Hieff NGS ™ Maxup Human RRNA Depletion Kit (Human/Maus/Ratte) -12257es
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Hieff NGS ™ Maxup Human RRNA Depletion Kit (Human/Maus/Ratte) -12257es

Hieff NGS ™ Maxup Human RRNA Depletion Kit (Human/Maus/Ratte) -12257es

SKU: 12257ES08
Größe: 8t
Preis:
$205.00

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Beschreibung


Hieff NGS™ Das MaxUp Human rRNA Depletion Kit (rRNA & ITS/ETS) wurde entwickelt, um rRNA und 45S ITS/ETS aus der Gesamt-RNA von Mensch, Maus und Ratte auf der Grundlage eines RNase H-basierten Workflows zu entfernen und mRNA und andere nicht-kodierende RNA beizubehalten. Dieses Kit ist sowohl für intakte als auch für teilweise degradierte RNA-Proben (z. B. FFPE-RNA) geeignet. Da degradierte FFPE-Proben normalerweise einen höheren Anteil an ITS/ETS enthalten als frische Gewebeproben, fügt dieses Kit Sonden in der menschlichen 45S ITS/ETS-Region hinzu, und die ITS-Entfernung kann den Anteil gültiger Daten in Rohdaten erheblich erhöhen.

Merkmale

  • Hohe Spezifität: entfernt gezielt rRNA und ITS/ETS aus menschlichen Proben, insbesondere aus FFPE-Proben
  • Hohe Kompatibilität der Vorlagenausgangsmenge: anwendbar auf 100 ng~1μg Probe
  • Hoher Entfernungseffekt: Für rRNA, ITS und ETS in Proben von Menschen, Mäusen und Ratten beträgt der Entfernungseffekt mehr als 95 %
  • Stabile Qualität: strenge Chargenleistung und Stabilitätsqualitätskontrolle

Anwendungen

  • Genexpression-Forschung
  • Alternative Spleißanalyse
  • Nachweis und Entdeckung nicht-kodierender RNA
  • Identifizierung selektiver Polyadenylierungsstellen
  • Nachweis von Fusionsgenen

Technische Daten

Erschöpfungstechnologie RNase H
Probentyp Gesamt-RNA von Mensch, Maus und Ratte
Endprodukttyp mRNA und andere nicht-kodierende RNAs
Anzahl der Reaktionen 24/96 Vorbereitungen
Ausgangsmaterialmenge 100 ng~1 μg Gesamt-RNA
Ziel Entfernen Sie rRNA und 45S ITS/ETS aus der menschlichen Gesamt-RNA

Komponenten

Komponenten Nr. Name 12257ES24 (24 Zähne) 12257ES96 (96 Zähne)
12257-A Hybridisierungspuffer 72 μl 288 μl
12257-B Sondenmischung (rRNA & ITS/ETS) 48 μl 192 μl
12257-C RNase H-Puffer 72 μl 288 μl
12257-D RNase H 48 μl 192 μl
12257-E DNase I-Puffer 660 μl 2×1320 μL
12257-F DNase I 60 μl 240 μl

Versand und Lagerung

Alle Komponenten werden mit Trockeneis versendet und können ein Jahr lang bei -15 °C bis -25 °C gelagert werden.

Zahlen

  • rRNA-Entfernungsspezifität

Bei herkömmlichen Proben können rRNA und ITS/EST zu über 98 % entfernt werden, während bei FFPE-Proben mit einer Integrität von etwa 50 % rRNA und ITS/EST zu über 95 % entfernt werden können. Gleichzeitig können auch FFPE mit schlechter Integrität effektiv entfernt werden.

Tabelle 1. rRNA-Entfernungsspezifitätseffekt

RNA Qualität Entfernung Schema Eingang rRNA (%) ITS/ETS (%) Zuordnung (%)
293T RNA-Molekül;  RIN = 10 entfernen rRNA 1 μg 0,19 4.6 98,28
entfernen rRNA Und ITS/ETS 1 μg 0,15 0,04 98,79
FFPE RNA-Molekül;  DV200 =90 % entfernen rRNA 500ng 0,23 4,75 95,35
entfernen rRNA Und ITS/ETS 500ng 0,21 0,02 95,42
FFPE RNA-Molekül;  DV200 =50 % entfernen rRNA 500ng 1.4 16.28 95,57
entfernen rRNA Und ITS/ETS 500ng 0,56 0,11 95,51
FFPE RNA-Molekül;  DV200 =20 % entfernen rRNA 1 μg 0,35 67,61 58,4
entfernen rRNA Und ITS/ETS 1 μg 0,79 0,84 60,35

Hinweis: Verschiedene menschliche RNA-Proben wurden verwendet, um rRNA oder rRNA und ITS/ETS zu entfernen und Bibliotheken mit dem RNA-Bibliotheks-Prep-Kit nach ITS/ETS zu erstellen. Die Anteile von rRNA und ITS/ETS in Offline-Daten wurden durch Sequenzierung analysiert.

  • Leistung der Sequenzierungsdaten

Tabelle 2.Leistung der Sequenzierungsdaten

Probe DV200 Bausatz Sauber Frage 20 (%) Sauber Frage 30 (%) Sauber GC (%) rRNA (%) ITS/ETS (%) einzigartig(%)
1 24 % JASEN Katze Nr. 12257 96,75 92,68 57,05 4,58 2.42 96,90
2 40 % 96,56 92,42 55,31 1,93 0,63 96,45
3 53 % 97,4 93,52 45.19 0,23 0,01 98,08
4 76 % 97,67 93,78 51,28 0,44 0,01 93,63
Unterlagen:
Zitate und Referenzen:

[1] Tian S, Zhang B, He Y, et al. CRISPR-iPAS: eine neuartige dCAS13-basierte Methode zur alternativen Polyadenylierungsinterferenz. Nucleic Acids Res. 2022;50(5):e26. doi:10.1093/nar/gkac108(IF:16.971)

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