येसेन फनीकट™ सीरीज से प्रतिबंध एंडोन्यूक्लिऐसेस, यूनिवर्सल बफर के साथ 5 मिनट का पाचन
आणविक क्लोनिंग का उपयोग लगभग हर प्रयोगशाला में किया जाता है। प्रतिबंध एंडोन्यूक्लिएज आणविक क्लोनिंग प्रयोगों में एक महत्वपूर्ण घटक हैं, लेकिन प्रतिबंध एंडोन्यूक्लिएज प्रयोगों के साथ लोगों को अक्सर विभिन्न समस्याओं से भी परेशानी होती है। आम समस्याएं इस प्रकार हैं:
- प्रतिबंधन एंडोन्यूक्लिऐस के इतने प्रकार हैं कि चयन करना कठिन है।
- विविध विदलन, यादृच्छिक विदलन, या अपूर्ण एंजाइमी विदलन।
- पाचन की गति धीमी होती है; इसमें एक घंटा या रात भर का समय भी लग सकता है।
- इसके अतिरिक्त, एकाधिक एंजाइम पाचन प्रयोगों के लिए भी विभिन्न प्रकार के एंजाइम पाचन बीटीओ का चयन करने की आवश्यकता होती है
आपको प्रतिबंध एंडोन्यूक्लिएज के बारे में अधिक गहन जानकारी देने के लिए, निम्नलिखित संक्षेप में समझाएगा कि प्रतिबंध एंडोन्यूक्लिएज क्या हैं और पहले प्रश्न के उत्तर में विभिन्न एंडोन्यूक्लिएज को कैसे वर्गीकृत किया जाता है। फास्ट प्रतिबंध एंडोन्यूक्लिएज की येसेन फनीकट™ श्रृंखला तनाव मॉड्यूलेशन और एक बेहतर प्रक्रिया के माध्यम से दूसरी से चौथी समस्याओं को आसानी से हल कर सकती है!
1. प्रतिबंध एंडोन्यूक्लिऐस क्या है?
2. प्रतिबंध एंडोन्यूक्लिऐस नामकरण
3. एंडोन्यूक्लिऐस वर्गीकरण पर प्रतिबंध
4. येसेन फ्युनीकट™ फास्ट रिस्ट्रिक्शन एंडोन्यूक्लिऐसिस
1. प्रतिबंध एंडोन्यूक्लिऐस क्या है?
प्रतिबंधन एंडोन्यूक्लिऐस एंजाइमों का एक वर्ग है जो दोहरे-रज्जुक वाले डीएनए अणुओं में विशिष्ट न्यूक्लियोटाइड अनुक्रमों को पहचान सकता है और विशिष्ट स्थानों पर डीएनए श्रृंखलाओं में फॉस्फोडाइएस्टर लिंकेज को काट सकता है।
विभिन्न प्रतिबंधन एंडोन्यूक्लिऐस विभिन्न डीएनए अनुक्रमों को पहचानते हैं, वे पहचान अनुक्रम के अंदर या पहचान अनुक्रम से अधिक दूर नहीं स्थित स्थान पर डीएनए को काट सकते हैं, जिसके परिणामस्वरूप विभिन्न उत्पाद बनते हैं, जैसा कि चित्र 1 में दर्शाया गया है। BamHI चिपचिपे सिरे बनाता है, KpnI 3' चिपचिपे सिरे बनाता है, और EcoRV कुंद सिरे बनाता है।
चित्र 1. BamHI, KpnI, EcoRV पाचन का योजनाबद्ध आरेख
2. प्रतिबंध एंडोन्यूक्लिऐस नामकरण
जीनस नाम, प्रजाति का नाम, जीवाणु स्ट्रेन या सीरोटाइप, और खोज का क्रम प्रतिबंध एंडोन्यूक्लिएसेस के नामकरण के लिए उपयोग किए जाने वाले प्राथमिक कारक हैं। नाम संबंधी दिशा-निर्देश नीचे तालिका 1 में दिखाए गए हैं, जिसका उदाहरण BstEII है:
तालिका 1. प्रतिबंध एंडोन्यूक्लिऐस नामकरण
| संक्षेपाक्षर | पूरा नाम | निहितार्थ |
| बी | रोग-कीट | वंश नाम का पहला अक्षर |
