Endonucleasas de restricción de la serie FuniCut™ de Yeasen, digestión durante 5 minutos con tampón universal
La clonación molecular se utiliza en casi todos los laboratorios. Las endonucleasas de restricción son un componente crucial en los experimentos de clonación molecular, pero a menudo también surgen diversos problemas con los experimentos de endonucleasas de restricción. Los problemas más comunes son los siguientes:
- Hay tantos tipos de endonucleasas de restricción que es difícil elegir.
- Escisión errónea, escisión aleatoria o escisión enzimática incompleta.
- El ritmo de la digestión es lento; puede tardar una hora o incluso toda la noche.
- Además, los experimentos de digestión enzimática múltiple también necesitan elegir una variedad de digestión enzimática bTo
Para demostrarle que tiene un conocimiento más profundo de las endonucleasas de restricción, a continuación se explicará brevemente qué son las endonucleasas de restricción y cómo se clasifican las distintas endonucleasas en respuesta a la primera pregunta. ¡La serie Yeasen FuniCut™ de endonucleasas de restricción rápidas puede resolver fácilmente los problemas segundo a cuarto mediante la modulación de la tensión y un procedimiento mejorado!
1. ¿Qué es la endonucleasa de restricción?
2. Restricciones de la nomenclatura de endonucleasas
3. Restricciones a la clasificación de las endonucleasas
4. Endonucleasas de restricción rápida Yeasen FuniCut™
1. ¿Qué es la endonucleasa de restricción?
Las endonucleasas de restricción son una clase de enzimas que pueden reconocer secuencias de nucleótidos específicas en moléculas de ADN de doble cadena y cortar el enlace fosfodiéster en las cadenas de ADN en sitios específicos.
Diferentes endonucleasas de restricción reconocerán diferentes secuencias de ADN. Pueden cortar el ADN dentro de la secuencia de reconocimiento o en un lugar no muy alejado de la secuencia de reconocimiento, lo que da como resultado varios productos, como se ilustra en la Figura 1. BamHI forma extremos pegajosos, KpnI forma extremos pegajosos 3' y EcoRV forma extremos romos.
Figura 1. Diagrama esquemático de la digestión con BamHI, KpnI y EcoRV
2. Restricciones de la nomenclatura de endonucleasas
El nombre del género, el nombre de la especie, la cepa bacteriana o el serotipo y el orden de descubrimiento son los factores principales que se utilizan para nombrar las endonucleasas de restricción. Las pautas para nombrarlas se muestran en la Tabla 1 a continuación, utilizando BstEII como ejemplo:
Tabla 1. Nomenclatura de endonucleasas de restricción
Abreviatura | Nombre completo | Implicación |
B | Bacilo | Primera letra del nombre del género |
calle | Estearotermófilo | Las dos primeras letras del nombre de la especie. |
mi | Y | La primera letra del nombre de la cepa |
II | Segundo descubrimiento | El orden que se encuentra en dichas bacterias |
3.Restricciones en la clasificación de las endonucleasas
Según la complejidad de la estructura, el modo de acción y la diferencia entre los cofactores, las enzimas de restricción se pueden dividir en cuatro categorías. La siguiente tabla 2 resume las características y enzimas típicas de cada categoría.
Tabla 2. Variaciones entre varias endonucleasas de restricción
Clase de endonucleasa | Características | Especies de enzimas típicas |
Tipo I | 1. Reconocimiento y modificación de la escisión. 2. Puede reconocer secuencias de ADN específicas y el sitio de digestión está indefinidamente alejado del sitio de reconocimiento, hasta miles de bases. 3. La acción requiere ATP. | EcoB, EcoK, etc. |
Tipo II | 1. Solo tiene la función de identificar el corte. 2. La secuencia de reconocimiento suele ser una secuencia palindrómica corta (alrededor de 4 a 8 pb), y el sitio de digestión específico de la endonucleasa de restricción suele ser la secuencia reconocida. 3. La acción requiere Mg2+. 4. El tipo de enzimas de restricción más frecuentemente utilizadas en la clonación molecular. | HindIII, NoI, etc. |
Tipo III | 1. Reconocimiento y modificación de la digestión. 2. Acerca de separarp separa el sitio de reconocimiento del sitio de digestión. 3. La acción requiere ATP. | HinfIII y col. |
Tipo IV | 1. Corta únicamente secuencias de ADN metiladas. 2. Aproximadamente 30 pb separan el sitio de reconocimiento del sitio de digestión. | etc. |
Como se indica en la Tabla 3 a continuación, también se puede dividir en tres grupos según las similitudes y diferencias entre los sitios de reconocimiento y digestión.
