نوكليازات القيد من سلسلة Yeasen FuniCut™، هضم لمدة 5 دقائق باستخدام Universal Buffer
يُستخدم الاستنساخ الجزيئي في كل مختبر تقريبًا. تُعَد نوكليازات القيد مكونًا أساسيًا في تجارب الاستنساخ الجزيئي، ولكن الأشخاص غالبًا ما ينزعجون أيضًا من مشكلات مختلفة تتعلق بتجارب نوكليازات القيد. المشكلات الشائعة هي كما يلي:
- هناك العديد من أنواع نوكليازات التقييد، ومن الصعب الاختيار.
- الانقسام غير المنظم، الانقسام العشوائي، أو الانقسام الأنزيمي غير المكتمل.
- معدل الهضم بطيء، فقد يستغرق ساعة أو حتى ليلة كاملة.
- بالإضافة إلى ذلك، تحتاج تجارب هضم الإنزيمات المتعددة أيضًا إلى اختيار مجموعة متنوعة من هضم الإنزيمات
لإثبات فهمك الشامل لإنزيمات النوكلياز المقيدة، سوف نوضح فيما يلي بإيجاز ما هي إنزيمات النوكلياز المقيدة وكيف يتم تصنيف إنزيمات النوكلياز المختلفة في إجابة السؤال الأول. قد تحل سلسلة Yeasen FuniCut™ من إنزيمات النوكلياز المقيدة السريعة بسهولة المشكلات من الثانية إلى الرابعة من خلال تعديل الإجهاد وإجراء محسن!
1. ما هي نوكلياز القيد؟
2. قيود تسمية نوكليازات النهاية
3. القيود المفروضة على تصنيف النوكليازات
4. نوكليازات القيد السريع FuniCut™ من Yeasen
1. ما هي نوكلياز القيد؟
إن نوكليازات القيد هي فئة من الإنزيمات التي يمكنها التعرف على تسلسلات نيوكليوتيدات محددة في جزيئات الحمض النووي مزدوج السلسلة وقطع ارتباط الفسفوديستر في سلاسل الحمض النووي في مواقع محددة.
ستتعرف نوكليازات التقييد المختلفة على تسلسلات DNA مختلفة، ويمكنها قطع DNA داخل تسلسل التعرف أو في مكان ليس بعيدًا عن تسلسل التعرف، مما يؤدي إلى ظهور منتجات مختلفة، كما هو موضح في الشكل 1. يشكل BamHI نهايات لزجة، ويشكل KpnI نهايات 3'ticky، ويشكل EcoRV نهايات غير حادة.
الشكل 1. مخطط تخطيطي لهضم BamHI وKpnI وEcoRV
2. قيود تسمية نوكليازات النهاية
إن اسم الجنس، واسم النوع، والسلالة البكتيرية أو النمط المصلي، وترتيب الاكتشاف هي العوامل الأساسية المستخدمة لتسمية نوكليازات القيد. يتم عرض إرشادات التسمية في الجدول 1 أدناه باستخدام BstEII كمثال:
الجدول 1. تسمية نوكليازات القيود
| اختصار | الاسم الكامل | التداعيات |
| ب | العصية | الحرف الأول من اسم الجنس |
| شارع | ستيروثيرموفيلوس | الحرفان الأولان من اسم النوع |
| هـ | إت | الحرف الأول من اسم السلالة |
| الثاني | الاكتشاف الثاني | الترتيب الموجود في هذه البكتيريا |
3.القيود المفروضة على تصنيف النوكليازات
وفقًا لتعقيد البنية وطريقة العمل والاختلاف بين العوامل المساعدة، يمكن تقسيم إنزيمات القيد إلى أربع فئات. يلخص الجدول 2 التالي خصائص وإنزيمات كل فئة.
