1. Hintergrund
rRNA macht einen großen Anteil der Gesamt-RNA in Organismen aus, kann aber nur wenig wirksame Informationen liefern. Diese RNAs erzeugen eine große Anzahl ungültiger Daten, was für die Erforschung biologischer Informationen von geringer Bedeutung ist. Gleichzeitig führt ein hoher rRNA-Anteil dazu, dass mRNA in Transkripten relativ selten vorkommt, was die Erkennung von Transkripten mit geringer Häufigkeit beeinträchtigt. Daher ist bei der herkömmlichen RNA-Sequenzierung (RNA-SEQ) die wirksame Entfernung von rRNA unerlässlich, um eine kostengünstige RNA-Sequenzierung zu erreichen.
2. Produktbeschreibung
(1) MaxUp-Serie, rRNA-Depletionskit
Die MaxUp-Reihe von rRNA-Entfernungsreagenzien basiert auf RNase H-Verdauung, um ribosomale RNA (rRNA) aus der Gesamt-RNA einer Probe zu entfernen und Messenger-RNA (mRNA) und andere nicht-kodierende RNAs beizubehalten. Die Probentypen sind reichhaltig, die Ausgangsmenge groß, der gesamte Vorgang dauert weniger als 2 Stunden und die manuelle Betriebszeit beträgt weniger als 10 Minuten. Gleichzeitig kann rRNA sowohl aus herkömmlichen Proben als auch aus Proben geringer Qualität (wie FFPE) effizient entfernt werden, wodurch die effektiven Dateninformationen in Sequenzierungsdaten erheblich verbessert und eine kostengünstige Sequenzierung von RNA-Proben realisiert wird.
（2） rRNA-Entfernungsprozesse der MaxUp-Serie
Derzeit ist die RNase-Eliminierung die Hauptmethode zur Entfernung von rRNA. Insbesondere bei einigen RNA-Abbauproben (z. B. FFPE-Proben) kann die RNase-Eliminierung Vorteile bieten.
Abbildung 1. Schematische Darstellung des rRNA-Entfernungsprinzips der MaxUp-Serie
3. Produktleistungsanzeige
（1）Pflanzenproben
RNase H wurde verwendet, um ribosomale RNA aus der Gesamt-RNA von Pflanzen zu verdauen und zu entfernen, und qPCR wurde verwendet, um die Expressionsänderungen des rRNA-Gens und des mRNA-Gens vor und nach der Entfernung zu vergleichen. Die Ergebnisse zeigten, dass dieses Produkt rRNA effektiv aus Pflanzen entfernen konnte.
Abb. 2. 1 μg Arabidopsis-Blatt-RNA wurde zur rRNA-Entfernung verwendet, und qPCR wurde verwendet, um die Expressionsänderungen des rRNA-Gens und des mRNA-Gens vor und nach der Entfernung zu vergleichen.
（2）Mensch/Ratte/Maus Probe
RNase H wurde verwendet, um ribosomale RNA aus der Gesamt-RNA von Pflanzen zu verdauen und zu entfernen, eine Bibliothek aufzubauen und Sequenzierung zu senden. Die Datenanalyse zeigte, dass dieses Produkt rRNA effizient aus solchen Proben entfernen konnte.
Abbildung 3. 1 μg Gesamt-RNA von Mensch, Maus und Ratte wurde als Probe entnommen und die rRNA-Reste wurden nach der rRNA-Entfernung durch Sequenzierung analysiert.
（3）RNA-Proben von geringer Qualität (z. B. FFPE-RNA)
Proben von geringer Qualität weisen in der Regel einen großen Anteil an ITS/ETS-Sequenzen auf (siehe FFPE-RNA: DV200 = 20 % in der folgenden Abbildung), und dieser Teil der Sequenzen erzeugt auch eine große Anzahl ungültiger Daten. Durch Hinzufügen von ITS/ETS-Sonden in Proben von geringer Qualität können die Zielsequenzen daher noch effektiver angereichert werden. Zusätzlich zur Sonde für die herkömmliche 45S-Prä-rRNA wurde diesem Produkt auch das Sondendesign für die menschliche 45S-ITS/ETS-Region hinzugefügt, wodurch sichergestellt wird, dass die rRNA-Entfernung in Proben von geringer Qualität effizienter erfolgen kann, ohne den rRNA-Entfernungseffekt in herkömmlichen Proben zu beeinträchtigen.
Abbildung 4.Vergleich von rRNA-Resten und ITS/ETS-Resten vor und nach der Zugabe von ITS/ETS-Sonden
4. Bestellinformationen
| TTyp | PProduktname | Produktcode | Produktdetails |
| rRNA-Entfernung Bausatz | Hieff NGSTM MaxUp Human rRNA Depletion Kit (rRNA und ITS/ETS) | 12257ES08/24/96 | 24.8.96T |
| 12254ES08/24/96 | 8/24Z/96Z |