Tabla 3.Análisis comparativo de isosquizómero, neoesquizómero e isocaudarner
| Isosquizómero | Neoesquizómero | Isocaudarner |
secuencia de reconocimiento | mismo | mismo | diferente |
sitios de digestión | mismo | diferente | mismo |
representante típico | AgeI y BshTI: ambos reconocen y escinden 5′-A↓CCGGT-3′ | SmaI (5′-CCC↓GGG-3′) y XmaI(5′-C↓CCGGG-3′) | BamHI (5'-G↓GATCC-3') y BglII (5'-A↓GATCT-3') |
En vista del hecho de que algunas endonucleasas de restricción en el mercado aún requieren digestión durante la noche, y los productos son propensos a una digestión incorrecta, la nucleasa de endonucleasa de restricción rápida Yeasen, un tampón universal, completa una digestión precisa en 5 minutos, lo que permite que sus experimentos de digestión no tengan más problemas.
4. Yeasen FuniCut™ Endonucleasas de restricción rápida
Figura 2. Endonucleasas de restricción rápida Yeasen FuniCut™
4.1 Características
- Digestión rápida: la digestión puede finalizar en 5 a 15 minutos, lo que puede reducirse en más de 1 a 2 horas en comparación con los experimentos de digestión convencionales.
- Tampón universal: la reacción de escisión multienzimática se simplifica por el hecho de que cualquier combinación de endonucleasas puede utilizar el mismo tampón.
- Efecto de la digestión enzimática: comparable a N* y apropiado para su tampón.
- La electroforesis directa simplifica el proceso al proporcionar un tampón de color rojo y permitir que los productos de la digestión se entreguen directamente para la electroforesis.
- Digestión precisa: incluso con digestión nocturna, hay muy poca actividad estelar.
4.2 Exhibición de la actuación
4.2.1 En FuniCut™ Buffer, la digestión simple, doble y triple se lleva a cabo en 5 minutos.
Figura 3. Digestión simple, doble y triple utilizando FuniCut™ Por lo general, el tampón se puede terminar en 5 minutos, por ejemplo, la triple digestión utilizando EcoRI+KpnI+SmaI.
4.2.2 El impacto de la digestión enzimática es comparable al de N* y T*, y funciona bien con sus tampones.
Figura 4. En comparación con productos N*, T* similares, el efecto de digestión enzimática de Yeasen FuniCut™ BamHI es compatible con los tampones de marca N*, T*.
4.2.3 Digestión nocturna con muy baja actividad estelar
Figura 5. Utilice las endonucleasas rápidas HindIII, NheI, PstI, XbaI y XhoI de Yeasen, Tbydance con el protocolo experimental recomendado por cada marca.Realizar una digestión durante la noche (16 h) y analizar los productos digeridos mediante electroforesis en gel de agarosa.
4.2.4 Altamente redundante y capaz de manejar algún sustrato excedente.
Figura 6. Utilizando las endonucleasas de restricción rápida FuniCut™ EcoR I, Eag I, XbaI y Sac I, se utilizaron 1 μg y 1,5 μg de plásmido como sustratos, respectivamente, y se digirieron durante 5 minutos, y los productos digeridos se sometieron a electroforesis en gel de agarosa.