| अनुसूचित जनजाति | स्टीयरोथर्मोफिलस | प्रजाति के नाम के पहले दो अक्षर |
| इ | एट | स्ट्रेन नाम का पहला अक्षर |
| द्वितीय | दूसरी खोज | ऐसे जीवाणुओं में पाया जाने वाला क्रम |
3.एंडोन्यूक्लिऐस वर्गीकरण पर प्रतिबंध
संरचना की जटिलता, क्रिया की विधि और सहकारकों के बीच अंतर के अनुसार, प्रतिबंधन एंजाइमों को चार श्रेणियों में विभाजित किया जा सकता है। निम्न तालिका 2 प्रत्येक श्रेणी की विशेषताओं और विशिष्ट एंजाइमों का सारांश प्रस्तुत करती है।
तालिका 2. कई प्रतिबंधन एंडोन्यूक्लिऐसेस के बीच भिन्नताएं
| एंडोन्यूक्लिऐस वर्ग | विशेषताएँ | विशिष्ट एंजाइम प्रजातियाँ |
| प्रकार I | 1. पहचान और संशोधन दरार. 2. यह विशिष्ट डीएनए अनुक्रमों को पहचान सकता है, तथा पाचन स्थल पहचान स्थल से हजारों बेस तक अनिश्चित काल तक दूर होता है। 3. क्रिया के लिए एटीपी की आवश्यकता होती है। | इकोबी, इकोके, आदि. |
| प्रकार II | 1. केवल काटने की पहचान करने का कार्य है। 2. पहचान अनुक्रम अक्सर एक छोटा पैलिंड्रोमिक अनुक्रम (लगभग 4-8 बीपी) होता है, और प्रतिबंध एंडोन्यूक्लिऐस का विशिष्ट पाचन स्थल आमतौर पर पहचाना गया अनुक्रम होता है। 3. क्रिया के लिए Mg2+ की आवश्यकता होती है। 4. आणविक क्लोनिंग में सबसे अधिक बार उपयोग किए जाने वाले प्रतिबंधन एंजाइम का प्रकार। | हिंदIII, नॉटI, आदि। |
| प्रकार III | 1. पहचान और संशोधन पाचन। 2. पहचान स्थल को पाचन स्थल से अलग करें। 3. क्रिया के लिए एटीपी की आवश्यकता होती है। | हिन्फIII एट अल. |
| प्रकार IV | 1. केवल मिथाइलेटेड डीएनए अनुक्रमों को काटता है। 2. लगभग 30 बी.पी. पहचान स्थल को पाचन स्थल से अलग करता है। | मैक्रए, मैक्रबीसी, आदि। |
जैसा कि नीचे तालिका 3 में दर्शाया गया है, इसे पहचान और पाचन स्थलों के बीच समानता और अंतर के आधार पर तीन समूहों में विभाजित किया जा सकता है।
टेबल तीन।आइसोस्किज़ोमर, नियोस्किज़ोमर और आइसोकाउडरनर का तुलनात्मक विश्लेषण
|
| आइसोस्किज़ोमर | नियोस्किज़ोमर | आइसोकाउडर्नर |
| मान्यता अनुक्रम | वही | वही | अलग |
| पाचन स्थल | वही | अलग | वही |
| विशिष्ट प्रतिनिधि | AgeI और BshTI: दोनों 5′-A↓CCGGT-3′ को पहचानते हैं और विभाजित करते हैं | SmaI (5′-CCC↓GGG-3′) और XmaI(5′-C↓CCGGG-3′) | बामएचआई (5'-जी↓जीएटीसीसी-3') और बीजीएलआईआई (5'-ए↓जीएटीटीसी-3') |
इस तथ्य को ध्यान में रखते हुए कि बाजार पर कुछ प्रतिबंध एंडोन्यूक्लिअस को अभी भी रात भर पाचन की आवश्यकता होती है, और उत्पाद गलत पाचन के लिए प्रवण होते हैं, येसेन फास्ट प्रतिबंध एंडोआ न्यूक्लिअस, एक सार्वभौमिक बफर, 5 मिनट में पूर्ण सटीक पाचन, आपके पाचन प्रयोगों को और अधिक परेशानी नहीं देता है!
