분자 생물학에서 가장 기본적인 실험 중 하나인 핵산 정량은 하류 실험의 결과에 직접적인 영향을 미칩니다. 핵산 정량의 정확성은 매우 중요합니다. 현재 NGS 라이브러리 정량에는 자외선 흡수법과 형광 염료법의 두 가지 주요 방법이 있습니다.
자외선 흡수법은 분광광도계를 사용하여 DNA와 RNA의 260nm에서 흡광도를 측정하여 정량화합니다. 또한 OD260/OD280 비율을 계산하여 핵산의 순도를 추정합니다. 그러나 검출된 값은 자유 뉴클레오타이드, 염 및 유기 화합물과 같은 다른 오염 물질의 간섭에 매우 취약합니다.
Qubit 형광 정량은 이중 가닥 DNA, 단일 가닥 DNA, RNA 또는 단백질에 특이적으로 결합하는 형광 염료를 활용합니다. 특정 파장 광원에 의해 여기되면 염료는 형광을 방출하는데, 이는 샘플에 존재할 수 있는 다른 불순물 분자의 영향을 받지 않습니다. 형광 강도는 샘플의 표적 분자 농도에 비례합니다.
표 1. 주류 핵산 정량 방법 비교
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목표 |
UV 차단제(나노드롭) |
큐비트 DNA HS |
큐비트 DNA BR |
큐비트 RNA |
큐비트 ssDNA |
|
핵산의 종류 |
DNA、RNA |
dsDNA |
dsDNA |
RNA |
ssDNA、올리고 |
|
시료 농도(ng/μL) |
2ng/μL-15μg/μL |
10 pg/µL-100 ng/µL |
0.1ng/µL~1000ng/µL |
250 pg/µl-1000 ng/µl |
50 pg/μL-200 ng/μL |
|
이점 |
더 높은 정량화 한계 |
좋은 특이성 |
다양한 정량화 범위 |
RNA에 대한 높은 선택적 |
잘 견디다 |
|
제한 사항 |
특이성이 낮음 |
사용 중 빛으로부터 보호하세요 |
사용 중 빛으로부터 보호하세요 |
사용 중 빛으로부터 보호하세요 |
특이성이 낮고 dsDNA에도 결합합니다. |
UV 흡광도와 Qubit 형광 정량은 각각 장점이 있으며 서로를 보완할 수 있습니다. 농도, 순도 및 오염 물질의 존재 여부를 확인하기 위한 일상적인 핵산 샘플의 예비 정량화를 위해 흡광도 정량화 방법을 선택할 수 있습니다. Qubit 정량화는 저농도의 귀중한 샘플이나 차세대 시퀀싱 및 실시간 정량 PCR과 같은 다운스트림 실험에 필요한 정밀 정량화에 더 적합합니다.
솔루션 1 dsDNA HS 고감도 정량화
사용 가능한 dsDNA 정량 프리믹스 - Qubit ® 용 1× dsDNA HS Assay Kit
간편한 사용: 즉시 사용 가능한 프리믹스로 사전 혼합이 필요 없음
높은 감도: 검출 가능 농도는 최소 50 pg/μL
안정성이 우수합니다. 형광 신호는 3시간 동안 지속되며, 20일간 실온 보관해도 정량 정확도에 영향을 미치지 않습니다.