Tabla 4.Compatibilidad de productos y tampones de reacción
Nombre del producto | Gato# | Secuencia de reconocimiento | Temperatura | Temperatura de desactivación térmica |
| Tampón T* | Tampón N* | Tampón Ta* | Base protegida (bp) | Respuestas |
FuniCut™ AscI (preguntar) | 15001ES50 | GG/CGCGCC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 1 | 50 toneladas |
FuniCut™ AvrII (preguntar) | 15002ES25 | C/CTAGG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 25T |
FuniCut™ BamHI (preguntar) | 15003ES76 | G/GATCC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 500 toneladas |
FuniCut™ BclI (preguntar) | 15004ES62 | T/GATCA | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 125T |
FuniCut™ BsaI (preguntar) | 15005ES50 | GGTCTC(1/5) | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | No | 50 toneladas |
FuniCut™ BstEII (preguntar) | 15006ES60 | G/GTNACC | 37 | 80 | 100 | 75 | 100 | 75 | No | 100 toneladas |
FuniCut™ ClaI (preguntar) | 15007ES50 | En/CGAT | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 50 toneladas |
FuniCut™ DpnII (preguntar) | 15008ES50 | /GATC | 37 | 80 | 100 | 75 | 100 | 75 | No | 50 toneladas |
FuniCut™ Águila (preguntar) | 15009ES25 | C/CCGG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 25T |
FuniCut™ EcoRI (preguntar) | 15010ES78 | G/AATTC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 5 | 600T |
FuniCut™ EcoRV (preguntar) | 15011ES70 | GAT/ATC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 5 | 200 toneladas |
FuniCut™ HindIII (preguntar) | 15012ES76 | A/AGCTT | 37 | 80 | 100 | 75 | 100 | 100 | 3 | 500 toneladas |
FuniCut™ HpaI (preguntar) | 15013ES50 | GTT/AAC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 50 | 1 | 50 toneladas |
FuniCut™ KpnI (preguntar) | 15015ES70 | GGTAC/C | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 200 toneladas |
FuniCut™ MluI (preguntar) | 15016ES60 | A/CGCGT | 37 | 80 | 100 | 75 | 100 | 100 | 3 | 100 toneladas |
FuniCut™ NcoI (preguntar) | 15018ES30 | C/CATGG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 30T |
FuniCut™ NdeI (preguntar) | 15019ES70 | CA/TATG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 200 toneladas |
FuniCut™ NheI (preguntar) | 15020ES30 | G/CTAGC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 30T |
FuniCut™ NoI (preguntar) | 15021ES50 | GC/GGCCGC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 50 toneladas |
FuniCut™ PstI (preguntar) | 15022ES76 | CTGCA/G | 37 | No | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 500 toneladas |
FuniCut™ SacI (preguntar) | 15023ES60 | TCGA/C | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 100 toneladas |
FuniCut™ SalI (preguntar) | 15024ES70 | G/TCGAC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 200 toneladas |
FuniCut™ SbfI (preguntar) | 15025ES25 | CCTGCA/GG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 25T |
FuniCut™ Pequeño (preguntar) | 15027ES60 | CCC/GGG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 1 | 100 toneladas |
Juego FuniCut™ (preguntar) | 15028ES50 | A/CTAGT | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 50 toneladas |
FuniCut™ SphI (preguntar) | 15029ES50 | GCATG/C | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 1 | 50 toneladas |
FuniCut™ SspI (preguntar) | 15030ES56 | AAT/ATT | 37 | 80 | 100 | 50 | 100 | 100 | 2 | 60T |
FuniCut™ StuI (preguntar) | 15031ES60 | AGG/CCT | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 1 | 100 toneladas |
FuniCut™ TaqI (preguntar) | 15032ES70 | T/CGA | 65 | No | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 200 toneladas |
FuniCut™ XbaI (preguntar) | 15033ES76 | T/CTAGA | 37 | 80 | 100 | 50 | 100 | 100 | 2 | 500 toneladas |
FuniCut™ XhoI (preguntar) | 15034ES76 | C/TCGAG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 500 toneladas |
FuniCut™ FspI (preguntar) | 15036ES50 | GCC/GCA | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 50 toneladas |
FuniCut™ HinfI (preguntar) | 15038ES76 | G/ANTC | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 50 | 2 | 500 toneladas |
FuniCut™ ApaLI (preguntar) | 15039ES70 | G/TGCAC | 37 | 80 | 100 | 75 | 100 | 100 | 4 | 200 toneladas |
FuniCut™ NruI (preguntar) | 15040ES50 | Juego de cartas coleccionables/juego de cartas coleccionables | 37 | No | 100 | 100 | 100 | 100 | 5 | 50 toneladas |
FuniCut™ PacI (preguntar) | 15041ES25 | TTAAT/TAA | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 25T |
FuniCut™ PvuII (preguntar) | 15042ES70 | CAG/CTG | 37 | No | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 200 toneladas |
FuniCut™ SacII (preguntar) | 15043ES50 | CCGC/GG | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 50 toneladas |
FuniCut™ NsiI (preguntar) | 15044ES25 | ATGCA/T | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 25T |
FuniCut™ Esp3I (BsmBI) (preguntar) | 15048ES30 | CGTCTC(1/5) | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 5 | 30T |
FuniCut™ BglII (preguntar) | 15049ES60 | A/GATCT | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 50 | 2 | 100 toneladas |
FuniCut™ BstBI (preguntar) | 15050ES60 | TT/CGAA | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | No | 100 toneladas |
FuniCut™ MnlI (preguntar) | 15051ES50 | CCTC (7/6) | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 50 toneladas |
CpG: Afectado por la metilación de CpG.
EK: Afectado por la metilación de EcoKI.
EB: Afectado por la metilación de EcoBI.
Dcm: Afectado por la metilación de Dcm.
Presa: Afectada por la metilación de Dam.