Agarose là một loại keo ưa nước galactan tuyến tính tinh khiết được chiết xuất từ agar hoặc rong biển chứa agar. Về mặt cấu trúc, nó là một loại polyme tuyến tính bao gồm β-D-galactopyranosyl (1-4) liên kết với các gốc 3,6-anhydro-α-L-galactopyranosyl. Là một thuốc thử gel, nó thường được sử dụng để phân tích axit nucleic thông thường thông qua phương pháp điện di gel hoặc phương pháp thấm (như Northern hoặc Southern), và nó cũng phù hợp cho các ứng dụng protein, chẳng hạn như các thí nghiệm khuếch tán miễn dịch xuyên tâm (RID).
Điện di gel agarose là phương pháp điện di sử dụng agarose làm môi trường hỗ trợ, bao gồm chuẩn bị gel, nạp mẫu và điện di. Sự khác biệt chính trong nguyên lý phân tích so với điện di vật liệu hỗ trợ khác là nó có vai trò kép là "rây phân tử" và "điện di". Khi gel được đặt trong trường điện, các axit nucleic tích điện di chuyển qua các lỗ gel về phía cực dương. Sau khi điện di trong các điều kiện khác nhau trong một khoảng thời gian thích hợp, các mảnh axit nucleic có kích thước và cấu hình khác nhau sẽ được định vị ở các vị trí khác nhau trong gel, do đó đạt được sự tách biệt.
Hình 1 Các bước thực hiện thí nghiệm điện di axit nucleic
Hình 2 Biểu đồ hướng di chuyển điện di
Làm thế nào để chọn đúng loại Agarose?
Đánh giá dựa trên các thông số cơ bản của agarose:
- Hàm lượng sulfat — chỉ số về độ tinh khiết;
- Độ bền của gel — lực bên ngoài cần thiết để phá vỡ gel;
- Điểm gel — nhiệt độ mà dung dịch agarose hòa tan trong nước tạo thành gel khi làm mát;
- Điện thẩm thấu (EEO) — một loại chuyển động điện động học trong đó chất lỏng thấm vào gel. Các nhóm anion trong gel agarose hấp phụ vào chất nền và không di chuyển, nhưng các cation phân ly sẽ di chuyển về phía cực âm, do đó tạo ra điện thẩm thấu. Vì quá trình di chuyển điện di của các mẫu thường di chuyển về phía cực dương, nên sự đối lưu bên trong do EEO gây ra có thể ảnh hưởng đến hiệu quả tách. Dựa trên các thông số cơ bản của agarose, gel agarose chất lượng cao phải có lỗ rỗng trong, ít bị vỡ và có các đặc điểm như độ tinh khiết cao (hàm lượng sulfat thấp), độ bền gel cao, điểm gel tương đối cao (đông đặc nhanh ở nhiệt độ phòng) và EEO thấp.
Đánh giá dựa trên phạm vi phân tách của agarose:
Gel agarose có phạm vi tách rộng và thường được sử dụng để phục hồi gel DNA, tách DNA và để xác nhận xem DNA có được tái tổ hợp hay không và liệu plasmid và các loại tương tự có bị cắt mở hay không. Các kích thước khác nhau của các mảnh mục tiêu tương ứng với các nồng độ agarose khác nhau. Theo nguyên tắc rằng nồng độ cao phù hợp để tách các mảnh nhỏ, bạn có thể tham khảo bảng sau để tìm nồng độ gel tối ưu phù hợp với nhu cầu của mình.
| Nồng độ Agarose (%) | ≥3 | 2-3 | 1-2 | 0,7-1 | ≤0.7 |
| Kích thước đoạn DNA (bp) | ≤200 | 200-700 | 700-1500 | 1500-5000 | ≥5000 |
| Tên sản phẩm | Số sản phẩm | Thông số kỹ thuật sản phẩm | Kịch bản ứng dụng |
| 10208ES60/76 | 100g / 500g | Điện di axit nucleic thường quy |
Ưu điểm của sản phẩm
Độ thẩm thấu điện thấp (EEO ≤ 0,13), tạo ra khả năng tách dải tuyệt vời, phân biệt rõ ràng và di chuyển nhanh hơn.
Các lỗ chân lông gel trong và thẳng, có độ bền gel cao và ít bị vỡ hơn.