4. येसेन फ़्यूनीकट™ फास्ट रिस्ट्रिक्शन एंडोन्यूक्लिऐसिस
चित्र 2. येसेन फनीकट™ फास्ट रिस्ट्रिक्शन एंडोन्यूक्लिऐसेस
4.1 विशेषताएं
- तीव्र पाचन: पाचन 5-15 मिनट में पूरा हो सकता है, जिसे पारंपरिक पाचन प्रयोगों की तुलना में 1-2 घंटे से भी अधिक कम किया जा सकता है।
- सार्वभौमिक बफर: बहु-एंजाइम विखंडन प्रतिक्रिया को इस तथ्य से सरल बनाया गया है कि एंडोन्यूक्लिऐसेस का कोई भी संयोजन एक ही बफर का उपयोग कर सकता है।
- एंजाइम पाचन का प्रभाव: N* के बराबर और इसके बफर के लिए उपयुक्त।
- प्रत्यक्ष वैद्युतकणसंचलन, लाल रंग का बफर प्रदान करके तथा पाचन उत्पादों को वैद्युतकणसंचलन के लिए सीधे पहुंचाने की अनुमति देकर, प्रक्रिया को सरल बनाता है।
- सटीक पाचन: रात भर के पाचन के बाद भी, तारे की गतिविधि बहुत कम होती है।
4.2 प्रदर्शन का प्रदर्शन
4.2.1 FuniCut™ बफर में, एकल, दोहरा और तिहरा पाचन 5 मिनट में होता है।
चित्र 3. फ़्यूनीकट का उपयोग करके एकल, दोहरा और तिहरा पाचन™ बफर को आमतौर पर 5 मिनट में समाप्त किया जा सकता है, उदाहरण के लिए, EcoRI+KpnI+SmaI का उपयोग करके ट्रिपल पाचन।
4.2.2 एंजाइम पाचन का प्रभाव N* और T* के समान है, और यह उनके बफर्स के साथ अच्छी तरह से काम करता है।
चित्र 4. समान N*, T* वस्तुओं की तुलना में, Yeasen FuniCut™ BamHI एंजाइम पाचन प्रभाव N*, T* ब्रांड बफर्स के साथ संगत है।
4.2.3 बहुत कम तारा गतिविधि के साथ रात भर का पाचन
चित्र 5. प्रत्येक ब्रांड द्वारा सुझाए गए प्रायोगिक प्रोटोकॉल के साथ येसेन, टीबीडांस से तीव्र एंडोन्यूक्लिऐसेस हिंद III, एनएचई I, पीएसटीआई, एक्सबा I और एक्सएचओ I का उपयोग करें।रात भर (16 घंटे) पाचन करें और अगारोज जेल वैद्युतकणसंचलन का उपयोग करके पचे हुए उत्पादों का विश्लेषण करें।
4.2.4 अत्यधिक निरर्थक और कुछ अधिशेष सब्सट्रेट को संभालने में सक्षम।
चित्र 6. FuniCut™ फास्ट रिस्ट्रिक्शन एंडोन्यूक्लिऐसेस EcoR I, Eag I, XbaI, और Sac I का उपयोग करते हुए, क्रमशः 1 μg और 1.5 μg प्लास्मिड को सब्सट्रेट के रूप में इस्तेमाल किया गया, और 5 मिनट के लिए पचाया गया, और पचाए गए उत्पादों को एगरोज़ जेल वैद्युतकणसंचलन के अधीन किया गया।
तालिका 4.उत्पाद और प्रतिक्रिया बफर संगतता
| प्रोडक्ट का नाम | बिल्ली# | मान्यता अनुक्रम | तापमान | थर्मल निष्क्रियण तापमान |
| टी* बफर | एन* बफर | टै* बफर | संरक्षित आधार (बीपी) | जवाब |
| फ़्यूनीकट™ एएससी (एंक्वाइयर) | 15001ईएस50 | जीजी/सीजीसीजीसीसी | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 1 | 50टी |
| फ़्यूनीकट™ एवीआरII (एंक्वाइयर) | 15002ईएस25 | सी/सीटीएजीजी | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 25टी |
| फ़ुनीकट™ बामएचआई (एंक्वाइयर) | 15003ES76 | जी/जीएटीसीसी | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 500टी |
