Hieff NGS^TM UCF.ME Hạt chọn lọc DNA được chế tạo dựa trên nguyên lý SPRI (Bất động hóa ngược pha rắn) và có thể áp dụng cho việc tinh chế DNA và lựa chọn kích thước trong quá trình chuẩn bị các thư viện giải trình tự thế hệ tiếp theo (NGS). Hieff NGS^TM UCF.ME Hạt chọn lọc DNA tương thích với nhiều bộ dụng cụ chuẩn bị thư viện DNA và RNA. Sản phẩm này được sản xuất tại cơ sở siêu sạch với mức độ sạch cao và có thể được sử dụng cho bước tinh chế DNA trong quá trình phát hiện tác nhân gây bệnh.

Thông số kỹ thuật

Thành phần

Kho

Sản phẩm này nên được lưu trữ ở 2~8℃ trong 18 tháng.

Vận chuyển và lưu trữ

Các hạt được vận chuyển bằng túi đá và có thể bảo quản ở nhiệt độ 2°C-8°C trong một năm.

Hướng dẫn

• 1. Chuẩn bị

Để các hạt lựa chọn ở nhiệt độ phòng trong ít nhất 30 phút trước khi sử dụng.

• 2. Lựa chọn kích thước DNA

Luồng hoạt động lựa chọn kích thước được thể hiện ở Hình 1 và giao thức như sau.

Hình 1. Sơ đồ dòng chảy của việc lựa chọn kích thước DNA

2.1 Trộn đều các hạt bằng cách lắc hoặc hút lên xuống mỗi lần trước khi sử dụng.
2.2 Thêm vòng hạt chọn lọc đầu tiên vào mẫu (tham khảo Bảng 1). Trộn đều bằng cách lắc xoáy hoặc hút lên xuống ít nhất 10 lần.
2.3 Ủ ở nhiệt độ phòng trong 5 phút.
2.4 Xoay ống xuống một chút và đặt lên giá từ. Khi dung dịch trong (khoảng 5 phút), chuyển phần dịch nổi vào ống PCR mới.
2.5 Thêm vòng hạt chọn lọc thứ hai vào mẫu từ bước 2.4 theo Bảng 1. Trộn đều bằng cách lắc hoặc hút lên xuống ít nhất 10 lần.
2.6 Ủ ở nhiệt độ phòng trong 5 phút.
2.7 Xoay ống xuống một lát và đặt lên giá từ. Khi dung dịch trong (khoảng 5 phút), hút phần chất lỏng trong và loại bỏ.
2.8 Giữ ống trong giá từ và thêm 200 μL ethanol 80% mới pha vào mà không làm xáo trộn các hạt, ủ ở nhiệt độ phòng trong 30 giây. Hút ethanol và loại bỏ.
2.9 Lặp lại bước 2.8 một lần để giặt tổng cộng hai lần.
2.10 Loại bỏ etanol còn lại bằng đầu pipet 10 µL. Giữ ống trong giá đỡ từ tính, phơi khô các hạt lựa chọn bằng không khí với nắp mở cho đến khi các vết nứt xuất hiện (khoảng 5 phút).
Lưu ý: Không làm khô các hạt lựa chọn quá mức. Điều này có thể làm giảm mục tiêu phục hồi DNA.
2.11 Lấy ống ra khỏi giá từ. Thêm một lượng ddH2O thích hợp (≥20 µL) và trộn đều bằng cách vortex hoặc hút lên xuống ít nhất 10 lần.
2.12 Ủ ở nhiệt độ phòng trong 5 phút.
Xoay ống xuống một lát và đặt lên giá từ. Khi dung dịch trong (khoảng 5 phút), chuyển 20 μL dịch trong sang ống mới.

• 3. Điều kiện khuyến nghị để lựa chọn kích thước DNA

DNA tuyến ức bê được phân mảnh bằng phương pháp siêu âm để chuẩn bị một đoạn có kích thước 100-1.000 bp và thực hiện hai vòng lựa chọn kích thước theo Bảng 1. Kết quả được phân tích bằng Agilent 2100 Bioanalyzer (Hình 2).

Bảng 1. Điều kiện khuyến nghị để lựa chọn kích thước DNA

Lưu ý: "×" trong bảng biểu thị thể tích của mẫu DNA. Ví dụ, nếu chiều dài chèn của thư viện là 250 bp và thể tích mẫu DNA là 100 μL, thể tích hạt từ được sử dụng trong vòng phân loại đầu tiên là 0,80×100 μL=80 μL; thể tích hạt từ được sử dụng trong vòng phân loại thứ hai là 0,20×100 μL=20 μL.

Hình 2. Điện di DNA chip độ nhạy cao Agilent 2100