Hieff NGS™ One Pot Flash DNA Library PrepKit là bộ dụng cụ thư viện DNA enzyme nhanh，phù thủy chứa enzyme chất lượng cao để phân mảnh DNA và kết hợp phân mảnh DNA, sửa chữa đầu cuối và gắn đuôi dA thành một bước, giúp giảm đáng kể thời gian và chi phí chuẩn bị thư viện.

Bộ dụng cụ chuẩn bị thư viện này tương thích với 100 mẫu pg-500 ng của tất cả các loài động vật, thực vật, vi sinh vật phổ biến, v.v.

và nhanh chóng thực hiện phản ứng phân mảnh DNA, sửa chữa đầu cuối và bổ sung đuôi A trong một ống duy nhất. Bộ dụng cụ cần được kết hợp với bộ chuyển đổi và mồi, và tương thích với Illumina và MGI nền tảng giải trình tự thông lượng cao.

Tính năng

1) Phù hợp với mẫu DNA bộ gen từ 100 pg-500 ng.

2)tương thích với Illumina và MGI nền tảng giải trình tự thông lượng cao.

3)Phân mảnh, sửa chữa cuối và cắt đuôi chữ A phản ứng trong 5 phút

4)Tỷ lệ chuyển đổi thư viện hiệu quả và hiệu suất khuếch đại.

Thông số kỹ thuật

Thành phần

Ghi chú: * chỉ ra rằng thuốc thử này không có trong bộ dụng cụ này và cần có thuốc thử bổ sung.Bộ dụng cụ là tương thích với nền tảng kép của Illumina và MGI, nhưng hỗn hợp sơn lót bổ sung (CAT # 13334 Hỗn hợp sơn lót cho MGI và Cat# 13335 Primer Mix cho Illumina) là bắt buộc.

Kho

Sản phẩm này nên được bảo quản ở nhiệt độ -25~-15℃ cho 1 năm.

Các con số

Hình 1. Phát hiện DNA của 10 loại vi sinh vật

Thư viện đã được chuẩn bị bằng cách sử dụng Mèo#12316 giao thức ,10 ng Tiêu chuẩn DNA cộng đồng vi khuẩn ZymoBIOMICS (Zymo Research® #D6306). Các thư viện được tập hợp và giải trình tự trên Illumina (SE75).Dữ liệu giải trình tự được đồng nhất thành 20M và so sánh giữa thành phần mong đợi và phát hiện được cho cả hai mức đầu vào. Việc phát hiện gDNA vi khuẩn cụ thể phù hợp với thành phần mong đợi. Thành phần mong đợi: Cryptococcus neoformans 2%, Saccharomyces cerevisiae 2%, Bacillus subtilis 12%, Escherichia coli 12%, Enterococcus faecalis 12%, Lactobacillus fermentum 12%, Listeria monocytogenes 12%, Pseudomonas aeruginosa 12%, Staphylococcus aureus 12% và Salmonella enterica 12%.

Về hoạt động

1. Vui lòng sử dụng áo khoác phòng thí nghiệm và găng tay dùng một lần，vì sự an toàn của bạn.

2. Rã đông các thành phần ở nhiệt độ phòng. Sau khi rã đông, trộn đều bằng cách lắc, quay ống một lúc và đặt chúng vào đá để sử dụng sau.

3. Khi chuẩn bị dung dịch phản ứng ở mỗi bước, nên sử dụng pipet để thổi và trộn đều hoặc lắc nhẹ. Lắc mạnh có thể làm giảm lượng thư viện đầu ra.

4. Để tránh nhiễm chéo mẫu, khuyến cáo sử dụng đầu súng có bộ lọc. Vui lòng thay đầu súng khi hấp thụ các mẫu khác nhau.

5. Nên thực hiện từng bước phản ứng trong máy chu trình nhiệt có nắp đậy được làm nóng. Máy chu trình nhiệt phải được làm nóng trước đến nhiệt độ đã đặt trước khi sử dụng.

6. Các thao tác không đúng cách rất có thể gây ra ô nhiễm khí dung, ảnh hưởng đến độ chính xác của kết quả. Khuyến cáo nên cô lập vật lý bắt buộc các vùng trộn phản ứng PCR và vùng xét nghiệm tinh chế sản phẩm PCR. Được trang bị các thiết bị như pipet chuyên dụng để xây dựng thư viện.

7. Sản phẩm này chỉ dùng cho mục đích nghiên cứu.

Về sự phân mảnh DNA

1. Phạm vi tương thích của bộ dụng cụ này là 100 pg–500 ng DNA đầu vào. Nên sử dụng DNA đầu vào chất lượng cao với A260/A280 = 1,8-2,0 càng nhiều càng tốt.

2. Nếu DNA đầu vào chứa nồng độ cao chất tạo phức ion kim loại hoặc các muối khác, nó có thể ảnh hưởng đến các thí nghiệm tiếp theo. Nên pha loãng DNA trong ddH2O hoặc Tebuffer (10 mm tris-HCl, pH 8,0-8,5; 0,1 mM EDTA).

