설명
Hieff NGS ™ MaxUp Human rRNA Depletion Kit(rRNA & ITS/ETS)는 RNase H 기반 워크플로를 기반으로 인간, 마우스 및 래트 총 RNA에서 rRNA 및 45S ITS/ETS를 제거하고 mRNA 및 기타 비코딩 RNA를 유지하도록 설계되었습니다. 이 키트는 손상되지 않은 RNA 샘플과 부분적으로 분해된 RNA 샘플(예: FFPE RNA)에 모두 적합합니다. 분해된 FFPE 샘플은 일반적으로 신선한 조직 샘플보다 ITS/ETS 비율이 더 높기 때문에 이 키트는 Human 45S ITS/ETS 영역에 프로브를 추가하고 ITS를 제거하면 원시 데이터에서 유효한 데이터의 비율을 크게 높일 수 있습니다.
특징
- 강력한 특이성: 특히 FFPE 샘플의 경우 인간 샘플에서 rRNA 및 ITS/ETS를 특별히 제거합니다.
- 템플릿 시작량의 높은 호환성: 100 ng~1μg 샘플에 적용 가능
- 높은 제거 효과: 인간/쥐 및 쥐 샘플의 rRNA, ITS 및 ETS에 대한 제거 효과는 95% 이상입니다.
- 안정된 품질: 엄격한 배치 성능 및 안정성 품질 관리
응용 프로그램
- 유전자 발현 연구
- 대체 스플라이싱 분석
- 비코딩 RNA의 검출 및 발견
- 선택적 폴리아데닐화 부위의 식별
- 융합 유전자 검출
명세서
| 고갈 기술 | RNase H |
| 샘플 유형 | 인간, 마우스 및 래트의 총 RNA |
| 최종 제품 유형 | mRNA 및 기타 비코딩 RNA |
| 반응 수 | 24/96 준비 |
| 시작 물질 양 | 총 RNA 100 ng~1 μg |
| 목표 | 인간 총 RNA에서 rRNA 및 45S ITS/ETS 제거 |
구성 요소
| 구성품 번호 | 이름 | 12257ES24 (24티) | 12257ES96 (96티) |
| 12257-A | 하이브리다이제이션 버퍼 | 72 μL | 288 μL |
| 12257-B | 프로브 믹스(rRNA & ITS/ETS) | 48 μL | 192 μL |
| 12257-C | RNase H 버퍼 | 72 μL | 288 μL |
| 12257-D | RNase H | 48 μL | 192 μL |
| 12257-E | DNase I 버퍼 | 660 μL | 2×1320 μL |
| 12257-F | DNA 분해 효소 1 | 60 μL | 240 μL |
배송 및 보관
모든 구성품은 건조 얼음과 함께 배송되며 -15℃ ~ -25℃에서 1년간 보관할 수 있습니다.
그림
- rRNA 제거 특이성
기존 샘플의 경우 rRNA와 ITS/EST는 98% 이상 제거될 수 있는 반면, 무결성이 약 50%인 FFPE 샘플의 경우 rRNA와 ITS/EST는 95% 이상 제거될 수 있습니다. 동시에 무결성이 낮은 FFPE도 효과적으로 제거할 수 있습니다.
표 1. rRNA 제거 특이성 효과
| RNA 품질 | 제거 계획 | 입력 | rRNA(%) | ITS/ETS(%) | 매핑(%) |
| 293T RNA; RIN=10 | rRNA 제거 | 1μg | 0.19 | 4.6 | 98.28 |
| rRNA 및 ITS/ETS 제거 | 1μg | 0.15 | 0.04 | 98.79 | |
| FFPE RNA; DV200 = 90% | rRNA 제거 | 500ng | 0.23 | 4.75 | 95.35 |
| rRNA 및 ITS/ETS 제거 | 500ng | 0.21 | 0.02 | 95.42 | |
| FFPE RNA; DV200 = 50% | rRNA 제거 | 500ng | 1.4 | 16.28 | 95.57 |
| rRNA 및 ITS/ETS 제거 | 500ng | 0.56 | 0.11 | 95.51 | |
| FFPE RNA; DV200 = 20% | rRNA 제거 | 1μg | 0.35 | 67.61 | 58.4 |
| rRNA 및 ITS/ETS 제거 | 1μg | 0.79 | 0.84 | 60.35 |
참고: rRNA 또는 rRNA와 ITS/ETS를 제거하고, ITS/ETS 후 RNA 라이브러리 Prep 키트로 라이브러리를 구성하는 데 다양한 인간 RNA 샘플을 사용했습니다. 오프라인 데이터에서 rRNA와 ITS/ETS의 비율은 시퀀싱을 통해 분석했습니다.
- 시퀀싱 데이터 성능
표 2. 시퀀싱 데이터 성능
| 견본 | 디비200 | 전부 | 클린 Q20 (%) | 클린 Q30 (%) | 클린GC(%) | rRNA(%) | ITS/ETS(%) | 고유한(%) |
| 1 | 24% | 예센 고양이 번호 12257 | 96.75 | 92.68 | 57.05 | 4.58 | 2.42 | 96.90 |
| 2 | 40% | 96.56 | 92.42 | 55.31 | 1.93 | 0.63 | 96.45 | |
| 3 | 53% | 97.4 | 93.52 | 45.19 | 0.23 | 0.01 | 98.08 | |
| 4 | 76% | 97.67 | 93.78 | 51.28 | 0.44 | 0.01 | 93.63 |
[1] Tian S, Zhang B, He Y, et al. CRISPR-iPAS: 대체 폴리아데닐화 간섭을 위한 새로운 dCAS13 기반 방법. Nucleic Acids Res. 2022;50(5):e26. doi:10.1093/nar/gkac108(IF:16.971)
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