1. Contexte
L'ARNr représente une proportion élevée de l'ARN total dans les organismes, mais il peut fournir peu d'informations efficaces. Ces ARN produiront un grand nombre de données invalides, ce qui n'a que peu d'importance pour l'étude visant à obtenir des informations biologiques. En même temps, l'ARNr avec une proportion élevée rend l'ARNm relativement abondant dans les transcrits faible, affectant ainsi la détection des transcrits avec une faible abondance. Par conséquent, dans le séquençage d'ARN conventionnel (RNA-SEQ), l'élimination efficace de l'ARNr est essentielle pour obtenir un séquençage rentable de l'ARN.
2. Description du produit
(1) Série MaxUp, kit de déplétion d'ARNr
La série MaxUp de réactifs d'élimination d'ARNr est basée sur la digestion par RNase H pour éliminer l'ARN ribosomique (ARNr) de l'ARN total d'un échantillon afin de conserver l'ARN messager (ARNm) et d'autres ARN non codants. Les types d'échantillons sont riches, la quantité de départ est large, l'ensemble du processus prend moins de 2 heures et le temps d'opération manuelle est inférieur à 10 minutes. Dans le même temps, l'ARNr peut être éliminé efficacement pour les échantillons conventionnels et les échantillons de faible qualité (tels que FFPE), améliorant considérablement les informations de données efficaces dans le séquençage des données et réalisant un séquençage rentable des échantillons d'ARN.
（2）Processus d'élimination de l'ARNr de la série MaxUp
À l’heure actuelle, l’élimination de l’ARNase est la principale méthode d’élimination de l’ARNr, en particulier pour certains échantillons de dégradation de l’ARN (tels que les échantillons FFPE), l’élimination de l’ARNase peut montrer ses avantages.
Figure 1. Schéma du principe d'élimination de l'ARNr de la série MaxUp
3. Affichage des performances du produit
（1）Échantillons de plantes
La RNase H a été utilisée pour digérer et éliminer l'ARN ribosomique de l'ARN total des plantes, et la qPCR a été utilisée pour comparer les changements d'expression du gène d'ARNr et du gène d'ARNm avant et après l'élimination. Les résultats ont montré que ce produit pouvait éliminer efficacement l'ARNr des plantes.
FIG. 2. 1 μg d'ARN de feuille d'Arabidopsis a été utilisé pour l'élimination de l'ARNr, et la qPCR a été utilisée pour comparer les changements d'expression du gène d'ARNr et du gène d'ARNm avant et après l'élimination
（2）Échantillon humain/rat/souris
La RNase H a été utilisée pour digérer et éliminer l'ARN ribosomique de l'ARN total des plantes, créer une bibliothèque et envoyer le séquençage. L'analyse des données a montré que ce produit pouvait éliminer efficacement l'ARNr de ces échantillons.
Figure 3. 1 μg d'ARN total d'humain, de souris et de rat a été prélevé comme échantillons, et les résidus d'ARNr ont été analysés par séquençage après élimination de l'ARNr
（3）Échantillons d'ARN de faible qualité (par exemple ARN FFPE)
Les échantillons de faible qualité ont tendance à contenir une grande proportion de séquences ITS/ETS (voir FFPE RNA : DV200=20% dans la figure suivante), et cette partie des séquences produira également un grand nombre de données non valides, donc en ajoutant des sondes ITS/ETS dans des échantillons de faible qualité, les séquences cibles peuvent être encore plus efficacement enrichies. En plus de la sonde pour le pré-ARNr 45S conventionnel, la conception de la sonde pour la région ITS/ETS 45S humaine est également ajoutée dans ce produit, ce qui garantit que l'élimination de l'ARNr dans les échantillons de faible qualité peut être plus efficace sans affecter l'effet d'élimination de l'ARNr dans les échantillons conventionnels.
Figure 4.Comparaison des résidus d'ARNr et des résidus ITS/ETS avant et après l'ajout de sondes ITS/ETS
4、Informations de commande
| TOuais | Pnom du produit | Code produit | Spécifications du produit |
| Élimination de l'ARNr trousse | Hieff NGSMT Kit de déplétion d'ARNr humain MaxUp (ARNr et ITS/ETS) | 12257ES24/08/96 | 24/08/96T |
| 12254ES24/08/96 | 8/24T/96T |