Yeasen FuniCut™ 시리즈의 제한 효소, 범용 완충액으로 5분 소화
분자 복제는 거의 모든 실험실에서 사용됩니다. 제한 효소는 분자 복제 실험에서 중요한 구성 요소이지만, 사람들은 제한 효소 실험과 관련된 다양한 문제로 종종 괴로워합니다. 일반적인 문제는 다음과 같습니다.
- 제한 효소의 종류가 너무 많아서 선택하기가 어렵습니다.
- 잘못된 절단, 무작위 절단 또는 불완전한 효소 절단.
- 소화 속도가 느려서 1시간 걸리기도 하고 밤새도록 걸리기도 합니다.
- 또한, 다중 효소 소화 실험도 다양한 효소 소화 bTo를 선택해야 합니다.
제한 효소에 대한 보다 철저한 이해를 위해, 제한 효소가 무엇이고 다양한 효소가 첫 번째 질문에 대한 답으로 어떻게 분류되는지 간략하게 설명하겠습니다.
1. 제한 효소란 무엇입니까?
2. 제한 엔도뉴클레아제 명명법
3. 엔도뉴클레아제 분류에 대한 제한
4.
1. 제한 효소란 무엇입니까?
제한 효소는 이중 가닥 DNA 분자의 특정 뉴클레오티드 서열을 인식하고 특정 부위의 DNA 사슬에 있는 인산디에스테르 결합을 절단할 수 있는 효소 계열입니다.
제한 효소마다 인식하는 DNA 서열이 다르고, 인식 서열 내부나 인식 서열에서 그리 멀지 않은 곳에서 DNA를 절단하여 그림 1에서 볼 수 있듯이 다양한 생성물을 생성합니다. BamHI는 점착성 말단을 형성하고, KpnI는 3'-티키 말단을 형성하고, EcoRV는 평활 말단을 형성합니다.
그림 1. BamHI, KpnI, EcoRV 소화의 개략도
2. 제한 엔도뉴클레아제 명명법
속명, 종명, 박테리아 균주 또는 혈청형, 발견 순서는 제한 효소의 이름을 지정하는 데 사용되는 주요 요소입니다. 이름 지침은 아래 표 1에 BstEII를 예로 들어 표시되어 있습니다.
표 1. 제한 엔도뉴클레아제 명명법
|
약어 |
전체 이름 |
함축 |
|
비 |
새균 |
속명의 첫 글자 |
|
성 |
스테아로테르모필루스 |
종 이름의 첫 두 글자 |
|
이자형 |
동부 표준시 |
균주 이름의 첫 글자 |
|
2세 |
두 번째 발견 |
이러한 박테리아에서 발견되는 순서 |
3. 엔도뉴클레아제 분류에 대한 제한
제한 효소는 구조의 복잡성, 작용 방식, 보조 인자의 차이에 따라 네 가지 범주로 나눌 수 있습니다. 다음 표 2는 각 범주의 특성과 전형적인 효소를 요약한 것입니다.
표 2. 여러 제한 효소들 간의 변화
|
엔도뉴클레아제 계열 |
특징 |
전형적인 효소 종 |
|
1형 |
1. 인식 및 수정 분열. 2. 특정 DNA 서열을 인식할 수 있으며, 소화 부위는 인식 부위로부터 무한히 떨어져 있으며, 최대 수천 개의 염기까지 가능합니다. 3. 행동에는 ATP가 필요합니다. |
에코비, 에코케이 등 |
|
2형 |
1. 절단 식별 기능만 있습니다. 2. 인식 서열은 종종 짧은 팔린드롬 서열(약 4-8bp)이고 제한 효소의 특정 소화 부위는 일반적으로 인식 서열입니다. 3. 작용에는 Mg2+가 필요하다. 4. 분자 복제에 가장 자주 사용되는 제한 효소의 종류. |
HindIII, NotI 등. |
|
3형 |
1. 인식 및 수정 소화 2. 소화 부위와 인식 부위를 분리합니다. 3. 행동에는 ATP가 필요합니다. |
HinfIII 등 |
|
4형 |
1. 메틸화된 DNA 서열만 절단합니다. 2. 약 30bp가 인식 부위와 소화 부위를 분리합니다. |
McrA, McrBC 등 |
아래 표 3에서 보듯이 인식 및 소화 부위의 유사점과 차이점을 기준으로 세 그룹으로 나눌 수도 있습니다.
