Figura 1. Diagrama esquemático de la estructura de las perlas magnéticas.

02 Principio

Los sistemas comerciales de perlas magnéticas incluyen perlas magnéticas, polietilenglicol (PEG), iones de sal, etc. Los principales factores que afectan la recuperación de ADN son el PEG, el tamaño y la concentración de ADN, el tiempo de incubación, etc. Entre ellos, el PEG es el factor decisivo. Las altas concentraciones de PEG y NaCl hacen que el ADN pierda su capa de hidratación, se comprima en una forma esférica y Exponer los grupos fosfato cargados negativamente. Mediante la formación de un "puente eléctrico" de Na+ con los grupos carboxilo en la superficie de las perlas magnéticas, el ADN se adsorbe sobre las perlas magnéticas. Después de la eliminación de PEG y NaCl, el efecto de hidratación rompe los enlaces iónicos y el ADN se purifica. Se pueden precipitar selectivamente ADN de diferentes longitudes según los cambios en las concentraciones de PEG y sal.

Figura 2. Diagrama esquemático del principio de adsorción de ADN mediante perlas magnéticas.

Aaplicaciones

Las perlas magnéticas son muy valoradas en la secuenciación de alto rendimiento debido a sus características de alto rendimiento y su idoneidad para la automatización. Se utilizan ampliamente para la extracción, purificación y clasificación de ADN en la construcción de bibliotecas de secuenciación de próxima generación (NGS).

01 Extracción de ácidos nucleicos

En el método de extracción con perlas magnéticas, el tampón de lisis celular, que actúa como desnaturalizante de proteínas, puede lisar las células y liberar ácidos nucleicos. Las perlas magnéticas tienen carga positiva y tienden a adsorber ácidos nucleicos con carga negativa. Después de la unión, las impurezas se eliminan mediante lavado y captura de campo magnético. Finalmente, los ácidos nucleicos se disocian con un tampón de elución. El ADN/ARN purificado se puede utilizar para pruebas como PCR. Este método se aplica ampliamente en la industria del diagnóstico y admite la extracción de ácidos nucleicos automatizada y de alto rendimiento.

Figura 3. Diagrama esquemático del proceso de extracción de ácidos nucleicos mediante perlas magnéticas.

02 Purificación del ADN

El objetivo de la purificación del ADN es eliminar fragmentos no deseados. Las perlas magnéticas adsorben preferentemente fragmentos grandes. Al controlar la proporción de perlas magnéticas, se puede adsorber selectivamente ADN de tamaños específicos y se pueden descartar fragmentos pequeños en el sobrenadante. Finalmente, se eluye y se recupera el ADN deseado. A menudo se utiliza para eliminar fragmentos pequeños, como dímeros adaptadores/dímeros cebadores, o para enriquecer la muestra.

Figura 4. Diagrama esquemático del proceso de purificación del ADN.

Durante el proceso de purificación de ADN con perlas magnéticas, se producirá cierta pérdida de muestra. La eficiencia de recuperación se puede calcular mediante la fórmula: Eficiencia de recuperación = (Masa de ADN después de la purificación / Masa de ADN de entrada) × 100%. Los datos muestran que la estabilidad del lote de las perlas magnéticas de ADN de Yeasen es buena y la eficiencia de recuperación es comparable a la de las perlas magnéticas XP, lo que lo convierte en un producto alternativo rentable.

Tabla 1. Cálculo de la eficiencia de recuperación de perlas magnéticas

Muestra paralela	muestra	Entrada (ng)	Purificación del ADN(1,8×)
			aDespués de la purificación(ng)	Porcentaje de recuperación %	aporcentaje de recuperación promedio
Muestra paralela 1	A-XP	169,5	153,25	90,41%	90,41%
	B-YS		159,75	94,25%	94,50%
	C-YS		162	95,58%
	D-YS		158,75	93,66%
Muestra paralela 2	A-XP		156	92,04%	92,04%
	B-YS		156,5	92,33%	93,51%
	C-YS		160	94,40%
	D-YS		159	93,81%

【NOTA】：Los datos de prueba de las perlas magnéticas se obtuvieron de una determinada empresa de biotecnología de Shanghái. En la tabla, A representa las perlas magnéticas AMPure XP; B, C y D son tres lotes diferentes de perlas magnéticas Yeasen respectivamente.

