深度学习所用的核心酶原料 PCR 检测 SARS-CoV-2
自2022年3月狡猾的奥密克戎变异毒株再次打破人们平静的生活以来,新型冠状病毒疫情在全国爆发,波及30个省(区、市)。作为精准防控新冠肺炎疫情的有效手段,核酸检测已经成为人们日常生活的常态。“今天你做核酸检测了吗?”也成为人们每天的问候语。说到这里,你知道核酸检测需要哪些核心原料吗?本文就来为大家介绍一下核酸检测酶中关键的核心原料。
1. SARS-CoV-2 核酸检测流程
2. 核酸提取的核心酶
3. RT-qPCR 过程中的核心酶
4. 新冠病毒核酸检测核心酶
1. SARS-CoV-2核酸检测流程
酶是一类极其重要的生物催化剂,具有较高的催化效率和反应专一性,绝大部分生化反应都需要酶的参与。在2019-nCoV核酸检测过程中(如图1所示),不同类型的分子酶在核酸提取、RT-qPCR等不同实验阶段发挥着重要作用。接下来,我们将根据核酸检测中不同的实验环节,对核酸检测过程中使用的核心酶原料进行梳理。
图1. SARS-CoV-2核酸检测流程
2. 核酸提取的核心酶
新冠病毒核酸提取过程主要包括裂解和纯化两个步骤。裂解是破坏样品的细胞结构,使样品中的核酸游离于裂解体系中的过程;纯化是将核酸与裂解体系中的其他成分,如蛋白质、盐和其他杂质完全分离,反应过程需要蛋白酶K、脱氧核糖核酸酶I和RNase抑制剂的参与。
2.1 蛋白酶K
蛋白酶K是一种具有广泛切割活性的丝氨酸蛋白酶,切割位点为脂肪族和芳香族氨基酸的羧基末端肽键(图2)。在核酸提取过程中,蛋白酶K可以降解与核酸紧密结合的组蛋白,促进核酸的分离,使样品核酸更易于提取。此外,蛋白酶K还可以降低RNA水解酶(RNase)活性,抑制RNase对模板RNA的水解。
图2.蛋白酶K水解肽键示意图
2.2 脱氧核糖核酸酶I
脱氧核糖核酸酶I(DNase I)可以催化多种形式的DNA,靶向切割嘧啶相邻的磷酸二酯键,生成5'端带有磷酸基团、3'端带有羟基的多核苷酸,平均消化产物为最小的多四核苷酸。在SARS-CoV-2核酸提取过程中,DNase I主要用于去除RNA样本中的基因组污染,避免RNA模板中DNA残留,提高模板的纯度。
图3. DNase I 在Mg存在下切割dsDNA的示意图2+ 和锰2+
2.3 RNase抑制剂
在SARS-CoV-2核酸检测过程中,样本核酸的提取纯化或实验反应体系的制备可能会引入核糖核酸酶(RNase)污染,导致RNA模板的降解。为避免RNase污染,需要使用RNase抑制剂。
RNase Inhibitor是人胎盘中的特异性RNase抑制剂,能够特异性地与RNase结合,以非共价键形成复合物,使RNase失活。
3. RT-qPCR 过程中的核心酶
SARS-CoV-2样本核酸提取完成后,可通过RT-qPCR完成核酸检测。在这些实验过程中,DNA聚合酶、逆转录酶、尿嘧啶DNA糖基化酶都是必不可少的核心酶原料。
3.1 逆转录酶
新冠病毒RNA提取纯化后,需要逆转录酶催化dNTP聚合生成与模板RNA互补的cDNA序列(图4)。进行RT-qPCR反应,应选择耐高温的逆转录酶。目前应用最为广泛的是MMLV逆转录酶,由于其缺乏DNA内切酶活性和较低的RNase H活性,在cDNA克隆应用中更具有优势。
图4.逆转录过程示意图
3.2 DNA聚合酶
模板逆转录过程完成生成双链cDNA后,需要PCR反应中的“灵魂选手”DNA聚合酶登场,通过聚合游离的脱氧核糖核苷酸来延长DNA链,在体外对大量模板DNA进行扩增,达到病毒核酸检测的目的。
RT-qPCR反应中常用的DNA聚合酶是热启动Taq DNA聚合酶。此类酶在室温下无活性。它只有在热启动后才具有聚合活性,可以最大程度地减少背景信号的产生,解决了常规PCR反应中由于引物二聚体的产生或错配而导致的非特异性扩增问题。目前常用的DNA聚合酶热启动修饰方法主要有化学修饰、配体修饰和抗体修饰,不同热启动修饰方法的原理如图5所示。
图5. 不同类型的修饰热启动酶示意图
3.3 尿嘧啶DNA糖基化酶
在新冠病毒核酸检测过程中,操作环境中的气溶胶污染是造成PCR结果假阳性最常见的因素。在扩增体系中加入UDG酶(Uracil DNA Glycosylase,尿嘧啶DNA糖基化酶)可有效消除混入PCR体系中的扩增残留污染物(大多以气溶胶形式存在),保证扩增结果的准确性。UDG酶的防污染原理如图6所示。
图6. UDG酶抗污染原理示意图
4.SARS-CoV-2 核酸检测核心酶 Yeasen
过程 | 描述 | 产品名称 | 库存单位 |
样品处理 | 蛋白质消化 | 10401ES | |
RNA提取 | 重组 脱氧核糖核酸酶 (不含RNase) (咨询) | 10325ES | |
RNase抑制 | 小鼠 RNase 抑制剂 (40单位/微升) | 10603ES | |
逆转录 | 适用于 RT-qPCR | 希菲尔™ V 逆转录酶 (200单位/微升) | 11300ES |
HifairTM V 逆转录酶 (600U/ μL) 不含甘油 (咨询) | 11301ES | ||
PCR 扩增 | 热启动 DNA 聚合酶 | 10726ES | |
热 UDG | 尿嘧啶 DNA 糖基化酶 (UDG/UNG),热不稳定,1 U/μL | 10303ES |
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