Agarose ist ein gereinigtes lineares, hydrophiles Galactan-Kolloid, das aus Agar oder agarhaltigen Meeresalgen gewonnen wird. Strukturell handelt es sich um ein lineares Polymer, das aus β-D-Galactopyranosyl (1-4) besteht, das an 3,6-Anhydro-α-L-Galactopyranosylreste gebunden ist. Als Gelreagenz wird es häufig für routinemäßige Nukleinsäureanalysen durch Gelelektrophorese oder Blotting-Methoden (wie Northern oder Southern) verwendet und eignet sich auch für Proteinanwendungen wie Radialimmundiffusionsexperimente (RID).
Die Agarose-Gelelektrophorese ist eine elektrophoretische Methode, die Agarose als Trägermedium verwendet und Gelherstellung, Probenbeladung und Elektrophorese umfasst. Der Hauptunterschied im Analyseprinzip zur Elektrophorese anderer Trägermaterialien besteht darin, dass es eine Doppelrolle als „Molekularsieb“ und „Elektrophorese“ hat. Wenn das Gel in ein elektrisches Feld gelegt wird, wandern geladene Nukleinsäuren durch die Gelporen zum Pluspol. Nach der Elektrophorese unter verschiedenen Bedingungen für eine angemessene Zeit befinden sich Nukleinsäurefragmente unterschiedlicher Größe und Konformation an verschiedenen Stellen im Gel, wodurch eine Trennung erreicht wird.

Abb. 1 Schritte zum Ausführen eines Nukleinsäureelektrophorese-Experiments

Abb. 2 Diagramm der Migrationsrichtung bei der Elektrophorese

Wie wählt man die richtige Agarose aus?

Beurteilen Sie auf Grundlage der grundlegenden Parameter der Agarose:

Sulfatgehalt – ein Indikator für die Reinheit;
Gelstärke – die äußere Kraft, die zum Aufbrechen des Gels erforderlich ist;
Gelpunkt – die Temperatur, bei der eine wasserlösliche Agaroselösung beim Abkühlen ein Gel bildet;
Elektroendosmose (EEO) – eine Art elektrokinetischer Bewegung, bei der Flüssigkeiten das Gel durchdringen. Die anionischen Gruppen im Agarosegel adsorbieren an der Matrix und wandern nicht, aber die dissoziierten Kationen wandern zum Minuspol und erzeugen so Elektroosmose. Da die elektrophoretische Wanderung von Proben normalerweise zum Pluspol verläuft, kann die durch EEO verursachte interne Konvektion die Trennleistung beeinträchtigen. Basierend auf den grundlegenden Parametern von Agarose sollte ein hochwertiges Agarosegel klare Poren haben, weniger bruchanfällig sein und Eigenschaften wie hohe Reinheit (niedriger Sulfatgehalt), hohe Gelfestigkeit, relativ hohen Gelpunkt (schnelle Verfestigung bei Raumtemperatur) und niedrige EEO aufweisen.

Beurteilen Sie anhand des Trennbereichs der Agarose:

Agarosegele haben einen großen Trennbereich und werden häufig zur DNA-Gelrückgewinnung, DNA-Trennung und zur Bestätigung verwendet, ob DNA rekombiniert ist und ob Plasmide und dergleichen aufgeschnitten sind. Unterschiedliche Größen von Zielfragmenten entsprechen unterschiedlichen Agarosekonzentrationen. Gemäß dem Prinzip, dass eine hohe Konzentration zum Trennen kleiner Fragmente geeignet ist, können Sie anhand der folgenden Tabelle die optimale Gelkonzentration finden, die Ihren Anforderungen entspricht.

Agarose-Konzentration (%)	≥3	2-3	1-2	0,7-1	≤0.7
DNA-Fragmentgröße (bp)	≤200	200-700	700-1500	1500-5000	≥5000

JASEN Hochwertige Agarose – deckt eine Vielzahl von Anwendungsszenarien ab und erfüllt Ihre Anforderungen

Produktname	Produktnummer	Produktspezifikation	Anwendungsszenario
Agarose	10208ES60/76	100 g / 500 g	Routinemäßige Nukleinsäureelektrophorese

Produktvorteile

Geringe Elektroendosmose (EEO ≤ 0,13) führt zu ausgezeichneter Bandtrennung, klarer Unterscheidung und schnellerer Migration.

