1, Bakgrund
rRNA står för en hög andel av totalt RNA i organismer, men det kan ge lite effektiv information. Dessa RNA kommer att producera ett stort antal ogiltiga data, vilket är av liten betydelse för studien av att erhålla biologisk information. Samtidigt gör rRNA med en hög andel mRNA relativt rikligt i transkript låg, vilket påverkar detektionen av transkript med låg förekomst. Därför, vid konventionell RNA-sekvensering (RNA-SEQ), är effektivt avlägsnande av rRNA väsentligt för att uppnå kostnadseffektiv sekvensering av RNA.
2, Produktbeskrivning
(1)MaxUp-serien,rRNA Depletion Kit
MaxUp-serien av rRNA-borttagningsreagenser är baserad på RNase H-digestion för att avlägsna ribosomalt RNA (rRNA) från ett provs totala RNA för att behålla budbärar-RNA (mRNA) och andra icke-kodande RNA. Provtyperna är rika, startmängden är bred, hela processen tar mindre än 2 timmar och den manuella drifttiden är mindre än 10 minuter. Samtidigt kan rRNA effektivt tas bort för både konventionella prover och lågkvalitativa prover (som FFPE), vilket avsevärt förbättrar den effektiva datainformationen i sekvenseringsdata och realiserar kostnadseffektiv sekvensering av RNA-prover.
(2)MaxUp-seriens rRNA-borttagningsprocesser
För närvarande är RNase-eliminering den huvudsakliga metoden för rRNA-borttagning, särskilt för vissa RNA-nedbrytningsprover (som FFPE-prover), kan RNase-eliminering visa sina fördelar.

Figur 1. Schematiskt diagram över MaxUp-seriens rRNA-borttagningsprincip
3、 Display för produktprestanda
(1) Växtprover
RNase H användes för att smälta och ta bort ribosomalt RNA från totalt RNA från växter, och qPCR användes för att jämföra expressionsförändringarna av rRNA-genen och mRNA-genen före och efter avlägsnande. Resultaten visade att denna produkt effektivt kunde ta bort rRNA från växter.
FIKON. 2. 1μg Arabidopsis-blad-RNA användes för rRNA-borttagning och qPCR användes för att jämföra expressionsförändringarna av rRNA-genen och mRNA-genen före och efter avlägsnande
(2) Prov från människa/råtta/mus
RNase H användes för att smälta och ta bort ribosomalt RNA från det totala RNA från växter, bygga ett bibliotek och skicka sekvensering. Dataanalys visade att denna produkt effektivt kunde ta bort rRNA från sådana prover.
Figur 3. 1μg totalt RNA från människa, mus och råtta togs som prover och rRNA-resterna analyserades genom sekvensering efter rRNA-borttagning
(3) RNA-prover av låg kvalitet (t.ex. FFPE RNA)
Prover av låg kvalitet tenderar att ha en stor andel ITS/ETS-sekvenser (se FFPE RNA: DV200=20% i följande figur), och denna del av sekvenserna kommer också att producera ett stort antal ogiltiga data, så genom att lägga till ITS/ETS-sonder i prover av låg kvalitet kan målsekvenserna berikas ytterligare effektivt. Förutom sonden för det konventionella 45S Pre-rRNA, läggs även sonddesignen för Human 45S ITS/ETS-regionen till i denna produkt, vilket säkerställer att rRNA-borttagning i prover av låg kvalitet kan vara effektivare utan att påverka effekten av rRNA-borttagning i konventionella prover.
Figur 4.Jämförelse av rRNA-rester och ITS/ETS-rester före och efter tillsatsen av ITS/ETS-sonder
4、Beställningsinformation
Tjapp | Pproduktnamn | Produktkod | Produktspecifikationer |
rRNA-borttagning utrustning | 12257ES08/24/96 | 24/8/96T | |
12254ES08/24/96 | 8/24T/96T |