1、Contesto
L'rRNA rappresenta un'alta percentuale di RNA totale negli organismi, ma può fornire poche informazioni efficaci. Questi RNA produrranno un gran numero di dati non validi, il che è di scarsa importanza per lo studio dell'ottenimento di informazioni biologiche. Nel frattempo, l'rRNA con un'alta percentuale rende l'mRNA relativamente abbondante nei trascritti bassi, influenzando così il rilevamento dei trascritti con bassa abbondanza. Pertanto, nel sequenziamento dell'RNA convenzionale (RNA-SEQ), la rimozione efficace dell'rRNA è essenziale per ottenere un sequenziamento dell'RNA conveniente.
2、Descrizione del prodotto
（1）Serie MaxUp, kit di deplezione dell'rRNA
La serie MaxUp di reagenti per la rimozione dell'rRNA si basa sulla digestione con RNasi H per rimuovere l'RNA ribosomiale (rRNA) dall'RNA totale di un campione per trattenere l'RNA messaggero (mRNA) e altri Rna non codificanti. I tipi di campione sono ricchi, la quantità iniziale è ampia, l'intero processo richiede meno di 2 ore e il tempo di operazione manuale è inferiore a 10 minuti. Allo stesso tempo, l'rRNA può essere rimosso in modo efficiente sia per campioni convenzionali che per campioni di bassa qualità (come FFPE), migliorando significativamente le informazioni sui dati efficaci nei dati di sequenziamento e realizzando un sequenziamento conveniente dei campioni di RNA.
（2）Processi di rimozione dell'rRNA della serie MaxUp
Attualmente, l'eliminazione dell'RNasi è il metodo principale per la rimozione dell'rRNA, soprattutto per alcuni campioni di degradazione dell'RNA (come i campioni FFPE); l'eliminazione dell'RNasi può mostrare i suoi vantaggi.
Figura 1. Diagramma schematico del principio di rimozione dell'rRNA della serie MaxUp
3. Visualizzazione delle prestazioni del prodotto
（1）Campioni di piante
RNase H è stato utilizzato per digerire e rimuovere l'RNA ribosomiale dall'RNA totale dalle piante, e qPCR è stato utilizzato per confrontare i cambiamenti di espressione del gene rRNA e del gene mRNA prima e dopo la rimozione. I risultati hanno mostrato che questo prodotto potrebbe rimuovere efficacemente l'rRNA dalle piante.
FIG. 2. 1μg di RNA fogliare di Arabidopsis è stato utilizzato per la rimozione dell'rRNA e la PCR quantitativa è stata utilizzata per confrontare i cambiamenti di espressione del gene rRNA e del gene mRNA prima e dopo la rimozione.
（2）Campione umano/ratto/topo
RNase H è stato utilizzato per digerire e rimuovere l'RNA ribosomiale dall'RNA totale delle piante, costruire una libreria e inviare il sequenziamento. L'analisi dei dati ha mostrato che questo prodotto potrebbe rimuovere in modo efficiente l'rRNA da tali campioni.
Figura 3. Sono stati prelevati campioni di 1μg di RNA totale di esseri umani, topi e ratti e i residui di rRNA sono stati analizzati tramite sequenziamento dopo la rimozione dell'rRNA
（3）Campioni di RNA di bassa qualità (ad esempio RNA FFPE)
I campioni di bassa qualità tendono ad avere una grande proporzione di sequenze ITS/ETS (fare riferimento a FFPE RNA: DV200=20% nella figura seguente), e questa parte delle sequenze produrrà anche un gran numero di dati non validi, quindi aggiungendo sonde ITS/ETS in campioni di bassa qualità, le sequenze target possono essere ulteriormente arricchite in modo efficace. Oltre alla sonda per il 45S Pre-rRNA convenzionale, in questo prodotto viene aggiunto anche il design della sonda per la regione ITS/ETS 45S umana, il che garantisce che la rimozione dell'rRNA in campioni di bassa qualità possa essere più efficiente senza influenzare l'effetto di rimozione dell'rRNA nei campioni convenzionali.
Figura 4.Confronto dei residui di rRNA e dei residui ITS/ETS prima e dopo l'aggiunta delle sonde ITS/ETS
4. Informazioni per l'ordinazione
| Ttipo | Pnome del prodotto | Codice prodotto | Specifiche del prodotto |
| Rimozione dell'rRNA kit | Hieff NGSTM Kit di deplezione dell'rRNA umano MaxUp (rRNA e ITS/ETS) | 12257ES08/24/96 | 24/08/96T |
| 12254ES08/24/96 | 8/24T/96T |