Sự miêu tả
Hieff NGS™ Bộ dụng cụ làm suy giảm rRNA của người MaxUp (rRNA & ITS/ETS) được thiết kế để loại bỏ rRNA và 45S ITS/ETS khỏi tổng RNA của người, chuột và chuột cống dựa trên quy trình làm việc dựa trên RNase H và để giữ lại mRNA và RNA không mã hóa khác. Bộ dụng cụ này phù hợp với cả mẫu RNA nguyên vẹn và đã phân hủy một phần (ví dụ: RNA FFPE). Vì các mẫu FFPE đã phân hủy thường chứa tỷ lệ ITS/ETS cao hơn so với các mẫu mô tươi, nên bộ dụng cụ này bổ sung các đầu dò vào vùng ITS/ETS của người 45S và việc loại bỏ ITS có thể làm tăng đáng kể tỷ lệ dữ liệu hợp lệ trong dữ liệu thô.
Đặc trưng
- Độ đặc hiệu cao: loại bỏ rRNA và ITS/ETS một cách cụ thể khỏi các mẫu của con người, đặc biệt là đối với các mẫu FFPE
- Khả năng tương thích cao của lượng mẫu ban đầu: áp dụng cho mẫu 100 ng~1μg
- Hiệu quả loại bỏ cao: đối với rRNA, ITS và ETS trong mẫu người\chuột và chuột cống, hiệu quả loại bỏ là hơn 95%
- Chất lượng ổn định: hiệu suất lô nghiêm ngặt và kiểm soát chất lượng ổn định
Ứng dụng
- Nghiên cứu biểu hiện gen
- Phân tích ghép nối thay thế
- Phát hiện và khám phá RNA không mã hóa
- xác định các vị trí polyadenylation chọn lọc
- Phát hiện gen hợp nhất
Thông số kỹ thuật
Công nghệ cạn kiệt | RNase H |
Loại mẫu | Tổng RNA của người, chuột và chuột cống |
Loại sản phẩm cuối cùng | mRNA và các RNA không mã hóa khác |
Số lượng phản ứng | Chuẩn bị 24/96 |
Số lượng vật liệu ban đầu | 100 ng~1 μg tổng RNA |
Mục tiêu | Loại bỏ rRNA và 45S ITS/ETS khỏi tổng RNA của con người |
Thành phần
Số thành phần | Tên | 12257ES24 (24T) | 12257ES96 (96T) |
12257-A | Đệm lai | 72 μL | 288 μL |
12257-B | Probe Mix (rRNA & ITS/ETS) | 48 μL | 192 μL |
12257-C | Đệm RNase H | 72 μL | 288 μL |
12257-D | RNase H | 48 μL | 192 μL |
12257-E | Đệm DNase I | 660 μL | 2×1320 μL |
12257-F | DNase I | 60 μL | 240 μL |
Vận chuyển và lưu trữ
Tất cả các thành phần đều được vận chuyển bằng đá khô và có thể bảo quản ở nhiệt độ -15℃ ~ -25℃ trong một năm.
Các con số
- đặc tính loại bỏ rRNA
Đối với các mẫu thông thường, rRNA và ITS/EST có thể được loại bỏ hơn 98%, trong khi đối với các mẫu FFPE có độ toàn vẹn khoảng 50%, rRNA và ITS/EST có thể được loại bỏ hơn 95%. Đồng thời, FFPE có độ toàn vẹn kém cũng có thể được loại bỏ hiệu quả.
Bảng 1. Hiệu ứng đặc hiệu loại bỏ rRNA
ARN chất lượng | Loại bỏ cơ chế | Đầu vào | rRNA (%) | ITS/ETS (%) | Bản đồ (%) |
293T ARN; RIN=10 | di dời rARN | 1μg | 0,19 | 4.6 | 98,28 |
di dời rARN Và ITS/ETS | 1μg | 0,15 | 0,04 | 98,79 | |
FFPE ARN; DV200 =90% | di dời rARN | 500ng | 0,23 | 4,75 | 95,35 |
di dời rARN Và ITS/ETS | 500ng | 0,21 | 0,02 | 95,42 | |
FFPE ARN; DV200 =50% | di dời rARN | 500ng | 1.4 | 16.28 | 95,57 |
di dời rARN Và ITS/ETS | 500ng | 0,56 | 0,11 | 95,51 | |
FFPE ARN; DV200 =20% | di dời rARN | 1μg | 0,35 | 67,61 | 58,4 |
di dời rARN Và ITS/ETS | 1μg | 0,79 | 0,84 | 60,35 |
Lưu ý: Các mẫu RNA khác nhau của con người được sử dụng để loại bỏ rRNA hoặc rRNA và ITS/ETS, và để xây dựng các thư viện với bộ dụng cụ chuẩn bị thư viện RNA sau ITS/ETS. Tỷ lệ rRNA và ITS/ETS trong dữ liệu ngoại tuyến được phân tích bằng cách giải trình tự.
- Hiệu suất dữ liệu trình tự
Bảng 2.Hiệu suất dữ liệu trình tự
Vật mẫu | DV200 | Bộ dụng cụ | Lau dọn Câu hỏi 20 (%) | Lau dọn Câu 30 (%) | Lau dọn GC (%) | rARN (%) | ITS/ETS (%) | độc nhất(%) |
1 | 24% | | 96,75 | 92,68 | 57,05 | 4,58 | 2,42 | 96,90 |
2 | 40% | 96,56 | 92,42 | 55,31 | 1,93 | 0,63 | 96,45 | |
3 | 53% | 97,4 | 93,52 | 45,19 | 0,23 | 0,01 | 98,08 | |
4 | 76% | 97,67 | 93,78 | 51,28 | 0,44 | 0,01 | 93,63 |
[1] Tian S, Zhang B, He Y, et al. CRISPR-iPAS: một phương pháp mới dựa trên dCAS13 để can thiệp polyadenylation thay thế. Nucleic Acids Res. 2022;50(5):e26. doi:10.1093/nar/gkac108(IF:16.971)
Thanh toán & Bảo mật
Thông tin thanh toán của bạn được xử lý an toàn. Chúng tôi không lưu trữ chi tiết thẻ tín dụng cũng như không có quyền truy cập vào thông tin thẻ tín dụng của bạn.
Cuộc điều tra
Bạn cũng có thể thích
Câu hỏi thường gặp
Sản phẩm chỉ dành cho mục đích nghiên cứu và không dùng để điều trị hoặc chẩn đoán ở người hoặc động vật. Sản phẩm và nội dung được bảo vệ bởi các bằng sáng chế, nhãn hiệu và bản quyền thuộc sở hữu của
Một số ứng dụng có thể yêu cầu thêm quyền sở hữu trí tuệ của bên thứ ba.