描述
希夫NGS™ One Pot Flash DNA Library PrepKit 是一種快速酵素法 DNA 文庫製備試劑盒,巫婆 含有高品質的 DNA 片段化酶,將 DNA 片段化、末端修復和 dA 加尾結合為一個步驟,大大減少了文庫製備的時間和成本。
本文庫製備試劑盒相容於所有常見動物、植物、微生物等100 pg-500 ng樣本。
單管快速實現DNA片段化、末端修復及A尾添加反應。 和麥肯錫 高通量測序平台。
特徵
1) 適用於100 pg-500 ng的基因組DNA樣本。
2)與 Illumina 相容 和麥肯錫 高通量測序平台。
3)碎片化、末端修復和 A 尾添加 內部反應 5 分鐘
4)高效率的文庫轉換率和擴增效率。
規格
貨號 | 12316ES24 / 12316ES96 |
尺寸 | 24 96 年 電視 |
成分
姓名 | 12316ES24 | 12316ES96 | |
12316-A | 塗抹酵素 混合 | 240 μ大號 | 960 μ大號 |
12316-B | 連接增強劑 | 720 μ大號 | 4×720 μ大號 |
12316-C | 快速T4 DNA連接酶 | 120 μ大號 | 480 μ大號 |
12316-D | 2×創世紀 高頻 放大混合 | 600 μ大號 | 4×600 μ大號 |
* | 引子混合物* | 120 μ大號 | 480 μ大號 |
筆記: * 表示該試劑不包含在該試劑盒中,需要額外試劑。套件 是 相容雙平台 Illumina 與 MGI,但額外的引子混合物(CAT # 13334 MGI 引子混合物 需要 Illumina 的 Cat# 13335 Primer Mix。
貯存
本產品應儲存於-25~-15℃ 1 年。
數位
圖1.檢測10種微生物的DNA
使用以下方法製備文庫: 貓號#12316 協定 ,10 ng ZymoBIOMICS 微生物群落 DNA 標準(Zymo Research® #D6306)。將文庫匯集並在 Illumina 上進行定序(SE75)。定序資料均質化至20M 並對兩個輸入等級的預期和檢測到的組成進行比較。特定微生物gDNA的檢測與預期組成一致。預期成分:新型隱球菌 2%、釀酒酵母 2%、枯草桿菌 12%、大腸桿菌 12%、糞腸球菌 12%、發酵乳桿菌 12%、單核細胞增生李斯特菌 12%、綠膿桿菌 12%、金黃色葡萄球菌 12% 及腸道沙門氏菌 12%。
關於手術
1. 請穿戴工作服和一次性手套進行操作,為了您的安全。
2. 在室溫下解凍組件。 解凍後,透過渦旋充分混合,短暫旋轉管子並將它們放在冰上以備後用。
3.配製各步驟反應溶液時,建議用移液管吹打混合均勻或輕輕振搖。劇烈的震動可能會造成庫產量下降。
4. 為了避免樣品的交叉污染,建議使用帶有過濾元件的槍頭。當吸取不同樣本時請更換槍頭。
5. 建議在有加熱蓋的熱循環儀中進行每個反應步驟。使用前應將熱循環儀預熱至設定溫度。
6.操作不當容易造成氣溶膠污染,影響結果的準確性。建議強制物理隔離 PCR 反應混合區域和 PCR 產物純化檢測區域。附有建庫專用移液器等設備。
7.本產品僅供研究使用。
關於 DNA 碎片
1. 本試劑盒相容範圍為100 pg–500 ng 輸入 DNA。應盡可能使用 A260/A280 = 1.8-2.0 的高品質輸入 DNA。
2.如果Input DNA中含有高濃度的金屬離子螯合劑或其他鹽類,可能會影響後續實驗。建議在 ddH2O 或 Tebuffer(10 mm tris-HCl,pH 8.0-8.5;0.1 mM EDTA)中稀釋 DNA。
