Die gesamte Transkriptomforschung
Gesamttranskriptomsequenzierung - Erforschung der gezielten Regulation und Interaktionsbeziehungen zwischen nicht-kodierender RNA und mRNA
Bei der Hochdurchsatzsequenzierung des gesamten Transkriptoms werden die Methode zur Konstruktion ribosomverarmter strangspezifischer Bibliotheken und die Methode zur Konstruktion von Screening-Bibliotheken mit Anreicherung kleiner Fragmente verwendet. Dadurch können die Bibliothekskonstruktion, Sequenzierung, Informationsanalyse, gemeinsame Analyse und ceRNA usw. von codierender RNA und nichtcodierender RNA erreicht werden. auf diese Weise kann es erhalten die gesamten RNA-Transkriptdateninformationen zu bestimmten biologischen Prozessen (wie Entwicklung, Krankheit usw.) schnell, umfassend und genau. Durch Datenanalyse kann die Forschung zu biologischen Regulierungsmechanismen auf ein dreidimensionales Modell ausgeweitet werden, das „Netzwerk und mehrere Ebenen“ kombiniert, was hilfreich ist, um biologische Phänomene umfassend zu interpretieren.
Es gibt zwei Möglichkeiten zur Sequenzierung des gesamten Transkriptoms, eine ist LncRNA-Seq + Small RNA und die andere ist LncRNA-Seq + Small RNA + CircRNA, mit der umfassendere Informationen über CircRNA gewonnen werden können.
1. Gesamttranskriptomsequenzierung mit zwei Bibliotheken: LncRNA-Seq + Small RNA
2.Gesamttranskriptomsequenzierung mit drei Bibliotheken: LncRNA-Seq + Small RNA + CircRNA
Gesamte Transkriptom-Rohstofflösung
| Einstufung | Tierkategorie | Pflanzenkategorie | Bakterien- und Pilzkategorie | |||
| Probentyp | Tierisches Gewebe/Zelle | Zelle | Vollblut | Pflanzengewebe | Pilzgewebe | Kultivierte Bakterien und Pilze |
| RNA-Extraktion | Magnetkügelchenmethode: 18605/18607/18606; Säulenmethode: 19221/19211; Trizol-Methode: 10606/19202 | Magnetperlenmethode: 18600/18604; Säulenmethode: 19231 | Säulenmethode: 19241; Trizol-Methode: 19201 | Magnetkügelchen-Methode: 18534/18535/18537; Säulenmethode: 19291ES/19292ES | Magnetkügelchen-Methode: 18534/18535/18537; Säulenmethode: 19291ES/19292ES | Säulenmethode: 19301 (Pilze müssen Lysozym hinzufügen 10403) |
| miRNA-Extraktion | Spaltenmethode: 19331 | Spaltenmethode: 19331 | Spaltenmethode: 19332 | Spaltenmethode: 19331 | — | — |
| Aufbau einer miRNA-Bibliothek | Zu erwarten | |||||
| rRNA-Entfernung | RNase H enzymatische Entfernung: 12257; schnelle Entfernung in 3 Minuten: 12258 (Entfernung aus menschlicher Quelle); Entfernung mit der Methode der magnetischen Perlen: 12266 (Universaltyp Säugetier)/12267 Universaltyp Vogel/12268 Haushuhn/12269 Zebrafisch/12270 Drosophila/12275 Auster/12278 Planarie/12285 Biene/12286 Goldradnetzspinne/12289 Zecke/12290 Aedes albopictus/12287 Fadenwurm | RNase H enzymatische Entfernung: 12257; 3-Minuten-Schnellentfernung: 12258 (menschliche Entfernung, geeignet für Krankheitserreger) | RNase H-enzymatische Entfernung, einschließlich Globinentfernung: 12257 + 12806; RNase H enzymatische Entfernung von Globin: 13572; 3-minütige schnelle Entfernung: 12258 + 12260 | RNase H enzymatische Entfernung: 12254; Entfernung mit Magnetkügelchen: 12262 Angiospermen | Magnetperlen-Methode zur Entfernung: 12271 Pilz-Universaltyp | Entfernung mittels Magnetkügelchen: 12264 bakterieller Universaltyp/12265 prokaryotischer Universaltyp |
| Bibliotheksbau | Bausatz zum Aufbau einer nicht vorgemischten RNA-Bibliothek: 12308 Dual-Mode-Bausatz zum Aufbau einer RNA-Bibliothek (kompatibel mit Illumina und MGI); Vorgemischtes RNA-Bibliotheksbauset: 12310 Dual-Mode-RNA-Bibliotheksbauset (kompatibel mit Illumina und MGI)/12340 (ohne Actinomycin D, dUTP)/12341 (ohne Actinomycin D, dTTP) | |||||
LncRNA-Forschung
Lange nicht-kodierende RNA (LncRNA) ist eine Art nicht-kodierender RNA mit einzigartiger regulatorischer Funktion, die in den letzten Jahren große Aufmerksamkeit erregt hat. Die Länge von LncRNA beträgt mehr als 200nt, sie kodiert keine Proteine und ihre Konservierung zwischen den Arten ist schlecht.Einige seiner Sequenzstrukturen ähneln denen von mRNA (enthalten PolyA-Schwanz und alternatives Spleißen), während andere diese Eigenschaften nicht aufweisen. Derzeit sind die Entstehung und der Funktionsmechanismus von LncRNA jedoch noch nicht vollständig verstanden. Es wurden viele LncRNAs mit wichtigen biologischen Funktionen (wie etwa Krebsentstehung, Stilllegung des X-Chromosomen und Bildung komplexer regulatorischer Netzwerke mit anderen regulatorischen Faktoren) entdeckt.