3. Đối với hầu hết DNA bộ gen chất lượng cao, thời gian tiêu hóa được thể hiện trong Bảng 1. Bộ dụng cụ này có độ ưu tiên thấp và có thể dung nạp nhiều khuôn mẫu khác nhau có hàm lượng GC.

Bảng 1. Thời gian khuyến nghị của phân mảnh DNA bộ gen thông thường

Bộ chuyển đổi thắt chặt

1. Nồng độ của bộ điều hợp ảnh hưởng trực tiếp đến hiệu quả gắn kết và năng suất thư viện. Sử dụng quá nhiều Bộ điều hợp có thể tạo ra nhiều bộ điều hợp dimer hơn; Liều lượng thấp có thể ảnh hưởng đến thắt ống dẫn tinh hiệu quả và năng suất thư viện. Bảng 2 và 3 liệt kê số lượng được khuyến nghị của Bộ chuyển đổi cho các đầu vào DNA khác nhau khi sử dụng bộ dụng cụ này.

Bảng 2. Illumina được đề xuất lượng bộ điều hợp cho DNA đầu vào khác nhau

Bảng 3. MGI được đề xuất lượng bộ điều hợp cho DNA đầu vào khác nhau

khuếch đại thư viện

Số chu kỳ khuếch đại phải được kiểm soát chặt chẽ. Khuếch đại không đủ có thể dẫn đến năng suất thư viện thấp; Khuếch đại quá mức có thể dẫn đến tăng độ lệch, lỗi, đọc trùng lặp và sản phẩm ghép. Bảng 4 liệt kê các số chu kỳ được đề xuất hướng đến mục tiêu năng suất thư viện là 1 μg.

Bảng 4. Chu kỳ khuyến cáo 100 pg-500 ng DNA đầu vào

Làm sạch DNA dựa trên hạt và lựa chọn kích thước

1. Có nhiều bước trong quá trình xây dựng thư viện đòi hỏi phải có hạt từ tính tinh chế DNA. Chúng tôi khuyên dùng Hieff NGS™ Hạt lựa chọn DNA (Yeasen Cat#12601) hoặc AMPure™ Hạt từ tính XP (Beckman Cat#A63880) dùng để tinh chế DNA và lựa chọn kích thước.

2. Các hạt từ tính phải được cân bằng ở nhiệt độ phòng trước khi sử dụng, nếu không năng suất sẽ giảm và hiệu quả lựa chọn kích thước sẽ bị ảnh hưởng.

3. Các hạt từ tính phải được trộn đều bằng cách dùng máy trộn xoáy hoặc hút bằng pipet trước khi sử dụng.

4. Không hút các hạt khi chuyển dịch chất lỏng nổi, ngay cả lượng nhỏ các hạt cũng có thể ảnh hưởng đến các phản ứng sau.

5. Ethanol 80% phải được pha chế mới, nếu không sẽ ảnh hưởng đến hiệu quả thu hồi.

6. Hạt từ tính nên được sấy khô ở nhiệt độ phòng trước khi rửa giải sản phẩm. Độ khô không đủ sẽ dễ khiến etanol còn lại ảnh hưởng đến các phản ứng tiếp theo; độ khô quá mức sẽ khiến hạt từ tính bị nứt và làm giảm hiệu suất tinh chế. Thông thường, sấy khô ở nhiệt độ phòng trong 3-5 phút là đủ để hạt khô hoàn toàn.

7. Nếu cần, các mẫu DNA đã được tinh chế hoặc chọn kích thước sẽ được rửa giải trong 0,1× Đệm TE có thể được bảo quản ở nhiệt độ 4°C trong 1-2 tuần hoặc ở nhiệt độ -20°C trong một tháng.

Phân tích chất lượng thư viện

1. Chất lượng của các thư viện được xây dựng thường được phân tích bằng cách đo nồng độ và phân bố kích thước.

2. Nồng độ thư viện có thể được đo bằng các phương pháp dựa trên huỳnh quang như Qubit và PicoGreen hoặc qPCR.

3. Không nên sử dụng các phương pháp định lượng dựa trên độ hấp thụ như NanoDrop.

4. Nên sử dụng phương pháp qPCR để định lượng thư viện: các phương pháp dựa trên huỳnh quang như Qubit và PicoGreen không thể phân biệt được các cấu trúc dsDNA không hoàn chỉnh (các đoạn chèn không có bộ chuyển đổi hoặc chỉ có một đầu được nối bằng bộ chuyển đổi) với các thư viện hoàn chỉnh. Phương pháp qPCR sẽ chỉ khuếch đại và đo các thư viện hoàn chỉnh với cả hai đầu được nối bằng bộ chuyển đổi (các thư viện có thể giải trình tự), do đó cung cấp phép đo chính xác hơn để tải.

5. Phân bố kích thước của thư viện có thể được phân tích bằng Agilent Bioanalyzer hoặc các thiết bị khác dựa trên nguyên tắc điện di mao quản hoặc vi lưu chất.

Tài liệu:

Bảng dữ liệu an toàn

12316_MSDS_HB250211_EN.PDF

Hướng dẫn sử dụng

12316_Hướng dẫn sử dụng_Phiên bản EN20241225.pdf