Hieff NGS™ One Pot Flash DNA Library PrepKit ist ein schnelles enzymatisches DNA-Bibliothekskit，Hexe enthält ein hochwertiges Enzym zur DNA-Fragmentierung und kombiniert DNA-Fragmentierung, Endreparatur und dA-Tailing in einem Schritt, was den Zeit- und Kostenaufwand für die Bibliotheksvorbereitung erheblich reduziert.

Dieses Bibliotheksvorbereitungskit ist mit 100 pg-500 ng-Proben aller gängigen Tiere, Pflanzen, Mikroorganismen usw. kompatibel.

und realisieren Sie schnell DNA-Fragmentierung, terminale Reparatur und A-Schwanz-Additionsreaktion in einem einzigen Röhrchen. Das Kit muss mit Adaptern und Primern abgestimmt werden und ist kompatibel mit Illumina und MGI Hochdurchsatz-Sequenzierungsplattformen.

Besonderheit

1) Geeignet für genomische DNA-Proben von 100 pg–500 ng.

2）kompatibel mit Illumina und MGI Hochdurchsatz-Sequenzierungsplattformen.

3）Fragmentierung, Endreparatur und A-Tailing Reaktion innerhalb 5 Minuten.

4）Effiziente Bibliothekskonvertierungsrate und Amplifikationseffizienz.

Technische Daten

Komponenten

Notiz: * zeigt an, dass dieses Reagenz nicht in diesem Kit enthalten ist und zusätzliche Reagenzien erforderlich sind.Das Kit Ist kompatibel mit Dual-Plattformen von Illumina und MGI, aber zusätzliche Primer-Mischung (CAT # 13334 Primer-Mischung für MGI und Cat# 13335 Primer Mix für Illumina) ist erforderlich.

Lagerung

Dieses Produkt sollte bei -25~-15 gelagert werden℃ für 1 Jahr.

Zahlen

Abbildung 1. Nachweis der DNA von 10 Arten von Mikroorganismen

Die Bibliotheken wurden erstellt mit Katze Nr. 12316 Protokoll ,10 ng des ZymoBIOMICS Microbial Community DNA Standard (Zymo Research® #D6306). Die Bibliotheken wurden gepoolt und auf einem Illumina (SE75).Die Sequenzierungsdaten wurden auf 20M homogenisiert und verglichen die erwartete und nachgewiesene Zusammensetzung für beide Eingangspegel. Der Nachweis spezifischer mikrobieller gDNA stimmte mit der erwarteten Zusammensetzung überein. Erwartete Zusammensetzung: Cryptococcus neoformans 2 %, Saccharomyces cerevisiae 2 %, Bacillus subtilis 12 %, Escherichia coli 12 %, Enterococcus faecalis 12 %, Lactobacillus fermentum 12 %, Listeria monocytogenes 12 %, Pseudomonas aeruginosa 12 %, Staphylococcus aureus 12 % und Salmonella enterica 12 %.

Über die Operation

1. Bitte operieren Sie mit Laborkittel und Einweghandschuhen，zu Ihrer Sicherheit.

2. Komponenten bei Raumtemperatur auftauen. Nach dem Auftauen, durch Vortexen gründlich mischen, das Röhrchen kurz zentrifugieren und zur späteren Verwendung auf Eis legen.

3. Bei der Vorbereitung der Reaktionslösung in jedem Schritt wird empfohlen, eine Pipette zu verwenden, um gleichmäßig zu blasen und zu mischen oder vorsichtig zu schütteln. Heftiges Schütteln kann dazu führen, dass die Bibliotheksausgabe abnimmt.

4. Um eine Kreuzkontamination der Proben zu vermeiden, empfiehlt sich die Verwendung eines Pistolenkopfes mit Filterelement. Bitte ersetzen Sie den Pistolenkopf, wenn Sie unterschiedliche Proben aufnehmen.

5. Es wird empfohlen, jeden Reaktionsschritt in einem Thermocycler mit beheiztem Deckel durchzuführen. Der Thermocycler sollte vor Gebrauch auf die eingestellte Temperatur vorgeheizt werden.

6. Unsachgemäße Handhabung kann sehr wahrscheinlich zu Aerosolverunreinigungen führen, die die Genauigkeit des Ergebnisses beeinträchtigen. Eine obligatorische physische Isolierung der PCR-Reaktionsmischbereiche und der PCR-Produktreinigungstestbereiche wird empfohlen. Ausgestattet mit Geräten wie Spezialpipetten für den Bibliotheksaufbau.

7. Dieses Produkt ist nur für Forschungszwecke bestimmt.

Über DNA-Fragmentierung

1. Der kompatible Bereich dieses Kits beträgt 100 pg–500 ng Eingangs-DNA. Es sollte möglichst hochwertige Eingangs-DNA mit A260/A280 = 1,8-2,0 verwendet werden.

2. Wenn die Eingangs-DNA eine hohe Konzentration an Metallionenchelatbildnern oder anderen Salzen enthält, kann dies die nachfolgenden Experimente beeinträchtigen. Es wird empfohlen, die DNA in ddH2O oder Tebuffer (10 mm Tris-HCl, pH 8,0–8,5; 0,1 mM EDTA) zu verdünnen.