Technischer Ablauf der LncRNA-Sequenzierung
LncRNA-Sequenzierungs-Rohmateriallösung
| Einstufung | Tierkategorie | Anlage Kategorie | Bakterien- und Pilzkategorie | |||
| Probentyp | Tierisches Gewebe/Zelle | Zelle | Vollblut | Pflanzengewebe | Pilzgewebe | Kultivierte Bakterien und Pilze |
| RNA-Extraktion | Magnetkügelchen-Methode: 18605/18607/18606; Säulenmethode: 19221/19211; Trizol-Methode: 10606/19202 | Magnetperlenmethode: 18600/18604; Säulenmethode: 19231 | Säulenmethode: 19241; Trizol-Methode: 19201 | Magnetkügelchen-Methode: 18534/18535/18537; Säulenmethode: 19291ES/19292ES | Magnetkügelchen-Methode: 18534/18535/18537; Säulenmethode: 19291ES/19292ES | Säulenmethode: 19301 (Pilze müssen Lywallzym 10403 hinzufügen) |
| rRNA-Entfernung | RNase H enzymatische Entfernung: 12257; Schnelle Entfernung in 3 Minuten: 12258 (Entfernung aus menschlicher Quelle); Entfernung mit Magnetkügelchen: 12266 (Universaltyp Säugetier)/12267 Universaltyp Vogel/12268 Haushuhn/12269 Zebrafisch/12270 Drosophila/12275 Auster/12278 Planarie/12285 Biene/12286 Goldradnetzspinne/12289 Zecke/12290 Aedes albopictus/12287 Fadenwurm | RNase H enzymatische Entfernung: 12257; 3-Minuten-Schnellentfernung: 12258 (menschliche Entfernung, geeignet für Krankheitserreger) | RNase H enzymatische Entfernung, einschließlich Globinentfernung: 12257 + 12806; RNase H enzymatische Entfernung von Globin: 13572; 3-minütige schnelle Entfernung: 12258 + 12260 | RNase H enzymatische Entfernung: 12254; Entfernung mit Magnetkügelchen: 12262 Angiospermen | Magnetperlen-Methode zur Entfernung: 12271 Pilz-Universaltyp | Entfernung mittels Magnetkügelchen: 12264 bakterieller Universaltyp/12265 prokaryotischer Universaltyp |
| Bibliotheksbau | Bausatz zum Aufbau einer nicht vorgemischten RNA-Bibliothek: 12308 Dual-Mode-Bausatz zum Aufbau einer RNA-Bibliothek (kompatibel mit Illumina und MGI); Vorgemischtes RNA-Bibliothekskonstruktionskit: 12310 Dual-Mode-RNA-Bibliothekskonstruktionskit (kompatibel mit Illumina und MGI)/12340 (ohne Actinomycin D, dUTP) | |||||
Eukaryotische Transkriptomforschung
In der eukaryotischen Transkriptomforschung wird die RNA-Sequenztechnologie verwendet, um die gesamte mRNA zu erhalten, die von bestimmten Zellen in einem bestimmten Funktionszustand transkribiert werden kann.Anschließend werden die heruntergeladenen Rohdaten zusammengefügt und zusammengesetzt, der Genexpressionslevel berechnet und eine Differenzialanalyse sowie eine Funktionsanreicherungsanalyse durchgeführt. Dadurch können nicht nur die meisten Geninformationen der Spezies gewonnen, sondern auch die Unterschiede in der Genexpression und die Veränderungen der Funktionspfade auf allgemeiner Ebene untersucht und die molekularen Mechanismen bestimmter biologischer Prozesse aufgedeckt werden.