표 3. Isoschizomer, Neoschizomer 및 Isocaudarner의 비교 분석
|
등척성 |
신분열증 |
이소카우다르너 |
|
|
인식 순서 |
같은 |
같은 |
다른 |
|
소화 부위 |
같은 |
다른 |
같은 |
|
대표적인 대표 |
AgeI 및 BshTI: 둘 다 5'-A↓CCGGT-3'을 인식하고 절단합니다. |
SmaI(5'-CCC↓GGG-3') 및 XmaI(5'-C↓CCGGG-3') |
BamHI (5'-G↓GATCC-3') 및 BglII (5'-A↓GATCT-3') |
시중에 판매되는 일부 제한 효소는 여전히 하룻밤 소화가 필요하고, 제품이 제대로 소화되지 않는 경우가 많다는 점을 감안할 때, 범용 완충액인
4. Yeasen FuniCut™ 고속 제한 효소
그림 2.
4.1 특징
- 빠른 소화: 소화는 5~15분 안에 완료될 수 있으며, 기존 소화 실험과 비교했을 때 1~2시간 이상 단축될 수 있습니다.
- 범용 완충액: 다중 효소 절단 반응은 어떠한 엔도뉴클레아제 조합이라도 동일한 완충액을 사용할 수 있다는 사실로 인해 더 단순해집니다.
- 효소 소화 효과: N*과 동등하며 완충액에 적합함.
- 직접 전기영동은 붉은색 완충액을 제공하고 소화 산물을 전기영동에 직접 전달하여 과정을 더 간단하게 만듭니다.
- 정확한 소화: 하룻밤 동안 소화를 해도 별의 활동은 거의 없습니다.
4.2 공연의 전시
4.2.1 FuniCut™ 버퍼에서는 단일, 이중, 삼중 소화가 5분 안에 진행됩니다.
그림 3. FuniCut ™ 완충액을 사용한 단일, 이중 및 삼중 소화는 일반적으로 5분 안에 완료될 수 있습니다. 예를 들어 EcoRI+KpnI+SmaI를 사용한 삼중 소화입니다.
4.2.2 효소 소화의 영향은 N* 및 T*의 영향과 비슷하며, 이들 완충액과 함께 사용하면 효과적입니다.
그림 4. 유사한 N*, T* 제품과 비교했을 때
4.2.3 매우 낮은 별 활동을 통한 야간 소화
그림 5. 각 브랜드에서 권장하는 실험 프로토콜에 따라
4.2.4 높은 중복성과 일부 잉여 기판 처리 능력이 있습니다.
그림 6. FuniCut™ 고속 제한 효소 EcoR I, Eag I, XbaI 및 Sac I을 사용하여 각각 1 μg 및 1.5 μg의 플라스미드를 기질로 사용하여 5분 동안 소화한 후, 소화된 생성물을 아가로스 젤 전기영동에 적용했습니다.
표 4. 제품 및 반응 완충액 호환성
|
제품 이름 |
고양이# |
인식 순서 |
온도 |
열 비활성화 온도 |
|
T* 버퍼 |
N* 버퍼 |
Ta* 버퍼 |
보호된 베이스(bp) |
응답 |
|
FuniCut™ AscI ( 문의 ) |
15001ES50 |
GG/CGCGCC |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
100 |
1 |
50톤 |
|
FuniCut™ AvrII ( 문의 ) |
15002ES25 |
씨/씨태그 |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
100 |
3 |
25톤 |
|
FuniCut™ BamHI ( 문의 ) |
15003ES76 |
G/GATCC |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
100 |
3 |
500톤 |
|
FuniCut™ BclI ( 문의 ) |
15004ES62 |
티/갓카 |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
100 |
3 |
125톤 |
|
FuniCut™ BsaI ( 문의 ) |
15005ES50 |
GGTCTC(1/5) |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
100 |
아니다 |
50톤 |
|
FuniCut™ BstEII ( 문의 ) |
15006ES60 |
G/GTNACC |
37 |
80 |
100 |
75 |
100 |
75 |
아니다 |
100톤 |
|
FuniCut™ ClaI ( 문의 ) |
15007ES50 |
AT/CGAT |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
100 |
4 |
50톤 |
|
FuniCut™ DpnII ( 문의 ) |
15008ES50 |
/GATC |
37 |
80 |
100 |
75 |
100 |
75 |
아니다 |
50톤 |
|
FuniCut™ EagI ( 문의 ) |
15009ES25 |
씨/GGCCG |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
100 |
2 |
25톤 |
|
FuniCut™ EcoRI ( 문의 ) |
15010ES78 |
지/AATTC |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
100 |
5 |
600톤 |
|
FuniCut™ EcoRV ( 문의 ) |
15011ES70 |
일반공개/일반공개 |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
100 |
5 |
200톤 |
|
FuniCut™ HindIII( 문의 ) |
15012ES76 |
A/AGCTT |
37 |
80 |
100 |
75 |
100 |
100 |
3 |
500톤 |
|
FuniCut™ HpaI ( 문의 ) |
15013ES50 |
GTT/AAC |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
50 |
1 |
50톤 |
|
FuniCut™ KpnI ( 문의 ) |
15015ES70 |
GGTAC/C |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
100 |
2 |
200톤 |
|
FuniCut™ MluI ( 문의 ) |
15016ES60 |
A/CGCGT |
37 |
80 |
100 |
75 |
100 |
100 |
3 |
100톤 |
|
FuniCut™ NcoI ( 문의 ) |
15018ES30 |
씨/캣GG |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
100 |
3 |
30톤 |
|