3. 對於大多數高品質基因組DNA,酶切時間如表1所示。
表 1. 常規基因組 DNA 片段化建議時間
插入峰大小 | 碎片時間 | 優化範圍 |
200 基點 | 5 分鐘 | 3-8 分鐘 |
150 基點 | 8 分鐘 | 5-10分鐘 |
接頭連接
1. 接頭的濃度直接影響連接效率和文庫產量。過量使用Adapter可能會產生更多的Adapter二聚體;低劑量可能會影響 結紮 效率和文庫產量。表 2 和表 3 列出了建議用量 使用此試劑盒為不同的輸入 DNA 輸入提供適配器。
表 2. 推薦的 Illumina 不同輸入 DNA 的接頭數量
輸入DNA | 15 μM 適配器稀釋倍數 | 體積 |
50 奈克至 500 奈克 | 10 | 5 μ大號 |
1 鄰-50 鄰 | 20 | 5 μ大號 |
100 前列腺素-1 鄰 | 30 | 5 μ大號 |
表 3. 推薦的 MGI 不同輸入 DNA 的接頭數量
輸入DNA | 10 μ米 適配器稀釋倍數 | 體積 |
50 奈克至 500 奈克 | 稀釋倍數 | 5 μ大號 |
10 鄰-50 鄰 | 10 | 5 μ大號 |
100 前列腺素-10 鄰 | 5 | 5 μ大號 |
文庫擴增
應嚴格控制擴增循環數。擴增不充分可能導致文庫產量低;過度擴增可能會引入增加的偏差、錯誤、重複讀取和嵌合產物。表4 列出針對庫產量 1 的建議循環次數 μg.
表 4. 建議循環 100 pg-500 ng 輸入 DNA
輸入 DNA(ng) | 產生 1 所需的循環次數 μ克 |
500 納克 | 2-4 |
250 納克 | 4-6 |
100 納克 | 5-7 |
50 納克 | 7-9 |
5 鄰 | 11-十三 |
100 包 | 14-16 |
基於珠子的 DNA 清理和尺寸選擇
1。 文庫建構過程中有多個步驟需要DNA純化磁珠。我們推薦 Hieff NGS™ DNA 選擇珠(
2。 磁珠使用前應先在室溫下平衡,否則產量會下降,且會影響大小選擇效果。
3。 使用前應以渦旋或移液將磁珠混合均勻。
4。 轉移上清液時不要吸出珠子,即使是微量的珠子也可能影響接下來的反應。
5。 80%乙醇應新鮮配製,否則影響回收效率。
6。 在洗脫產品之前,磁珠應該在室溫下乾燥。乾燥不夠容易造成乙醇殘留影響後續反應;過度乾燥會導致磁珠破裂,降低純化產率。通常情況下,在室溫下乾燥 3-5 分鐘就足以讓珠子完全乾燥。
7。 如有需要,純化或大小選擇的 DNA 樣本洗脫於 0.1× TE 緩衝液可在 4°C 下保存 1-2 週,或在 -20°C 下保存一個月。
圖書館品質分析
1. 建構的文庫質量一般透過測量濃度和粒徑分佈來分析。
2. 可以用基於螢光的方法(例如 Qubit 和 PicoGreen 或 qPCR)測量文庫濃度。
3. 不建議使用基於吸光度的定量方法,例如NanoDrop。
4. 建議使用 qPCR 方法進行文庫定量:基於螢光的方法(例如 Qubit 和 PicoGreen)無法區分不完整的 dsDNA 結構(沒有接頭或僅一端連接接頭的插入片段)和完整的文庫。 qPCR方法只會擴增和測量兩端都連接有接頭的完整文庫(可定序文庫),從而為載入提供更準確的測量。
5. 可以使用Agilent Bioanalyzer或其他基於毛細管電泳或微流體原理的設備來分析文庫的大小分佈。
文件:
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