Abb.3 Elektrophorese-Diagramm von Gelen mit unterschiedlichen Konzentrationen

Hinweis: 0,75% Agarosegel beladen mit 1 kb-Leiter; 1% Agarosegel beladen mit 100 bp Leiter, 1 kb-Leiter, 2000 DNA-Marker, 5000 DNA-Marker; 2 % Agarosegel beladen mit 100 bp-Leiter, 2000 DNA-Markern, 5000 DNA-Markern. Probenvolumen: Marker unverdünnte Flüssigkeit 2 μL 5-fach verdünnt und dann mit 10 μL beladen. Elektrophoreseprogramme für 0,75%, 1% und 2% Agarosegele sind: 115 V für 45 min; 130 V für 40 min; 130 V für 50 Min.

Die Gelporen sind klar und gerade, mit hoher Gelfestigkeit und weniger anfällig für Brüche.

Hinweis: Bei der Abbildung handelt es sich um eine Produktdarstellung von YEASEN Agarose (Kat.-Nr. 10208ES60).

Verwendungsmethode für hochwertige Agarose

Die Konzentration des Agarosegels wird üblicherweise zwischen 0,7 % und 2 % gewählt. Je höher die Konzentration, desto kleiner die molekulare Porengröße des Gels, desto langsamer die DNA-Migrationsrate und desto höher die Auflösung. Umgekehrt gilt: Je niedriger die Konzentration, desto schneller die DNA-Migrationsrate und desto niedriger die Auflösung. Wählen Sie die geeignete Gelkonzentration und den kompatiblen Elektrophoresepuffer je nach Versuchszweck.

Agarose-Konzentration	Effektiver Trennungsbereich (bp)	Empfohlener Puffer
0,5 %	2.000-50.000	1×TAE
0,8 %	800-10.000	1×TAE
1,0 %	400-8.000	1×TAE
1,2 %	300-7.000	1×TAE
1,5 %	200-3.000	1×TAE/0,5×TBE
2.0 %	100-2.000	1×TAE/0,5×TBE
3,0 %	25-1.000	0,5 × TBE

TAE-Puffer: TAE-Puffer enthält Essigsäure, EDTA und Tris und eignet sich für eine schnelle Elektrophorese und Trennung großer DNA-Fragmente. Die Anwesenheit von Essigsäure senkt den pH-Wert des Gels und trägt so zur Beschleunigung der Elektrophoresegeschwindigkeit bei.

TBE-Puffer:TBE-Puffer enthält Borsäure, EDTA und Tris und hat eine höhere Ionenstärke, die für die hochauflösende Trennung kleiner DNA-Fragmente geeignet ist. Die Anwesenheit von Borat-Ionen erhöht die Stabilität des Gels und trägt zu einer besseren Trennleistung bei. Daher sollte bei hoher Gelkonzentration TBE-Puffer verwendet werden, um die Trennung der Bänder zu erleichtern.

Veröffentlichte Literatur (teilweise)

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Produktpositionierung	Produktname	Produktnummer	Produktspezifikation	Anwendungsszenario
Nukleinsäurefärbungen	YeaRed Nukleinsäure-Gelfärbung (10.000-fach in Wasser)	10202ES76	500 μl	Wasserlöslich, mit den gleichen spektralen Eigenschaften wie EB, nachgewiesen unter 300 nm UV-Lichtanregung.
DNA-Marker	GoldBand DL2000 DNA-Marker	10501ES60/80	100 T/10×100 T	100-2000 bp
	GoldBand DL5000 DNA-Marker	10504ES60/80	100 T/10×100 T	100-5000 bp
	GoldBand 100bp DNA-Leiter	10507ES60/80	100 T/10×100 T	100–1.500 Basispunkte
	GoldBand 1 kb DNA-Leiter	10510ES60/80	100 T/10×100 T	250–12.000 bp

Yeasen -Agarose - direkt an Elektrophorese -Schmerzpunkten adressieren, ein gutes Gel laufen