FuniCut™ NdeI ( 문의 ) |
15019ES70 |
CA/TATG |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
100 |
3 |
200톤 |
|
FuniCut™ NheI ( 문의 ) |
15020ES30 |
지/씨태그 |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
100 |
3 |
30톤 |
|
FuniCut™ NotI ( 문의 ) |
15021ES50 |
GC/GGCCGC |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
100 |
2 |
50톤 |
|
FuniCut™ PstI ( 문의 ) |
15022ES76 |
CTGCA/G |
37 |
아니요 |
100 |
100 |
100 |
100 |
2 |
500톤 |
|
FuniCut™ SacI ( 문의 ) |
15023ES60 |
GAGCT/C |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
100 |
3 |
100톤 |
|
FuniCut™ SalI ( 문의 ) |
15024ES70 |
지/TCGAC |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
100 |
3 |
200톤 |
|
FuniCut™ SbfI ( 문의 ) |
15025ES25 |
CCTGCA/GG |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
100 |
2 |
25톤 |
|
FuniCut™ SmaI ( 문의 ) |
15027ES60 |
CCC/GGG |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
100 |
1 |
100톤 |
|
FuniCut™ 게임 ( 문의 ) |
15028ES50 |
A/C태그 |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
100 |
2 |
50톤 |
|
FuniCut™ SphI ( 문의 ) |
15029ES50 |
GCATG/C |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
100 |
1 |
50톤 |
|
FuniCut™ SspI ( 문의 ) |
15030ES56 |
AAT/ATT |
37 |
80 |
100 |
50 |
100 |
100 |
2 |
60톤 |
|
FuniCut™ StuI ( 문의 ) |
15031ES60 |
AGG/CCT |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
100 |
1 |
100톤 |
|
FuniCut™ TaqI ( 문의 ) |
15032ES70 |
티/씨가 |
65 |
아니요 |
100 |
100 |
100 |
100 |
4 |
200톤 |
|
FuniCut™ XbaI ( 문의 ) |
15033ES76 |
티/C타가 |
37 |
80 |
100 |
50 |
100 |
100 |
2 |
500톤 |
|
FuniCut™ XhoI ( 문의 ) |
15034ES76 |
씨/TCGAG |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
100 |
4 |
500톤 |
|
FuniCut™ FspI ( 문의 ) |
15036ES50 |
TGC/GCA |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
100 |
3 |
50톤 |
|
FuniCut™ HinfI ( 문의 ) |
15038ES76 |
지/앤티씨 |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
50 |
2 |
500톤 |
|
FuniCut™ ApaLI ( 문의 ) |
15039ES70 |
지/티지씨에이치 |
37 |
80 |
100 |
75 |
100 |
100 |
4 |
200톤 |
|
FuniCut™ NruI ( 문의 ) |
15040ES50 |
티씨지/씨지 |
37 |
아니요 |
100 |
100 |
100 |
100 |
5 |
50톤 |
|
FuniCut™ PacI ( 문의 ) |
15041ES25 |
타타트/타아 |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
100 |
2 |
25톤 |
|
FuniCut™ PvuII ( 문의 ) |
15042ES70 |
CAG/CTG |
37 |
아니요 |
100 |
100 |
100 |
100 |
4 |
200톤 |
|
FuniCut™ SacII ( 문의 ) |
15043ES50 |
CCGC/GG |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
100 |
4 |
50톤 |
|
FuniCut™ NsiI ( 문의 ) |
15044ES25 |
ATGCA/T |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
100 |
3 |
25톤 |
|
FuniCut™ Esp3I (BsmBI) ( 문의 ) |
15048ES30 |
CGTCTC(1/5) |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
100 |
5 |
30톤 |
|
FuniCut™ BglII ( 문의 ) |
15049ES60 |
A/GATCT |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
50 |
2 |
100톤 |
|
FuniCut™ BstBI ( 문의 ) |
15050ES60 |
티티/CGAA |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
100 |
아니다 |
100톤 |
|
FuniCut™ MnlI ( 문의 ) |
15051ES50 |
보안검사(7/6) |
37 |
80 |
100 |
100 |
100 |
100 |
2 |
50톤 |
CpG: CpG 메틸화의 영향을 받음.
EK: EcoKI 메틸화의 영향을 받음.
EB: EcoBI 메틸화의 영향을 받음.
Dcm: Dcm 메틸화의 영향을 받음.
Dam: Dam 메틸화의 영향을 받음.