A. 뛰어난 안정성: 2주간 실온 보관해도 안정성이 유지됩니다(측정값과 이론값의 차이가 10% 이내).
표 2. 경쟁사와 비교한 4°C 및 실온에서의 다양한 샘플의 안정성 테스트
|
정량 시약 |
λDNA의 결정된 농도（ng/μL） |
||||||||||
|
0일 |
1일 |
3차원 |
7일 |
10일 |
14일 |
||||||
|
온도*4℃ |
0.51 |
0.496 |
0.524 |
0.534 |
0.495 |
0.499 |
|||||
|
예센 4℃ |
0.51 |
0.508 |
0.513 |
0.475 |
0.48 |
0.495 |
|||||
|
예센실온보관 |
0.51 |
0.517 |
0.506 |
0.486 |
0.506 |
0.523 |
|||||
|
정량 시약 |
송아지 gDNA의 농도 결정（ng/μL） |
||||||||||
|
0일 |
1일 |
3차원 |
7일 |
10일 |
14일 |
||||||
|
온도*4℃ |
55.3 |
53.5 |
55.40 |
57.9 |
55.8 |
58 |
|||||
|
예센 4℃ |
59.4 |
55.4 |
57.8 |
56.1 |
56.3 |
59.8 |
|||||
|
예센실온보관 |
59 |
55.7 |
61.3 |
58 |
58.7 |
56.1 |
|||||
B. 높은 감도, 우수한 배치 간 안정성
표 3. 다양한 배치의 안정성 테스트
|
배치 |
견본 |
엘* |
예센 |
오류 |
||||
|
농도1（ng/μL） |
농도2（ng/μL） |
평균(Average)（ng/μL） |
농도1（ng/μL） |
농도2（ng/μL） |
평균(Average)（ng/μL） |
|||
|
디9801060 |
λDNA |
0.3160 |
0.3250 |
0.3205 |
0.320 |
0.320 |
0.320 |
0.16% |
|
디8801050 |
0.3310 |
0.3320 |
0.3315 |
0.319 |
0.306 |
0.3125 |
5.73% |
|
|
D7813110 |
0.345 |
0.358 |
0.352 |
0.334 |
0.329 |
0.332 |
-6.03% |
|
솔루션 2 dsDNA BR 광범위 정량화
광범위한 dsDNA 정량화 - dsDNA BR Assay Kit
높은 감도: 검출 가능 농도는 최소 50 pg/μL
우수한 선형성: 2-1000ng 범위 내에서 우수한 선형성
오염물질에 대한 강한 내성: 일반적인 오염물질을 견딜 수 있습니다.
표 4. 경쟁사와 비교한 안정성 및 오염물질 내성
|
예센 브르 |
티* 브르 |
||||||||||
|
기준 |
RFU1 |
RFU2 |
평균 |
오류 |
기준 |
RFU1 |
RFU2 |
평균 |
오류 |
||
|
S1 |
159.63 |
160.71 |
160.17 |
1% |
S1 |
216.17 |
211.56 |
213.865 |
-2% |
||
|
S2 |
24497.0 |
25078.64 |
24787.82 |
2% |
S2 |
20532.46 |
20452.26 |
20492.36 |
0% |
||
|
계량 |
계량 |
||||||||||
|
오염 물질 |
10-μL 샘플의 농도 |
농도1 |
농도2 |
평균 |
테스트/제어를 위해 |
오염 물질 |
10-μL 샘플의 농도 |
농도1 |
농도2 |
평균 |
테스트/제어를 위해 |
|
제어 (H 2 O) |
/ |
49 |
48.6 |
48.8 |
0.0% |
제어 (H 2 O) |
/ |
49.8 |
48 |
48.9 |
0.0% |
|
(주) |
1mg/mL |
51.8 |
52 |
51.9 |
6.4% |
(주) |
1mg/mL |
54 |
51.2 |
52.6 |
7.6% |
|
에탄올 |
20% |
44.6 |
44 |
44.3 |
-9.2% |
에탄올 |
20% |
44.8 |
43.4 |
44.1 |
-9.8% |
|
클로로포름 |
4.00% |
49.0 |
49.8 |
49.4 |
1.2% |
클로로포름 |
4.00% |
50.0 |
47 |
48.5 |
-0.8% |
|
소프트웨어 정의 소프트웨어(SDS) |
0.2% |
46.6 |
45.8 |
46.2 |
-5.3% |
소프트웨어 정의 소프트웨어(SDS) |
0.2% |
53.2 |
51.6 |
52.4 |
7.2% |
|
트라이션-X100 |
0.20% |
41.6 |
40.6 |
41.1 |
-15.8% |
트라이션-X100 |
0.20% |
53 |
51 |
52.0 |
6.3% |
|
dNTPs |
2mM |
44.2 |
45 |
44.6 |
-8.6% |
dNTPs |
2mM |
47.8 |
46.4 |
47.1 |
-3.7% |
솔루션 3 ssDNA 정량
ssDNA 정량화를 위한 이상적인 선택 - Qubit ® 용 고비용 성능 ssDNA 분석 키트
높은 감도: 검출 가능 농도는 최소 50 pg/μL우수한 선형성: 0~200ng 범위 내에서 우수한 선형성
안정적인 신호: 우수한 염료와 업그레이드된 최적화된 완충액을 결합하여 실온에서 안정적인 형광 강도를 유지할 수 있으며, 염, 유리 핵산, 용매, 세제 또는 단백질과 같은 일반적인 오염 환경에서도 적용성이 높아 정확한 정량화가 보장됩니다.