03 ADN Selección de tamaño doble

La secuenciación de nueva generación (NGS) requiere que las bibliotecas de NGS alcancen una longitud específica. La selección de fragmentos se realiza mediante el cribado de fragmentos para seleccionar fragmentos diana del ADN fragmentado. Aprovechando la característica de que las perlas magnéticas adsorben preferentemente fragmentos grandes, después de la primera ronda de adsorción de fragmentos grandes, las perlas magnéticas se descartan y se retiene el sobrenadante, quedando los fragmentos diana en el sobrenadante. En la segunda ronda, las perlas magnéticas adsorben los fragmentos diana y, después de descartar el sobrenadante, los fragmentos diana se eluyen y se recuperan.

Figura 5.Selección de doble tamaño de ADN Descripción general del proceso

Para evaluar la precisión de la clasificación, el instrumento Agilent 2100 generalmente detecta los tamaños de los fragmentos clasificados bajo diferentes proporciones de entrada de perlas magnéticas.

Bajo una proporción específica de perlas magnéticas, las distribuciones de fragmentos de diferentes muestras deben concentrarse en la misma posición. El efecto de clasificación ideal es un único pico estrecho y redondeado en la parte superior. Debido a las diferencias en los tampones entre los diferentes fabricantes, las distribuciones variarán bajo una proporción específica de perlas magnéticas. Antes de su uso, es necesario consultar el manual de instrucciones para confirmar la proporción de clasificación de los fragmentos objetivo. Los datos muestran que, bajo la misma proporción de clasificación, los efectos de clasificación de las perlas magnéticas Yeasen y las perlas magnéticas XP importadas son altamente consistentes.

Tabla 2. Recuperación típica

muestra		Selección de tamaño doble(0,65×/0,2×)
	Entrada (ng)	Después Selección de tamaño doble(ng)	Porcentaje de recuperación %	Promedio Porcentaje de recuperación
A-XP	276,44	55.2	19,97%	19,97%
B-YS
		61.35	22,19%	22,84%
C-YS		65.4	23,68%
D-YS		62,55	22,63%

【Nota】：Los datos de prueba de las perlas magnéticas se obtuvieron de una determinada empresa de biotecnología de Shanghái. En la tabla, A representa las perlas magnéticas AMPure XP, mientras que B, C y D son tres lotes diferentes de perlas magnéticas Yeasen respectivamente.

Información del producto

Alto NGS^MT. Las perlas de selección de ADN se basan en el principio SPRI y se combinan con un sistema de tampón optimizado, lo que las hace adecuadas para la clasificación y purificación de fragmentos de ADN en bibliotecas de secuenciación de próxima generación. Este producto es compatible con kits de construcción de bibliotecas de varias marcas, y su eficiencia de recuperación de fragmentos y distribución del tamaño de la biblioteca son similares a las de las perlas magnéticas XP. Vale la pena señalar que el precio de las perlas magnéticas Yeasen puede ser tan bajo como 3 yuanes por biblioteca, ¡que es tres veces más bajo que el de las perlas magnéticas XP importadas!

Tabla 3.Recomendaciones para Hieff NGS^MT. Serie de productos de perlas magnéticas

Clasificación de magnético rosario	Nombre del producto	Número de producto	Tallas	Precio promocional(¥ yuanes)	aplicaciones
ADN cuentas magnéticas	Alto NGSMT. Perlas de selección de ADN	12601ES08	5 ml	595	Limpieza de ADN Selección de tamaños de ADN Purificación de productos de PCR Purificación de productos de digestión y ligación con enzimas de restricción.
		12601ES56	60 ml	3775
		12601ES75	450 ml	15715
	Alto NGSMT. Perlas de limpieza de ADN más inteligentes	12600ES08	5 ml	835	Purificación de fragmentos pequeños (>50 pb) Purificación de pequeños fragmentos en la construcción de bibliotecas CUT&Tag Purificación de pequeños fragmentos en la construcción de la biblioteca ATAC-Seq.
		12600ES56	60 ml	4555
		12600ES75	450 ml	17935
ARN cuentas magnéticas	Alto NGSMT. Limpiador de ARN	12602ES08	5 ml	635	Construcción de bibliotecas de ARN Purificación de muestras de ARN total después de la eliminación del ARN ribosómico (ARNr) Purificación de productos de ARN transcritos o sintetizados in vitro Purificación de productos marcados con ARN
		12602ES56	60 ml	2555
		12602ES75	450 ml	23135
	Alto NGSMT. Kit maestro de aislamiento de ARNm V2	12629ES24	24 T	308	Aislamiento y purificación de ARNm. Construcción de bibliotecas de transcriptomas
		12629ES96	96T	1128