Phương pháp sử dụng Agarose chất lượng cao
Nồng độ gel agarose thường được chọn trong khoảng từ 0,7% đến 2%. Nồng độ càng cao, kích thước lỗ phân tử của gel càng nhỏ, tốc độ di chuyển DNA càng chậm và độ phân giải càng cao. Ngược lại, nồng độ càng thấp, tốc độ di chuyển DNA càng nhanh và độ phân giải càng thấp. Chọn nồng độ gel thích hợp và đệm điện di tương thích dựa trên các mục đích thử nghiệm khác nhau.
| Nồng độ Agarose | Khoảng cách tách hiệu quả (bp) | Bộ đệm được đề xuất |
| 0,5% | 2.000-50.000 | 1×TAE |
| 0,8% | 800-10.000 | 1×TAE |
| 1,0% | 400-8.000 | 1×TAE |
| 1,2% | 300-7.000 | 1×TAE |
| 1,5% | 200-3.000 | 1×TAE/0,5×TBE |
| 2.0% | 100-2.000 | 1×TAE/0,5×TBE |
| 3,0% | 25-1.000 | 0,5×TBE |
Tài liệu đã xuất bản (Một phần)
- Li Z, Wang M, Fang H, et al. Sự hấp phụ giao diện rắn-lỏng của plasmid kháng kháng sinh do nanoplastic gây ra làm trầm trọng thêm ô nhiễm gen trong hệ sinh thái dưới nước. Environ Pollut. 2023. doi:10.1016/j.envpol.2022.120456.NẾU=10.366(10208ES)
- Wang M, Zhang S, Zheng G, et al. Đột biến tăng chức năng của Card14 dẫn đến viêm da giống bệnh vẩy nến tự phát thông qua phản ứng tăng cường của tế bào sừng với IL-17A. Miễn dịch. 2018;49(1):66-79.e5. doi:10.1016/j.immuni.2018.05.012.NẾU NHƯ=19.734
- Zhang Y, Ding H, Wang X, et al. MK2 thúc đẩy sự phân hủy Tfcp2l1 thông qua β-TrCP ubiquitin ligase để điều chỉnh sự tự đổi mới tế bào gốc phôi chuột. Cell Rep. 2021;37(5):109949. doi:10.1016/j.celrep.2021.109949.NẾU NHƯ=9.423
- Zhu Z, Zhang L, Sheng R, Chen J. Hệ thống nano phân phối siRNA cholesterol cationic dựa trên vi lưu: Làm im lặng gen trong ống nghiệm hiệu quả cao và hành vi nội bào. Int J Mol Sci. 2022;23(7):3999. Xuất bản ngày 3 tháng 4 năm 2022. doi:10.3390/ijms23073999.NẾU NHƯ=19.924
- Zhao C, Yang D, Ye Y, et al. Ức chế Pim-2 kinase bởi LT-171-861 thúc đẩy tổn thương DNA và thể hiện tác dụng gây chết người tăng cường với chất ức chế PARP ở bệnh đa u tủy. Biochem Pharmacol. 2021;190:114648. doi:10.1016/j.bcp.2021.114648.NẾU NHƯ=5.858
- Yu J, Yang W, Xing S, et al. Vàng pha trộn/MnO2@BSA nanohạt để xác định axit ascorbic bằng phương pháp huỳnh quang và cộng hưởng từ. Mikrochim Acta. 2019;186(2):89. Xuất bản ngày 10 tháng 1 năm 2019. doi:10.1007/s00604-018-3205-8.NẾU NHƯ=5.479
- Zheng X, Xu W, Sun R, Yin H, Dong C, Zeng H. Hiệu ứng hiệp đồng giữa chất ức chế thioredoxin reductase ethaselen và natri selenite trong việc ức chế sự phát triển và gây chết tế bào ung thư phổi không phải tế bào nhỏ ở người. Chem Biol Interact. 2017;275:74-85. doi:10.1016/j.cbi.2017.07.020.NẾU NHƯ=5.194
- Zhou J, Xiong R, Zhou J, et al. Sự tham gia của yếu tố điều hòa m6A IGF2BP1 trong quá trình chuyển đổi ác tính của tế bào Beas-2B biểu mô phế quản ở người do chất gây ung thư thuốc lá NNK gây ra. Toxicol Appl Pharmacol. 2022;436:115849. doi:10.1016/j.taap.2021.115849.NẾU NHƯ=5.219
- Zhou Y, Liu J, Cai S, Liu D, Jiang R, Wang Y. Tác dụng bảo vệ của ginsenoside Rg1 đối với tế bào tạo máu Sca-1⁺ lão hóa. Mol Med Rep. 2015;12(3):3621-3628. doi:10.3892/mmr.2015.3884.NẾU NHƯ=5.952
Hướng dẫn lựa chọn sản phẩm liên quan
| Định vị sản phẩm | Tên sản phẩm | Số sản phẩm | Thông số kỹ thuật sản phẩm | Kịch bản ứng dụng |
| Vết ố axit nucleic | 10202ES76 | 500 μL | Tan trong nước, có cùng đặc điểm quang phổ như EB, được phát hiện dưới sự kích thích của ánh sáng UV 300 nm. | |
| Dấu hiệu DNA | 10501ES60/80 | 100 T/10×100 T | 100-2000 điểm | |
| Máy đánh dấu DNA GoldBand DL5000 | 10504ES60/80 | 100 T/10×100 T | 100-5000 điểm chuẩn | |
| 10507ES60/80 | 100 T/10×100 T | 100-1.500 điểm chuẩn | ||
| 10510ES60/80 | 100 T/10×100 T | 250-12.000 điểm chuẩn |