1、Antecedentes
El ARNr representa una gran proporción del ARN total en los organismos, pero puede proporcionar poca información efectiva. Estos ARN producirán una gran cantidad de datos no válidos, lo que tiene poca importancia para el estudio de la obtención de información biológica. Mientras tanto, el ARNr con una alta proporción hace que el ARNm sea relativamente abundante en las transcripciones bajas, lo que afecta la detección de transcripciones con baja abundancia. Por lo tanto, en la secuenciación de ARN convencional (RNA-SEQ), la eliminación efectiva del ARNr es esencial para lograr una secuenciación rentable del ARN.
2、Descripción del producto
(1) Kit de depleción de ARNr de la serie MaxUp
La serie MaxUp de reactivos de eliminación de ARNr se basa en la digestión con ARNasa H para eliminar el ARN ribosómico (ARNr) del ARN total de una muestra para retener el ARN mensajero (ARNm) y otros ARN no codificantes. Los tipos de muestra son abundantes, la cantidad inicial es amplia, todo el proceso lleva menos de 2 h y el tiempo de operación manual es inferior a 10 min. Al mismo tiempo, el ARNr se puede eliminar de manera eficiente tanto de muestras convencionales como de muestras de baja calidad (como FFPE), lo que mejora significativamente la información de datos efectiva en la secuenciación de datos y logra una secuenciación rentable de muestras de ARN.
(2) Procesos de eliminación de ARNr de la serie MaxUp
En la actualidad, la eliminación de ARNasa es el principal método de eliminación de ARNr, especialmente para algunas muestras de degradación de ARN (como las muestras FFPE), la eliminación de ARNasa puede mostrar sus ventajas.
Figura 1. Diagrama esquemático del principio de eliminación de ARNr de la serie MaxUp
3. Visualización del rendimiento del producto
(1) Muestras de plantas
Se utilizó la ARNasa H para digerir y eliminar el ARN ribosómico del ARN total de las plantas, y se utilizó la PCR cuantitativa para comparar los cambios de expresión del gen ARNr y del gen ARNm antes y después de la eliminación. Los resultados mostraron que este producto podía eliminar eficazmente el ARNr de las plantas.
FIG. 2. Se utilizó 1 μg de ARN de hoja de Arabidopsis para la eliminación del ARNr, y se utilizó qPCR para comparar los cambios de expresión del gen del ARNr y del gen del ARNm antes y después de la eliminación.
(2) Muestra de humano/rata/ratón
Se utilizó la ARNasa H para digerir y eliminar el ARN ribosómico del ARN total de las plantas, crear una biblioteca y enviar la secuenciación. El análisis de los datos demostró que este producto podía eliminar eficazmente el ARNr de dichas muestras.
Figura 3. Se tomaron como muestras 1 μg de ARN total de humanos, ratones y ratas, y los residuos de ARNr se analizaron mediante secuenciación después de la eliminación del ARNr.
(3) Muestras de ARN de baja calidad (por ejemplo, ARN FFPE)
Las muestras de baja calidad tienden a tener una gran proporción de secuencias ITS/ETS (consulte el ARN FFPE: DV200=20% en la siguiente figura), y esta parte de las secuencias también producirá una gran cantidad de datos no válidos, por lo que al agregar sondas ITS/ETS en muestras de baja calidad, las secuencias objetivo se pueden enriquecer aún más de manera efectiva. Además de la sonda para el pre-ARNr 45S convencional, en este producto también se agrega el diseño de sonda para la región ITS/ETS 45S humana, lo que garantiza que la eliminación de ARNr en muestras de baja calidad pueda ser más eficiente sin afectar el efecto de eliminación de ARNr en muestras convencionales.
Figura 4.Comparación de residuos de ARNr y residuos de ITS/ETS antes y después de la adición de sondas de ITS/ETS
4、Información para pedidos
| yotipo | PAGNombre del producto | Código del producto | Especificaciones del producto |
| Eliminación de ARNr equipo | Alto NGSMT. Kit de depleción de ARNr humano MaxUp (ARNr e ITS/ETS) | 12257ES08/24/96 | 24/8/96T |
| 12254ES08/24/96 | 8/24 dientes/96 dientes |