우수한 안정성: 4°C 또는 25°C에서 6개월간 처리한 후에도 성능에 큰 변화가 없음
광범위한 적용 범위: 간단한 조작 과정으로 올리고뉴클레오타이드, 프라이머, 변성 DNA, 단일 가닥 원형 DNA 등을 빠르게 정량화할 수 있습니다.
A. 우수한 반복성: 다양한 Qubit 기기에서 정량화, 다양한 유형의 샘플,
그림 1. 다양한 큐비트 기기의 다양한 배치에 대한 안정성 테스트
B. 우수한 안정성: 표준 및 1× 작업 용액 안정성 시험, 37°C에서 10일, 형광 신호는 안정적입니다. 장기 안정성 모니터링은 25°C에서 6개월 동안 보관, 제품 성능은 4°C 제어와 일치합니다.
표 5. 표준 및 샘플 안정성 시험
|
4℃에서 1개월 보관 가능 |
4℃에서 2개월간 보관 가능 |
25℃에서 2개월간 보관 가능 |
25℃에서 6개월간 보관 가능 |
|||||||||
|
기준 |
값 1 |
가치 2 |
평균 |
값 1 |
가치 2 |
평균 |
값 1 |
가치 2 |
평균 |
값 1 |
가치 2 |
평균 |
|
표준#1 |
116.06 |
l14.76 |
115.41 |
124.31 |
125.04 |
124.68 |
112.08 |
110.24 |
111.16 |
131.91 |
135.41 |
133.66 |
|
표준#2 |
18160.57 |
18348.57 |
18254.60 |
21006.58 |
20974.62 |
20990.60 |
19668.22 |
19078.36 |
19373.30 |
22421.78 |
22205.65 |
22313.72 |
|
견본 |
콘크1 |
콘크2 |
평균 |
콘크1 |
콘크2 |
평균 |
콘크1 |
콘크2 |
평균 |
콘크1 |
콘크2 |
평균 |
|
샘플 1 |
11.70 |
12월 20일 |
11.95 |
13시 30분 |
13.00 |
13.15 |
12.70 |
11.70 |
12월 20일 |
12.90 |
12시 40분 |
12.65 |
|
샘플 2 |
18.80 |
18.80 |
18.80 |
19.00 |
18.60 |
18.80 |
19.20 |
오후 6시 |
18.60 |
17.90 |
18시 40분 |
18.15 |
|
샘플 3 |
1.43 |
1.48 |
1.46 |
1.38 |
1.34 |
1.36 |
1.40 |
1.36 |
1.38 |
1.30 |
1.24 |
1.27 |
|
샘플 4 |
5.28 |
5.12 |
5.20 |
5.76 |
5.78 |
5.77 |
6.10 |
5.72 |
5.91 |
5.62 |
5.72 |
5.67 |
|
샘플 5 |
2.20 |
2.16 |
2.18 |
2.02 |
2.00 |
2.01 |
2.10 |
2.14 |
2.12 |
1.95 |
1.94 |
1.95 |
|
샘플 6 |
1.64 |
1.61 |
1.63 |
1.50 |
1.47 |
1.49 |
1.68 |
1.67 |
1.68 |
1.45 |
1.42 |
1.44 |
예센 의 정량제품은 출고 전 엄격한 품질관리 기준을 거쳐 안정적이고 정확한 정량이 보장되므로, 걱정 없이 정량화하실 수 있습니다!
Yeasen NGS 정량적 제품 선택 가이드
|
제품 카테고리 |
제품 |
카탈로그 번호 |
양적 범위 |
|
dsDNA HS |
Qubit ® 용 dsDNA HS 분석 키트 |
12640ES |
0.2-100 ng； 10 pg/µL-100 ng/µL |
|
피코그린 dsDNA 정량 시약 |
12641ES |
||
|
1×dsDNA HS 분석 키트 |
12642ES |
||
|
dsDNA BR |
dsDNA BR 분석 키트 |
12643ES |
2-1000ng; 0.1ng/μL-1000ng/μL |
|
ssDNA 큐비트 |
Qubit ® 용 ssDNA 분석 키트 |
12645ES |
1–200ng； 50 pg/μL-200 ng/μL |