1、背景

rRNA在生物体Total RNA中所占比例很高,但能提供的有效信息却很少,这些RNA会产生大量的无效数据,对于获取生物信息的研究意义不大。同时,比例较高的rRNA使得mRNA中相对丰度较低的转录本,从而影响对低丰度转录本的检测。因此,在常规RNA测序(RNA-SEQ)中,有效去除rRNA是实现RNA高性价比测序的关键。

2、产品描述

(1)MaxUp系列,rRNA去除试剂盒

MaxUp系列rRNA去除试剂是基于RNase H消化,从样本Total RNA中去除核糖体RNA(rRNA),保留信使RNA(mRNA)等非编码RNA。样本类型丰富,起始量广,全过程耗时小于2h,人工操作时间小于10min。同时,无论对于常规样本还是低质量样本(如FFPE),均可高效去除rRNA,大幅提升测序数据中的有效数据信息,实现RNA样本的高性价比测序。

(2)MaxUp系列rRNA去除工艺

目前RNase消除是rRNA去除的主要方法,特别是对于一些RNA降解样本(如FFPE样本),RNase消除更能体现其优势。

图1. MaxUp系列rRNA去除原理示意图

三、产品性能展示

(1)植物样本

利用RNase H对植物总RNA进行消化去除核糖体RNA,并通过qPCR比较去除前后rRNA基因和mRNA基因表达的变化,结果表明本产品能有效去除植物中的rRNA。

图2. 取1μg拟南芥叶片RNA进行rRNA去除,qPCR比较去除前后rRNA基因和mRNA基因表达变化

(2)人/大鼠/小鼠样本

使用RNase H对植物总RNA进行消化去除核糖体RNA、建库并送检测序,数据分析表明该产品能高效去除该类样品中的rRNA。

图3. 取人、小鼠、大鼠1μg总RNA作为样品,去除rRNA后测序分析rRNA残留量

(3)低质量RNA样本(如FFPE RNA)

低质量样本往往含有较大比例的ITS/ETS序列(参考下图中FFPE RNA:DV200=20%),而这部分序列也会产生大量的无效数据,因此通过在低质量样本中添加ITS/ETS探针,可以进一步有效富集目标序列。本产品除了常规的45S Pre-rRNA探针外,还增加了针对Human 45S ITS/ETS区域的探针设计,保证在不影响常规样本rRNA去除效果的情况下,低质量样本中rRNA去除更加高效。

图 4.添加 ITS/ETS 探针前后 rRNA 残基与 ITS/ETS 残基的比较

4、订购信息

电视类型

产品名称

产品代码

产品规格

rRNA去除 成套工具

希夫NGS商标 MaxUp 人类 rRNA 去除试剂盒(rRNA & ITS/ETS)

12257ES08/24/96

96年8月24日

希夫NGS商标 MaxUp rRNA 耗竭试剂盒(植物)

12254ES08/24/96

8/24T/96T

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