Technischer Ablauf der eukaryotischen Transkriptomsequenzierung
Rohstofflösung für die Sequenzierung eukaryotischer Transkriptome
| Einstufung | Tierkategorie | Pflanzenkategorie | Pilzkategorie | |||
| Probentyp | Tierisches Gewebe/Zelle | Zelle | Vollblut | Pflanzengewebe | Pilzgewebe | Kultivierte Pilze |
| RNA-Extraktion | Magnetkügelchen-Methode: 18605/18607/18606; Säulenmethode: 19221/19211; Trizol-Methode: 10606/19202 | Magnetperlenmethode: 18600/18604; Säulenmethode: 19231 | Säulenmethode: 19241; Trizol-Methode: 19201 | Magnetkügelchen-Methode: 18534/18535/18537; Säulenmethode: 19291ES/19292ES | Magnetkügelchen-Methode: 18534/18535/18537; Säulenmethode: 19291ES/19292ES | Säulenmethode: 19301 (Lysozym 10403 hinzufügen) |
| mRNA-Erfassung | 12629 mRNA-Isolierungs-Masterkit | 12629 mRNA-Isolierungs-Masterkit | 12629 mRNA-Isolierungs-Masterkit | 12629 mRNA-Isolierungs-Masterkit | 12629 mRNA-Isolierungs-Masterkit | 12629 mRNA-Isolierungs-Masterkit |
| Bibliotheksbau | Nicht vorgemischtes RNA-Bibliothekskit: 12308 Dual-Mode RNA Library Kit (Illumina- und MGI-kompatibel) Nicht vorgemischtes RNA-Bibliothekskit mit mRNA-Erfassung: 12309 Dual-Mode RNA Library Kit (Illumina- und MGI-kompatibel) Vorgemischtes RNA-Bibliothekskit: 12310 Dual-Mode RNA Library Kit (Illumina- und MGI-kompatibel)/12340 (ohne Actinomycin D, dUTP) | |||||
circRNA Forschung
[circRNA-Sequenzierung – Erforschung der Auswirkungen der differenziellen Expression von circRNA auf biologische Prozesse]
Zirkuläre RNA (circRNA) ist eine spezielle Art der Analyse nicht-kodierender RNA. Die Sequenzierung erfolgt mithilfe einer Sequenzierungsplattform, um eine genaue circRNA-Identifizierung und Analyse der Quellgene für Proben mit einem Referenzgenom durchzuführen. Die circRNA-Sequenzierung wird in der medizinischen und landwirtschaftlichen Forschung immer häufiger eingesetzt. Basierend auf Hochdurchsatzsequenzierung und unter Verwendung gängiger Datenbanken und circRNA-Identifizierungssoftware werden die circRNA-Informationen der Projektspezies analysiert, um die wichtigen Funktionen von circRNA bei der Transkriptionsregulierung eingehend zu erforschen.
circRNA-Forschungsrohstofflösung
| Einstufung | Tierkategorie | Pflanzenkategorie | Bakterien- und Pilzkategorie | |||
| Probentyp | Tierisches Gewebe/Zelle | Zelle | Vollblut | Pflanzengewebe | Pilzgewebe | Kultivierte Bakterien und Pilze |
| RNA-Extraktion | Magnetkügelchen-Methode: 18605/18607/18606; Säulenmethode: 19221/19211; Trizol-Methode: 10606/19202 | Magnetperlenmethode: 18600/18604; Säulenmethode: 19231 | Säulenmethode: 19241; Trizol-Methode: 19201 | Magnetkügelchen-Methode: 18534/18535/18537; Säulenmethode: 19291ES/19292ES | Magnetkügelchen-Methode: 18534/18535/18537; Säulenmethode: 19291ES/19292ES | Säulenmethode: 19301 (Pilze müssen Lysozym 10403 hinzufügen) |
| rRNA-Entfernung | RNase H enzymatische Entfernung: 12257; schnelle Entfernung in 3 Minuten: 12258 (Entfernung aus menschlicher Quelle); Entfernung mit der Methode der magnetischen Perlen: 12266 (Universaltyp Säugetier)/12267 Universaltyp Vogel/12268 Haushuhn/12269 Zebrafisch/12270 Drosophila/12275 Auster/12278 Planarie/12285 Biene/12286 Goldradnetzspinne/12289 Zecke/12290 Aedes albopictus/12287 Fadenwurm | RNase H enzymatische Entfernung: 12257; 3-Minuten-Schnellentfernung: 12258 (menschliche Entfernung, geeignet für Krankheitserreger) | RNase H enzymatische Entfernung, einschließlich Globinentfernung: 12257 + 12806; RNase H enzymatische Entfernung von Globin: 13572; 3-minütige schnelle Entfernung: 12258 + 12260 | RNase H enzymatische Entfernung: 12254; Entfernung mit Magnetkügelchen: 12262 Angiospermen | Magnetperlen-Methode zur Entfernung: 12271 Pilz-Universaltyp | Entfernung mittels Magnetkügelchen: 12264 bakterieller Universaltyp/12265 prokaryotischer Universaltyp |
