливалзим 10403) | Метод колонок: 19321 (выделение вирусной ДНК/РНК); Метод магнитных частиц: 18521 (выделение вирусной ДНК/РНК); 18306 (выделение патогенной ДНК/РНК) |
| Удаление рРНК | Быстрое удаление за 3 минуты: 12258 (удаление человеческого источника) | Быстрое удаление за 3 минуты: 12258 (удаление человеческого источника) |
| Строительство библиотеки | Вариант 1. Создание библиотеки полной РНК: набор для создания библиотеки РНК двойного режима 12308ES (совместим с Illumina и MGI); Вариант 2. Создание библиотеки ферментативного расщепления кДНК: модуль синтеза кДНК 13488ES + набор для создания библиотеки быстрого ферментативного расщепления 12316ES | Вариант 1. Создание полной библиотеки РНК: набор для создания двухрежимной библиотеки РНК 12308ES (совместим с Illumina и MGI); Вариант 2.Создание библиотеки ферментативного расщепления кДНК: модуль синтеза кДНК 13488ES + набор для быстрого создания библиотеки ферментативного расщепления 12316ES |
Рекомендация по продукту
| Название продукта | Номер по каталогу | Спецификация |
| Хайфф NGS ТМ Набор для подготовки библиотеки РНК EvoMax (dUTP) | 12340ES24/96 | 24 Т/ 96 Т |
| Хайфф NGSТМ Набор для подготовки библиотеки РНК EvoMax (dNTP) | 12341ES24/96 | 24 Т/ 96 Т |
| Хайфф NGSТМ Комплект для подготовки библиотеки РНК Ultima Dual-mode (Illumina и MGI) | 12308ES24/96 | 24 Т/ 96 Т |
| Хайфф NGSТМ Набор для подготовки библиотеки РНК Ultima Dual-mode (предварительно приготовленная версия) | 12310ES24/96 | 24 Т/ 96 Т |
| Хайфф NGSТМ Мастер-комплект для выделения мРНК V2 | 12629ES24/96 | 24 Т/ 96 Т |
| Хайфф NGSТМ Набор MaxUp Human rRNA Depletion Kit (рРНК и ITS/ETS) | 12257ES24/96 | 24 Т/ 96 Т |
| Хайфф NGSТМ Набор для истощения рРНК MaxUp (растение) | 12254ES24/96 | 24 Т/ 96 Т |
| Хайфф NGSТМ Набор для одноэтапного удаления рРНК (человек, 100–1000 нг) | 12258ES24/96 | 24 Т/ 96 Т |
| Хайфф NGSТМ Набор для удаления рРНК MagSP (бактерии (G- и G+)) с очищающими гранулами | 12264ES24/96 | 24 Т/ 96 Т |