限制性內切酶 Yeasen FuniCut™ 系列,使用通用緩衝液進行 5 分鐘消化
幾乎每個實驗室都使用分子克隆。限制性內切酶是分子克隆實驗中至關重要的一個組成部分,但人們也常常被限制性內切酶實驗中的各種問題所困擾。常見問題如下:
- 限制性內切酶的種類很多,很難選擇。
- 錯誤切割、隨機切割或不完全酶切割。
- 消化速度緩慢;可能需要一個小時甚至一整晚。
- 此外,多酵素消化實驗也需要選擇多種酵素消化bTo
為了讓您對限制性內切酶有更透徹的了解,以下將簡單解釋什麼是限制性內切酶以及如何對各種內切酶進行分類,以回答第一個問題。這
1. 什麼是限制性內切酶?
2. 限制性內切酶命名法
3. 內切酶分類的限制
4.
1. 什麼是限制性內切酶?
限制性內切酶是一類能夠辨識雙股DNA分子中特定核苷酸序列並在特定位點切割DNA鏈中磷酸二酯鍵的酵素。
不同的限制性內切酶會辨識不同的DNA序列,它們可以在辨識序列內部或距離辨識序列不遠處切割DNA,從而產生不同的產物,如圖1所示。
圖1. BamHI、KpnI、EcoRV消化示意圖
2. 限制性內切酶命名法
屬名、種名、細菌菌株或血清型以及發現順序是命名限制性內切酶的主要因素。命名指南如下表 1 所示,以 BstEII 為例:
表 1. 限制性內切酶命名法
縮寫 | 姓名 | 意義 |
乙 | 芽孢桿菌 | 屬名首字母 |
英石 | 嗜熱脂肪乳桿菌 | 物種名稱的前兩個字母 |
埃 | 等 | 菌株名稱的首字母 |
二 | 第二次發現 | 在這些細菌中發現的順序 |
3.內切酶分類的限制
根據限制性酵素結構的複雜程度、作用方式及輔助因子的差異,可分為四類。下表2總結了各類別的特徵和典型酵素。
表 2. 幾種限制性內切酶之間的差異
核酸內切酶類 | 特徵 | 典型的酵素種類 |
I型 | 1. 識別和修改裂解。 2.能辨識特定的DNA序列,且酵素切位點距離辨識位點無限遠,可達數千個鹼基。 3. 行動需要ATP。 | EcoB、EcoK 等 |
II 型 | 1.僅具有識別切割功能。 2. 辨識序列往往是一個較短的回文序列(約4–8 bp),限制性內切酶的特異性酶切位點通常就是所辨識的序列。 3. 作用需要Mg2+。 4. 分子克隆中最常使用的限制酶類型。 | HindIII、NotI 等。 |
III型 | 1.認識與修改消化。 2.關於分離 將辨識位點與消化位點分離。 3. 行動需要ATP。 | HinfIII 等人 |
類型IV | 1. 僅切割甲基化的 DNA 序列。 2. 辨識位點與消化位點之間約有30 bp的距離。 | McrA、McrBC 等 |
如下表 3 所示,也可依辨識位點和消化位點的異同分為三組。
表 3.同裂酶、新裂酶和異尾酶的比較分析
| 同裂酶 | 新裂殖酵母 | 等尾目 |
識別序列 | 相同的 | 相同的 | 不同的 |
消化部位 | 相同的 | 不同的 | 相同的 |
典型代表 | AgeI 和 BshTI:均可辨識並切割 5′-A↓CCGGT-3′ | SmaI (5′-CCC↓GGG-3′) 和 XmaI(5′-C↓CCGGG-3′) | BamHI (5'-G↓GATCC-3') 和 BglII (5'-A↓GATCT-3') |
鑑於目前市面上部分限制性內切酶仍需過夜酶切,且產品易發生酶切錯誤,
4. Yeasen FuniCut™ 快速限制性內切酶
圖 2.
4.1 特點
- 消化速度快:5-15分鐘即可完成消化,比常規消化實驗縮短1-2小時以上。
- 通用緩衝液:任何內切酶組合都可以使用相同的緩衝液,從而使多酶裂解反應變得更簡單。
- 酵素消化效果:與N*相當,且適合其緩衝液。
- 直接電泳透過提供紅色緩衝液並允許消化產物直接進行電泳,使過程更簡單。
- 精確消化:即使經過一夜的消化,星形活性也非常小。
4.2 表演展示
4.2.1 在 FuniCut™ 緩衝液中,單次、雙重和三重消化均需 5 分鐘。
圖 3. 使用 FuniCut 進行單、雙、三重消化™ 緩衝液通常可以在 5 分鐘內完成,例如使用 EcoRI+KpnI+SmaI 進行三重消化。
4.2.2 酵素消化的效果與N*和T*相當,且與其緩衝液配合良好。
圖 4. 與類似的 N*、T* 商品相比,
4.2.3 星號活性極低的過夜消化
圖 5. 利用來自
4.2.4 高度冗餘,能夠處理一些剩餘的基質。
圖6. 利用FuniCut™快速限制性內切酶EcoR I、Eag I、XbaI、Sac I,分別以1 μg、1.5 μg質粒為底物,酵素切5分鐘,將酵素切產物進行瓊脂糖凝膠電泳。
表 4.產物和反應緩衝液相容性
產品名稱 | 貓# | 識別序列 | 溫度 | 熱失活溫度 |
| T* 緩衝區 | N* 緩衝區 | Ta* 緩衝液 | 受保護鹼基 (bp) | 回應 |
FuniCut™ AscI (查詢) | 15001ES50 | GG/CGCGCC | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 1 | 50噸 |
FuniCut™ AvrII (查詢) | 15002ES25 | 卡巴嗪 | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 25噸 |
FuniCut™ BamHI(查詢) | 15003ES76 | 加航 | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 500噸 |
FuniCut™ BclI (查詢) | 15004ES62 | 關稅同盟 | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 125噸 |
FuniCut™ BsaI (查詢) | 15005ES50 | GGTCTC(1/5) | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 不是 | 50噸 |
FuniCut™ BstEII (查詢) | 15006ES60 | G/GTNACC | 三十七 | 80 | 100 | 75 | 100 | 75 | 不是 | 100噸 |
FuniCut™ ClaI (查詢) | 15007ES50 | 超敏反應/CGAT | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 50噸 |
FuniCut™ DpnII (查詢) | 15008ES50 | /關貿總協定 | 三十七 | 80 | 100 | 75 | 100 | 75 | 不是 | 50噸 |
FuniCut™ EagI (查詢) | 15009ES25 | 碳/GGCCG | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 25噸 |
FuniCut™ EcoRI (查詢) | 15010ES78 | 豐富/亞太區 | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 5 | 600噸 |
FuniCut™ EcoRV (查詢) | 15011ES70 | 關口/空中交通管制 | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 5 | 200噸 |
FuniCut™ HindIII (查詢) | 15012ES76 | 腺癌/腺癌 | 三十七 | 80 | 100 | 75 | 100 | 100 | 3 | 500噸 |