الجدول 2. الاختلافات بين العديد من نوكليازات القيد
| فئة النوكليازات النهائية | سمات | أنواع الأنزيمات النموذجية |
| النوع الأول | 1. انقسام التعرف والتعديل. 2. يمكنه التعرف على تسلسلات DNA محددة، وموقع الهضم يقع بعيدًا بشكل غير محدد عن موقع التعرف، بما يصل إلى آلاف القواعد. 3. الفعل يتطلب وجود ATP. | EcoB، EcoK، وما إلى ذلك. |
| النوع الثاني | 1. لديه وظيفة تحديد القطع فقط. 2. غالبًا ما يكون تسلسل التعرف عبارة عن تسلسل متماثل قصير (حوالي 4-8 زوج أساسي)، وموقع الهضم المحدد للنوكلياز التقييدي هو التسلسل المعترف به عادةً. 3. يتطلب الفعل وجود Mg2+. 4. نوع إنزيمات القيد المستخدمة بشكل متكرر في الاستنساخ الجزيئي. | هنديIII، نوتي، إلخ. |
| النوع الثالث | 1. التعرف على الهضم وتعديله. 2. افصل بشكل منفصل موقع التعرف عن موقع الهضم. 3. الفعل يتطلب وجود ATP. | هينفيو وآخرون. |
| النوع الرابع | 1. يقطع فقط تسلسلات الحمض النووي المثيلية. 2. تفصل مسافة 30 زوجًا قاعديًا تقريبًا بين موقع التعرف وموقع الهضم. | McrA، McrBC، وما إلى ذلك. |
وكما هو موضح في الجدول 3 أدناه، يمكن أيضًا تقسيمها إلى ثلاث مجموعات بناءً على أوجه التشابه والاختلاف بين مواقع التعرف والهضم.
الجدول 3.تحليل مقارن للـ Isoschizomer و Neoschizomer و Isocaudarner
|
| إيزوشيزومير | نيوشيزومير | إيزوكادارنر |
| تسلسل التعرف | نفس | نفس | مختلف |
| مواقع الهضم | نفس | مختلف | نفس |
| ممثل نموذجي | AgeI وBshTI: كلاهما يتعرفان على 5'-A↓CCGGT-3' وينشطران | SmaI (5′-CCC↓GGG-3′) وXmaI(5′-C↓CCGGG-3′) | BamHI (5'-G↓GATCC-3') وBglII (5'-A↓GATCT-3') |
نظرًا لحقيقة أن بعض نوكليازات التقييد الموجودة في السوق لا تزال تتطلب الهضم طوال الليل، وأن المنتجات معرضة للهضم غير الصحيح، فإن نوكليازات التقييد السريع Yeasen، وهي عبارة عن منظم عالمي، تكمل الهضم الدقيق في 5 دقائق، مما يسمح بتجارب الهضم الخاصة بك دون أي مشاكل!
4. ياسين فانيكت™ نوكليازات القيد السريع
الشكل 2. إنزيم النوكلياز السريع التقييد من Yeasen FuniCut™
4.1 المميزات
- الهضم السريع: يمكن الانتهاء من عملية الهضم في غضون 5 إلى 15 دقيقة، وهو ما يمكن تقليصه بما يزيد عن ساعة إلى ساعتين مقارنة بتجارب الهضم التقليدية.
- المخزن الشامل: يصبح تفاعل الانقسام المتعدد الإنزيمات أبسط من خلال حقيقة أن أي تركيبة من النوكليازات النهائية يمكنها استخدام نفس المخزن.
- تأثير هضم الأنزيم: مماثل لـ N* ومناسب لمخزنه المؤقت.
- يجعل التحليل الكهربائي المباشر العملية أكثر بساطة من خلال توفير مخزن للون الأحمر والسماح بتوصيل منتجات الهضم مباشرة للتحليل الكهربائي.
- الهضم الدقيق: حتى مع الهضم أثناء الليل، يكون نشاط النجم ضئيلًا للغاية.
4.2 معرض الأداء
4.2.1 في FuniCut™ Buffer، تتم عملية الهضم المفردة والمزدوجة والثلاثية في 5 دقائق.
الشكل 3. الهضم الفردي والمزدوج والثلاثي باستخدام FuniCut™ يمكن عادةً الانتهاء من عملية التخزين المؤقت في 5 دقائق، على سبيل المثال، الهضم الثلاثي باستخدام EcoRI+KpnI+SmaI.