| फ़ुनीकट™ बीसीएलआई (एंक्वाइयर) | 15004ईएस62 | टी/जीएटीसीए | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 125टी |
| फ़ुनीकट™ BsaI (एंक्वाइयर) | 15005ईएस50 | जीजीटीसीटीसी(1/5) | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | नहीं | 50टी |
| फ़्यूनीकट™ BstEII (एंक्वाइयर) | 15006ईएस60 | जी/जीटीएनएसीसी | 37 | 80 | 100 | 75 | 100 | 75 | नहीं | 100टी |
| FuniCut™ क्ले (एंक्वाइयर) | 15007ईएस50 | एटी/सीजीएटी | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 50टी |
| फ़्यूनीकट™ डीपीएनII (एंक्वाइयर) | 15008ईएस50 | /जीएटीसी | 37 | 80 | 100 | 75 | 100 | 75 | नहीं | 50टी |
| फ़ुनीकट™ ईएजीआई (एंक्वाइयर) | 15009ईएस25 | सी/जीजीसीसीजी | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 25टी |
| फ़्यूनीकट™ इकोआरआई (एंक्वाइयर) | 15010ES78 | जी/एएटीटीसी | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 5 | 600टी |
| फ़ुनीकट™ इकोआरवी (एंक्वाइयर) | 15011ES70 | जीएटी/एटीसी | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 5 | 200टी |
| फ़्यूनीकट™ हिंदIII (एंक्वाइयर) | 15012ES76 | ए/एजीसीटीटी | 37 | 80 | 100 | 75 | 100 | 100 | 3 | 500टी |
| फ़ुनीकट™ एचपीएआई (एंक्वाइयर) | 15013ES50 | जीटीटी/एएसी | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 50 | 1 | 50टी |
| फ़ुनीकट™ केपीएनआई (एंक्वाइयर) | 15015ईएस70 | जीजीटीएसी/सी | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 200टी |
| फ़्यूनीकट™ एमएलयूआई (एंक्वाइयर) | 15016ES60 | ए/सीजीसीजीटी | 37 | 80 | 100 | 75 | 100 | 100 | 3 | 100टी |
| फ़ुनीकट™ एनसीओआई (एंक्वाइयर) | 15018ES30 | सी/सीएटीजीजी | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 30टी |
| FuniCut™ एनडीईआई (एंक्वाइयर) | 15019ES70 | सीए/टीएटीजी | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 200टी |
| FuniCut™ एनएचईआई (एंक्वाइयर) | 15020ES30 | जी/सीटीएजीसी | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 30टी |
| FuniCut™ नोटि (एंक्वाइयर) | 15021ईएस50 | जीसी/जीजीसीसीजीसी | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 50टी |
| फ़्यूनीकट™ पीएसटीआई (एंक्वाइयर) | 15022ES76 | सीटीजीसीए/जी | 37 | नहीं | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 500टी |
| फ़्यूनीकट™ सैक (एंक्वाइयर) | 15023ES60 | जीएजीसीटी/सी | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 100टी |
| FuniCut™ सालआई (एंक्वाइयर) | 15024ES70 | जी/टीसीजीएसी | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 200टी |
| फ़ुनीकट™ एसबीएफआई (एंक्वाइयर) | 15025ES25 | सीसीटीजीसीए/जीजी | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 25टी |
| FuniCut™ स्माई (एंक्वाइयर) | 15027ES60 | सीसीसी/जीजीजी | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 1 | 100टी |