FuniCut™ HpaI (查詢) | 15013ES50 | 甘油三酸酯/AAC | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 50 | 1 | 50噸 |
FuniCut™ KpnI (查詢) | 15015ES70 | 甘油三酸酯/C | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 200噸 |
FuniCut™ MluI (查詢) | 15016ES60 | 丙烷/CGCGT | 三十七 | 80 | 100 | 75 | 100 | 100 | 3 | 100噸 |
FuniCut™ NcoI (查詢) | 15018ES30 | 卡塔格 | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 30噸 |
FuniCut™ NdeI (查詢) | 15019ES70 | 腺苷酸/三磷酸 | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 200噸 |
FuniCut™ NheI (查詢) | 15020ES30 | 加拿大航空 | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 30噸 |
FuniCut™ NotI (查詢) | 15021ES50 | 氣相層析/GC | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 50噸 |
FuniCut™ PstI (查詢) | 15022ES76 | 中藥材/G | 三十七 | 不 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 500噸 |
FuniCut™ SacI (查詢) | 15023ES60 | 蓋格氏 | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 100噸 |
FuniCut™ SalI (查詢) | 15024ES70 | 總經理 | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 200噸 |
FuniCut™ SbfI (查詢) | 15025ES25 | 加拿大CCTGCA/GG | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 25噸 |
FuniCut™ 小尺寸 (查詢) | 15027ES60 | CCC/GGG | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 1 | 100噸 |
FuniCut™ Spel (查詢) | 15028ES50 | 雙方位 | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 50噸 |
FuniCut™ SphI (查詢) | 15029ES50 | 中山大學 | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 1 | 50噸 |
FuniCut™ SspI (查詢) | 15030ES56 | 航空運輸/航空運輸 | 三十七 | 80 | 100 | 50 | 100 | 100 | 2 | 60噸 |
FuniCut™ StuI (查詢) | 15031ES60 | 總骨密度/骨密度 | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 1 | 100噸 |
FuniCut™ TaqI (查詢) | 15032ES70 | 聚酯/聚酯 | 65 | 不 | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 200噸 |
FuniCut™ XbaI (查詢) | 15033ES76 | 雙重/加対応 | 三十七 | 80 | 100 | 50 | 100 | 100 | 2 | 500噸 |
FuniCut™ XhoI (查詢) | 15034ES76 | 中遠海運集團 | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 500噸 |
FuniCut™ FspI (查詢) | 15036ES50 | 氣道/氣道阻力 | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 50噸 |
FuniCut™ HinfI (查詢) | 15038ES76 | 甘肅省 | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 50 | 2 | 500噸 |
FuniCut™ ApaLI (查詢) | 15039ES70 | 政府/TGCAC | 三十七 | 80 | 100 | 75 | 100 | 100 | 4 | 200噸 |
FuniCut™ NruI (查詢) | 15040ES50 | 膠黏劑/膠黏劑 | 三十七 | 不 | 100 | 100 | 100 | 100 | 5 | 50噸 |
FuniCut™ PacI (查詢) | 15041ES25 | 氨酰/氨酰 | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 25噸 |
FuniCut™ PvuII (查詢) | 15042ES70 | 冠狀動脈造影/冠狀動脈造影 | 三十七 | 不 | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 200噸 |
FuniCut™ SacII (查詢) | 15043ES50 | 中碳/高碳 | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 50噸 |
FuniCut™ NsiI (查詢) | 15044ES25 | 抗心律不整/ | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 25噸 |
FuniCut™ Esp3I (BsmBI) (查詢) | 15048ES30 | CGTCTC(1/5) | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 5 | 30噸 |
FuniCut™ BglII (查詢) | 15049ES60 | 關貿總協定 | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 50 | 2 | 100噸 |
FuniCut™ BstBI (查詢) | 15050ES60 | TT/CGAA | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 不是 | 100噸 |
FuniCut™ MnlI (查詢) | 15051ES50 | 加拿大癌症中心(7/6) | 三十七 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 50噸 |
CpG:受CpG甲基化的影響。
EK:受 EcoKI 甲基化的影響。
EB:受 EcoBI 甲基化的影響。
Dcm:受 Dcm 甲基化的影響。
Dam:受到 Dam 甲基化的影響。