4.2.2 إن تأثير هضم الإنزيم مماثل لتأثير N* وT*، وهو يعمل بشكل جيد مع مخازنهما.
الشكل 4. بالمقارنة مع السلع المماثلة N*، T*، فإن تأثير هضم إنزيم Yeasen FuniCut™ BamHI متوافق مع المخازن المؤقتة ذات العلامة التجارية N*، T*.
4.2.3 الهضم أثناء الليل مع نشاط نجمي منخفض جدًا
الشكل 5. استخدام نوكليازات سريعة HindIII وNheI وPstI وXbaI وXhoI من Yeasen وTbydance مع البروتوكول التجريبي الموصى به من قبل كل علامة تجارية.قم بإجراء عملية هضم طوال الليل (16 ساعة) وتحليل المنتجات المهضومة باستخدام التحليل الكهربائي للهلام الآغاروزي.
4.2.4 ذات قدرة عالية على التكرار وقادرة على التعامل مع بعض الركيزة الزائدة.
الشكل 6. باستخدام نوكليازات FuniCut™ Fast Restriction Endonucleases EcoR I وEag I وXbaI وSac I، تم استخدام 1 ميكروجرام و1.5 ميكروجرام من البلازميد كركائز على التوالي، وتم هضمها لمدة 5 دقائق، وتم إخضاع المنتجات المهضومة لعملية كهربي هلام الأجار.
الجدول 4.توافق المنتجات ومحلول التفاعل
| اسم المنتج | قطة# | تسلسل التعرف | درجة حرارة | درجة حرارة التعطيل الحراري |
| المخزن المؤقت T* | المخزن المؤقت N* | مخزن تا* | القاعدة المحمية (bp) | الاستجابات |
| FuniCut™ أسكي (الاستفسار) | 15001ES50 | جي جي/سي جي سي سي سي | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 1 | 50 طن |
| فانيكت™ أفيري الثاني (الاستفسار) | 15002ES25 | سي/سي تي أي جي جي | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 25 طن |
| فانيكت™ بام هاي (الاستفسار) | 15003ES76 | ج/GATCC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 500 طن |
| FuniCut™ BclI (الاستفسار) | 15004ES62 | ت/جاتكا | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 125 طن |
| فانيكت™ بي إس أي (الاستفسار) | 15005ES50 | مركز تدريب الشرطة المجتمعية (1/5) | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | لا | 50 طن |
| فانيكت™ بيست إي آي (الاستفسار) | 15006ES60 | ج/جتناك | 37 | 80 | 100 | 75 | 100 | 75 | لا | 100 طن |
| FuniCut™ ClaI (الاستفسار) | 15007ES50 | AT/CGAT | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 50 طن |
| فنكت™ DpnII (الاستفسار) | 15008ES50 | /جاتك | 37 | 80 | 100 | 75 | 100 | 75 | لا | 50 طن |
| فانيكت™ إيجي (الاستفسار) | 15009ES25 | ج/ججكج | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 25 طن |
| فانيكت™ ايكو ري (الاستفسار) | 15010ES78 | ج/ايه ايه تي تي سي | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 5 | 600 طن |
| FuniCut™ EcoRV (الاستفسار) | 15011ES70 | جات/مراقبة الحركة الجوية | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 5 | 200 طن |
| فانيكت™ هيندي 3 (الاستفسار) | 15012ES76 | أ/أجكتت | 37 | 80 | 100 | 75 | 100 | 100 | 3 | 500 طن |
| فانيكت™ HpaI (الاستفسار) | 15013ES50 | جي تي تي/إيه إيه سي | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 50 | 1 | 50 طن |
| فانيكت™ KpnI (الاستفسار) | 15015ES70 | جي جي تي أي سي/سي | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 200 طن |
| FuniCut™ MluI (الاستفسار) | 15016ES60 | أ/ج ج ج ت | 37 | 80 | 100 | 75 | 100 | 100 | 3 | 100 طن |
| FuniCut™ NcoI (الاستفسار) | 15018ES30 | ج/كاتج | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 30 طن |
| فنكت™ نيدي (الاستفسار) | 15019ES70 | CA/TATG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 200 طن |
| فنكت™ نيهي (الاستفسار) | 15020ES30 | جي/سي تي أي جي سي | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 30 طن |