3. Für die meiste hochwertige genomische DNA ist die Verdauungszeit in Tabelle 1 angegeben. Das Kit weist eine geringe Präferenz auf und verträgt verschiedene Vorlagen mit GC-Gehalt.

Tabelle 1. Empfohlene Dauer der konventionellen genomischen DNA-Fragmentierung

Adapterligatur

1. Die Konzentration des Adapters beeinflusst direkt die Ligationseffizienz und die Bibliotheksausbeute. Übermäßiger Einsatz des Adapters kann zu mehr Adapterdimer führen; niedrige Dosierung kann die Ligatur Effizienz und Bibliotheksausbeute. Die Tabellen 2 und 3 listen die empfohlene Menge von Adaptern für verschiedene DNA-Eingänge mit diesem Kit.

Tabelle 2. Die empfohlene Illumina Adaptermenge für verschiedene Eingangs-DNA

Tabelle 3. Der empfohlene MGI Adaptermenge für verschiedene Eingangs-DNA

Bibliothekserweiterung

Die Anzahl der Amplifikationszyklen sollte streng kontrolliert werden. Unzureichende Amplifikation kann zu einer geringen Bibliotheksausbeute führen; Überamplifikation kann zu erhöhter Verzerrung, Fehlern, doppeltem Lesen und chimären Produkten führen. Tabelle 4 listet empfohlene Zyklenzahlen auf, die auf eine Bibliotheksausbeute von 1 abzielen μG.

Tabelle 4. Die empfohlenen Zyklen von 100 pg-500 ng Input DNA

DNA-Reinigung und Größenauswahl auf Perlenbasis

1. Es gibt mehrere Schritte im Bibliotheksaufbauprozess, die DNA-Reinigungsmagnetkügelchen erfordern. Wir empfehlen Hieff NGS™ DNA-Selektionsperlen (Yeasen Cat#12601) oder AMPure™ XP-Magnetkügelchen (Beckman Cat#A63880) zur DNA-Reinigung und Größenauswahl.

2. Die magnetischen Perlen sollten vor der Verwendung auf Raumtemperatur gebracht werden, da sich sonst die Ausbeute verringert und der Größenauswahleffekt beeinträchtigt wird.

3. Die magnetischen Perlen sollten vor der Verwendung durch Vortexen oder Pipettieren gut gemischt werden.

4. Saugen Sie die Perlen beim Übertragen des Überstands nicht ab, selbst kleinste Mengen der Perlen können die folgenden Reaktionen beeinträchtigen.

5. Der 80-prozentige Ethanol muss frisch zubereitet werden, da sonst die Rückgewinnungseffizienz beeinträchtigt wird.

6. Die Magnetkügelchen sollten vor dem Eluieren des Produkts bei Raumtemperatur getrocknet werden. Bei unzureichender Trockenheit können Ethanolrückstände leicht nachfolgende Reaktionen beeinträchtigen; bei übermäßiger Trockenheit reißen die Magnetkügelchen und die Reinigungsausbeute wird reduziert. Normalerweise reicht es aus, die Kügelchen 3–5 Minuten bei Raumtemperatur trocknen zu lassen, damit sie vollständig trocknen.

7. Bei Bedarf werden die gereinigten oder nach Größe selektierten DNA-Proben in 0,1× TE-Puffer kann 1–2 Wochen bei 4 °C oder einen Monat bei -20 °C gelagert werden.

Analyse der Bibliotheksqualität

1. Die Qualität der erstellten Bibliotheken wird im Allgemeinen durch Messen der Konzentrationen und Größenverteilungen analysiert.

2. Bibliothekskonzentrationen können mit fluoreszenzbasierten Methoden wie Qubit und PicoGreen oder qPCR gemessen werden.

3. Es wird nicht empfohlen, absorptionsbasierte Quantifizierungsmethoden wie NanoDrop zu verwenden.

4. Es wird empfohlen, die qPCR-Methode zur Quantifizierung der Bibliothek zu verwenden: Fluoreszenzbasierte Methoden wie Qubit und PicoGreen können die unvollständigen dsDNA-Strukturen (Inserts ohne Adapter oder mit nur einem der mit Adapter ligierten Enden) nicht von den vollständigen Bibliotheken unterscheiden. Die qPCR-Methode amplifiziert und misst nur die vollständigen Bibliotheken, deren beide Enden mit Adaptern ligiert sind (die sequenzierbaren Bibliotheken) und bietet somit eine genauere Messung zum Laden.

5. Die Größenverteilung von Bibliotheken kann mit Agilent Bioanalyzer oder anderen Geräten analysiert werden, die auf den Prinzipien der Kapillarelektrophorese oder Mikrofluidik basieren.

Unterlagen:

Sicherheitsdatenblatt

12316_MSDS_HB250211_DE.PDF

Benutzerhandbücher

12316_Manual_Ver.EN20241225.pdf