1、배경
rRNA는 생물체의 총 RNA에서 높은 비중을 차지하지만, 효과적인 정보를 거의 제공할 수 없습니다. 이러한 RNA는 많은 수의 무효 데이터를 생성하여 생물학적 정보를 얻는 연구에 거의 의미가 없습니다. 한편, 높은 비중을 가진 rRNA는 전사체에서 mRNA를 비교적 풍부하게 만들어 낮은 풍부도를 가진 전사체의 검출에 영향을 미칩니다. 따라서 기존 RNA 시퀀싱(RNA-SEQ)에서 rRNA를 효과적으로 제거하는 것은 RNA의 비용 효율적인 시퀀싱을 달성하는 데 필수적입니다.
2、제품 설명
（1）MaxUp 시리즈，rRNA 고갈 키트
MaxUp 시리즈 rRNA 제거 시약은 RNase H 소화를 기반으로 샘플의 총 RNA에서 리보솜 RNA(rRNA)를 제거하여 메신저 RNA(mRNA) 및 기타 비코딩 RNA를 유지합니다. 샘플 유형이 풍부하고 시작 양이 넓으며 전체 프로세스가 2시간 이내에 완료되고 수동 작업 시간은 10분 미만입니다. 동시에 기존 샘플과 품질이 낮은 샘플(예: FFPE) 모두에서 rRNA를 효율적으로 제거하여 시퀀싱 데이터의 효과적인 데이터 정보를 크게 개선하고 RNA 샘플의 비용 효율적인 시퀀싱을 실현할 수 있습니다.
（2）MaxUp 시리즈 rRNA 제거 공정
현재, RNase 제거는 rRNA 제거의 주요 방법이며, 특히 일부 RNA 분해 샘플(예: FFPE 샘플)의 경우 RNase 제거가 장점을 발휘할 수 있습니다.
그림 1. MaxUp 시리즈 rRNA 제거 원리의 개략도
3、제품 성능 표시
（1）식물시료
RNase H를 사용하여 식물의 총 RNA에서 리보솜 RNA를 소화하고 제거하였고, qPCR을 사용하여 제거 전과 후의 rRNA 유전자와 mRNA 유전자의 발현 변화를 비교하였다. 결과는 이 제품이 식물에서 rRNA를 효과적으로 제거할 수 있음을 보여주었다.
FIG. 2. 1μg 아라비도프시스 잎 RNA를 사용하여 rRNA 제거하였으며, qPCR을 이용하여 제거 전후의 rRNA 유전자 및 mRNA 유전자 발현 변화를 비교하였다.
（2）인간/쥐/마우스 샘플
RNase H는 식물의 총 RNA에서 리보솜 RNA를 소화하고 제거하고, 라이브러리를 구축하고 시퀀싱을 보내는 데 사용되었습니다. 데이터 분석 결과 이 제품은 이러한 샘플에서 rRNA를 효율적으로 제거할 수 있음을 보여주었습니다.
그림 3. 인간, 마우스, 랫드의 총 RNA 1μg을 시료로 채취하여 rRNA 제거 후 시퀀싱을 통해 rRNA 잔류물을 분석
（3）저품질 RNA 샘플 (예: FFPE RNA)
저품질 샘플은 ITS/ETS 시퀀스의 비중이 큰 경향이 있습니다(다음 그림에서 FFPE RNA: DV200=20% 참조). 이 시퀀스 부분은 또한 많은 수의 무효 데이터를 생성하므로 저품질 샘플에 ITS/ETS 프로브를 추가하면 대상 시퀀스를 더욱 효과적으로 풍부하게 할 수 있습니다. 기존 45S Pre-rRNA용 프로브 외에도 이 제품에는 Human 45S ITS/ETS 영역용 프로브 디자인도 추가되어 기존 샘플의 rRNA 제거 효과에 영향을 미치지 않으면서 저품질 샘플에서 rRNA를 더 효율적으로 제거할 수 있습니다.
그림 4. ITS/ETS 프로브를 첨가하기 전과 후의 rRNA 잔류물과 ITS/ETS 잔류물 비교
4、주문 정보
|
유형 |
제품 이름 |
제품 코드 |
제품 사양 |
|
rRNA 제거 키트 |
12257ES08/24/96 |
1996년 8월 24일 |
|
|
12254ES08/24/96 |
8/24T/96T |