| FuniCut™ NotI (الاستفسار) | 15021ES50 | جي سي/جي جي سي سي جي سي | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 50 طن |
| فانيكت™ بيست اي (الاستفسار) | 15022ES76 | سي تي جي سي ايه/جي | 37 | لا | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 500 طن |
| حقيبة FuniCut™الاستفسار) | 15023ES60 | غاغكت/ج | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 100 طن |
| فنكت™ سالى (الاستفسار) | 15024ES70 | جي/تي سي جي ايه سي | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 200 طن |
| فنكت™ SbfI (الاستفسار) | 15025ES25 | مركز تدريب الشرطة المجتمعية/جي جي | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 25 طن |
| FuniCut™ سمايل (الاستفسار) | 15027ES60 | سي سي سي/جي جي جي | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 1 | 100 طن |
| لعبة FuniCut™ (الاستفسار) | 15028ES50 | أ/ سي تي أي جي تي | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 50 طن |
| فنكت™ SphI (الاستفسار) | 15029ES50 | GCATG/C | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 1 | 50 طن |
| FuniCut™ SspI (الاستفسار) | 15030ES56 | AAT/ATT | 37 | 80 | 100 | 50 | 100 | 100 | 2 | 60 طن |
| FuniCut™ StuI (الاستفسار) | 15031ES60 | AGG/CCT | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 1 | 100 طن |
| فنكت™ تاكي (الاستفسار) | 15032ES70 | تي/سي جي ايه | 65 | لا | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 200 طن |
| فانيكت™ اكس بي اي (الاستفسار) | 15033ES76 | ت/كتاجا | 37 | 80 | 100 | 50 | 100 | 100 | 2 | 500 طن |
| فانيكت™ XhoI (الاستفسار) | 15034ES76 | سي/تي سي جي أي جي | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 500 طن |
| FuniCut™ FspI (الاستفسار) | 15036ES50 | تي جي سي/جي سي ايه | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 50 طن |
| FuniCut™ خلفية (الاستفسار) | 15038ES76 | جي/ان تي سي | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 50 | 2 | 500 طن |
| فنكت™ أبالي (الاستفسار) | 15039ES70 | جي/تي جي سي أيه سي | 37 | 80 | 100 | 75 | 100 | 100 | 4 | 200 طن |
| فنكت™ نروي (الاستفسار) | 15040ES50 | TCG/CGA | 37 | لا | 100 | 100 | 100 | 100 | 5 | 50 طن |
| فانيكت™ باسي (الاستفسار) | 15041ES25 | تاتا/تاا | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 25 طن |
| فانيكت™ بي في يو الثاني (الاستفسار) | 15042ES70 | CAG/CTG | 37 | لا | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 200 طن |
| حقيبة FuniCut™ II (الاستفسار) | 15043ES50 | مركز الخليج التجاري/جي جي | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 50 طن |
| FuniCut™ NsiI (الاستفسار) | 15044ES25 | أتجكا/ت | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 25 طن |
| FuniCut™ Esp3I (BsmBI) (الاستفسار) | 15048ES30 | مركز تدريب الشركات الصغيرة والمتوسطة (1/5) | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 5 | 30 طن |
| فانيكت™ بجل الثاني (الاستفسار) | 15049ES60 | أ/GATCT | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 50 | 2 | 100 طن |
| فانيكت™ بي اس تي بي اي (الاستفسار) | 15050ES60 | تي تي/سي جي ايه ايه | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | لا | 100 طن |
| فانيكت™ منلي (الاستفسار) | 15051ES50 | مركز تدريب الشرطة المجتمعية (7/6) | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 50 طن |
CpG: يتأثر بميثيل CpG.
EK: متأثر بمثيلة EcoKI.
EB: متأثر بمثيلة EcoBI.
Dcm: يتأثر بمثيلة Dcm.
السد: متأثر بمثيلة السد.