| Lineare RNA-Verdauung | 14606 RNase R zur Entfernung linearer RNA-Moleküle | 14606 RNase R zur Entfernung linearer RNA-Moleküle | 14606 RNase R zur Entfernung linearer RNA-Moleküle | 14606 RNase R zur Entfernung linearer RNA-Moleküle | 14606 RNase R zur Entfernung linearer RNA-Moleküle | 14606 RNase R zur Entfernung linearer RNA-Moleküle |
| Bibliotheksbau | Bausatz zum Aufbau einer nicht vorgemischten RNA-Bibliothek: 12308 Dual-Mode-Bausatz zum Aufbau einer RNA-Bibliothek (kompatibel mit Illumina und MGI); Vorgemischtes RNA-Bibliothekskonstruktionskit: 12310 Dual-Mode-RNA-Bibliothekskonstruktionskit (kompatibel mit Illumina und MGI)/12340 (ohne Actinomycin D, dUTP) | |||||
Metatranskriptom
Metatranskriptom - Erfassung der dynamischen Veränderungen aktiver Mikroorganismen im mikroökologischen Mikromilieu
Metatranskriptomsequenzierung: untersucht die Transkriptions- und Regulierungsregeln aller Genome in einer bestimmten Umgebung auf Gesamtebene.Dabei wird die gesamte RNA in der mikroökologischen Mikroumgebung als Forschungsobjekt betrachtet und Hochdurchsatzsequenzierung kombiniert, um die Veränderungen komplexer mikrobieller Gemeinschaften auf der Transkriptionsebene zu untersuchen und die aktiven Gene zu ermitteln, die eine Rolle spielen.
Rohstofflösung für die Metatranskriptomforschung
| Probentyp | Kultivierte Bakterien und Pilze | Klinische Proben |
| RNA-Extraktion | Säulenmethode: 19301 (Pilze müssen Lywallzym 10403 hinzufügen) | Säulenmethode: 19321 (Extraktion viraler DNA/RNA); Magnetkügelchenmethode: 18521 (Extraktion viraler DNA/RNA); 18306 (Extraktion pathogener DNA/RNA) |
| rRNA-Entfernung | Schnelle Entfernung in 3 Minuten: 12258 (Entfernung durch menschliche Quelle) | Schnelle Entfernung in 3 Minuten: 12258 (Entfernung durch menschliche Quelle) |
| Bibliotheksbau | Option 1. Aufbau einer gesamten RNA-Bibliothek: 12308ES Dual-Mode-RNA-Bibliotheksbausatz (kompatibel mit Illumina und MGI); Option 2. Aufbau einer cDNA-Enzymverdauungsbibliothek: 13488ES cDNA-Synthesemodul + 12316ES schneller enzymatischer Verdauungsbibliotheksbausatz | Option 1. Aufbau einer vollständigen RNA-Bibliothek: 12308ES Dual-Mode-RNA-Bibliotheksaufbaukit (kompatibel mit Illumina und MGI); Option 2.Aufbau einer cDNA-Bibliothek durch enzymatische Verdauung: 13488ES cDNA-Synthesemodul + 12316ES Bausatz für eine schnelle Bibliothek durch enzymatische Verdauung |
Produktempfehlung
| Produktname | Katalognummer | Spezifikation |
| Hieff NGS TM EvoMax RNA-Bibliothek-Vorbereitungskit (dUTP) | 12340ES24/96 | 24 Z/ 96 Z |
| Hieff NGSTM EvoMax RNA-Bibliothek-Vorbereitungskit (dNTP) | 12341ES24/96 | 24 Z/ 96 Z |
| Hieff NGSTM Ultima Dual-Mode RNA Library Prep Kit (Illumina und MGI) | 12308ES24/96 | 24 Z/ 96 Z |
| Hieff NGSTM Ultima Dual-Mode RNA Library Prep Kit (vorgemischte Version) | 12310ES24/96 | 24 Z/ 96 Z |
| Hieff NGSTM mRNA-Isolierungs-Masterkit V2 | 12629ES24/96 | 24 Z/ 96 Z |
| Hieff NGSTM MaxUp Human rRNA Depletion Kit (rRNA und ITS/ETS) | 12257ES24/96 | 24 Z/ 96 Z |
| Hieff NGSTM MaxUp rRNA-Depletion-Kit (Pflanze) | 12254ES24/96 | 24 Z/ 96 Z |
| Hieff NGSTM One-Step-rRNA-Entfernungskit (Mensch, 100–1.000 ng) | 12258ES24/96 | 24 Z/ 96 Z |
| Hieff NGSTM MagSP rRNA-Entfernungskit (Bakterien (G- und G+)) mit Reinigungsperlen | 12264ES24/96 | 24 Z/ 96 Z |