| FuniCut™ स्पेल (एंक्वाइयर) | 15028ES50 | ए/सीटीएजीटी | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 50टी |
| फ़ुनीकट™ एसपीएचआई (एंक्वाइयर) | 15029ES50 | जीसीएटीजी/सी | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 1 | 50टी |
| फ़ुनीकट™ एसएसपीआई (एंक्वाइयर) | 15030ES56 | एएटी/एटीटी | 37 | 80 | 100 | 50 | 100 | 100 | 2 | 60टी |
| FuniCut™ स्टूआई (एंक्वाइयर) | 15031ES60 | एजीजी/सीसीटी | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 1 | 100टी |
| फ़ुनीकट™ टाकी (एंक्वाइयर) | 15032ES70 | टी/सीजीए | 65 | नहीं | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 200टी |
| फ़ुनीकट™ XbaI (एंक्वाइयर) | 15033ES76 | टी/सीटीएजीए | 37 | 80 | 100 | 50 | 100 | 100 | 2 | 500टी |
| फ़ुनीकट™ XhoI (एंक्वाइयर) | 15034ES76 | सी/टीसीजीएजी | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 500टी |
| फ़ुनीकट™ एफएसपीआई (एंक्वाइयर) | 15036ES50 | टीजीसी/जीसीए | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 50टी |
| FuniCut™ हिनफ़ी (एंक्वाइयर) | 15038ES76 | जी/एएनटीसी | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 50 | 2 | 500टी |
| फ़ुनीकट™ अपालि (एंक्वाइयर) | 15039ES70 | जी/टीजीसीएसी | 37 | 80 | 100 | 75 | 100 | 100 | 4 | 200टी |
| फ़्यूनीकट™ एनआरयूआई (एंक्वाइयर) | 15040ES50 | टीसीजी/सीजीए | 37 | नहीं | 100 | 100 | 100 | 100 | 5 | 50टी |
| फ़्यूनीकट™ पैकआई (एंक्वाइयर) | 15041ईएस25 | टीटीएएटी/टीएए | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 25टी |
| फ़ुनीकट™ PvuII (एंक्वाइयर) | 15042ES70 | सीएजी/सीटीजी | 37 | नहीं | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 200टी |
| फ़्यूनीकट™ सैकII (एंक्वाइयर) | 15043ES50 | सीसीजीसी/जीजी | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 4 | 50टी |
| फ़्यूनीकट™ एनएसआईआई (एंक्वाइयर) | 15044ईएस25 | एटीजीसीए/टी | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 3 | 25टी |
| FuniCut™ Esp3I (BsmBI) (एंक्वाइयर) | 15048ES30 | सीजीटीसीटीसी(1/5) | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 5 | 30टी |
| फ़्यूनीकट™ BglII (एंक्वाइयर) | 15049ES60 | ए/जीएटीसीटी | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 50 | 2 | 100टी |
| फ़ुनीकट™ बीएसटीबीआई (एंक्वाइयर) | 15050ईएस60 | टीटी/सीजीएए | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | नहीं | 100टी |
| FuniCut™ MnlI (एंक्वाइयर) | 15051ES50 | सीसीटीसी(7/6) | 37 | 80 | 100 | 100 | 100 | 100 | 2 | 50टी |
CpG: CpG मेथिलिकरण से प्रभावित.
ईके: इकोकेआई मिथाइलेशन से प्रभावित।
ईबी: इकोबीआई मिथाइलेशन से प्रभावित।
डीसीएम: डीसीएम मिथाइलेशन से प्रभावित।
डैम: डैम मिथाइलेशन से प्रभावित।