Las perlas magnéticas son uno de los productos necesarios en la construcción de bibliotecas de secuenciación de alto rendimiento. Pueden purificar ADN o ARN, analizar fragmentos de ADN del tamaño de un objetivo y enriquecer los ácidos nucleicos objetivo. Con el desarrollo de la tecnología de secuenciación, han surgido perlas magnéticas especializadas en diferentes campos de aplicación, incluidas las perlas magnéticas de purificación de ADN, las perlas magnéticas de selección de tamaño de ADN, las perlas magnéticas de purificación de ARN y las perlas magnéticas de enriquecimiento de ARNm. ¿Cuáles son los principios de las distintas perlas magnéticas? ¿Cómo elegirlas?

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1. Perlas de ADN
2. Introducción a las perlas de ADN en forma de estrella
3. Perlas de purificación de ARN
4. Perlas magnéticas enriquecidas con ARNm
5. Recomendación de productos de perlas magnéticas Yeasen

1. ADN Rosario

1.1 Principios básicos

Figura 1. Estructura de perlas magnéticas de carboxilo

Figura 2. Principio de las perlas magnéticas de purificación de ADN

1.2 Proceso de operación

Figura 3. Pasos de purificación del ADN

Figura 4. Pasos para la selección del tamaño del ADN

1.3 Consejos para utilizar perlas magnéticas

Rendimiento mejorado y selección precisa del tamaño.

(1) Mezclar bien antes de usar y equilibrar. las perlas magnéticas a temperatura ambiente durante al menos 30 minutos.

——La solubilidad del PEG en las perlas magnéticas El tampón se ve fácilmente afectado por el pH y la temperatura.Antes de usar, es necesario equilibrar a temperatura ambiente para hacer Las perlas magnéticas se suspendieron uniformemente y el PEG se disolvió por completo para evitar afectar los efectos de adsorción y separación.

(2) El tiempo de adsorción debe ser suficiente y estar completamente mezclado. para hacer adecuada la adsorción;

(3) Lavado con etanol al 80% durante la purificación o separación;

——Con etanol al 80 %, el ácido nucleico se deshidrata y se concentra, y no se disuelve. Las enzimas residuales, los tampones, las impurezas, etc. del sistema se limpian con etanol para obtener un ácido más puro. biblioteca.

(4) Durante la selección del tamaño, confirme el volumen de la muestra para asegurarse de que la proporción de adición de perlas magnéticas sea correcta;

——Durante la selección del tamaño, es necesario ingresar con precisión el volumen correspondiente de perlas magnéticas, para que la proporción sea precisa, porque el cambio de concentración de PEG y de iones de sal en el tampón puede afectar los resultados.

(5) Antes del paso de elución, deje que el alcohol se volatilice completamente, pero evitar que las cuentas secado excesivo

——En general, se puede secar en 2 a 3 minutos. Cuando la cantidad de perlas magnéticas es grande y es difícil secarlas, Se recomienda operar en múltiples tubos de centrífuga.

(6) Si las perlas magnéticas están aglomeradas o en losas, el tiempo de elución se puede ampliar después de mezclar completamente;

——Puede ser causado por impurezas en el ADN o El tiempo de secado es demasiado largo. Generalmente, cuando hay muchas impurezas en el ADN, se recomienda purificarlo primero. antes Selección de tamaño.

2. Introducción a las perlas de ADN en forma de estrella

2.1 Introducción del rendimiento de purificación

• Sistema de amortiguación único: fragmentos de ADN hasta Se pueden recuperar 50 pb.
• Alta tasa de recuperación: ≥90%.
• Elimina eficazmente las impurezas: elimina eficazmente impurezas como dímeros de cebadores, dNTP, sales inorgánicas y proteínas.
• Amplio rango de aplicación: adecuado para la purificación de ADN en escenarios como digestión enzimática, ligadura, clonación y creación de bibliotecas NGS.

Tabla 1. Purificación de ADN y eficiencia de recuperación de perlas magnéticas con diferentes proporciones

Figura 5. Efecto purificador de los resultados de la electroforesis en gel de agarosa con perlas magnéticas

M：Escalera de ADN de 1 kb;

2.2 Rendimiento de selección de tamaño

• Fácil a Funcionamiento: el principio de separación y el funcionamiento experimental son completamente consistentes con las perlas magnéticas XP.
• Selección precisa del tamaño: el tamaño de los fragmentos clasificados es preciso y estable.
• Amplia aplicabilidad: adecuado para edificio Bibliotecas de ADN y ARN y adaptación Para la selección del tamaño de fragmentos de varios tipos de muestras
• Rendimiento de costo ultra alto: calidad estable, precio más económico, servicio de preventa y posventa más considerado

Figura 6. Resultados de la selección del tamaño del ADN

3. Perlas de purificación de ARN

• Alta calidad: Materias primas importadas, calidad altamente estable.
• Sistema de tampón optimizado: garantiza la pureza e integridad del ARN y previene eficazmente la degradación del ARN.
• Alta eficiencia: Recuperación eficiente, adecuada para la construcción de bibliotecas de ARN o in vitro. recuperación de productos de transcripción, etc.

Figura 7. Electroforetograma de diferentes muestras después de la purificación.

4. Perlas magnéticas enriquecidas con ARNm

4.1 Principio del aislamiento del ARNm

Figura 8.Principio de enriquecimiento y purificación de perlas magnéticas de ARNm

4.2 Rendimiento de las perlas de aislamiento de ARNm

• Alta eficiencia: la purificación del ARNm se puede completar en 45 minutos.
• Alta pureza: Las perlas magnéticas de oligo (dT) se unen específicamente al ARNm
• Confiable: El ARNm obtenido es adecuado para NGS, in vitro. Traducción, RT-PCR y síntesis de ADNc

Figura 9. Kit de aislamiento de ARNm para purificación de ARNm a partir de diferentes muestras de ARN

Nota: el rendimiento de los genes de mantenimiento representa el efecto de la recuperación del ARNm. Rendimiento de genes relacionados con el ARNr Caracterización de la eficiencia de eliminación del ARNr

4.3 Preguntas frecuentes sobre las perlas magnéticas de ARNm

(1) ¿Por qué se aglomeran las perlas magnéticas y cómo solucionarlo?

——Cuentas magnéticas La aglomeración reducirá el rendimiento y la pureza del ARNm. La muestra puede contener muchas impurezas, como polisacáridos, proteínas y ADN de cadena larga. Estas impurezas darán lugar a perlas magnéticas. aglomeración. La solución es soplar las perlas magnéticas a través de una pipeta. El ADN genómico se puede eliminar mediante tratamiento con DNasa antes de la purificación. Si el tamaño de la muestra inicial es demasiado grande y excede la carga de las perlas magnéticas, estas también se aglomerarán. Se recomienda operar de acuerdo con la cantidad ingresada en el manual.

(2) ¿Por qué el rendimiento del ARNm es bajo?

—Hay muchas razones para un bajo rendimiento de ARNm:

• El nivel de expresión de ARNm de las células o tejidos es bajo, por lo que podemos seleccionar las muestras del período de expresión adecuado o aumentar adecuadamente la cantidad total de entrada de ARN de la muestra.
• La proporción de perlas magnéticas por muestra es demasiado baja, lo que afecta la combinación de ARNm y perlas magnéticas. Intente aumentar el número de perlas magnéticas o reducir la cantidad y el volumen de entrada de la muestra.
• El tiempo de hibridación es demasiado corto, el tiempo de incubación se puede aumentar a 10-15 minutos;
• La elución es insuficiente, es necesario aumentar adecuadamente el volumen del tampón de elución, aumentar el tiempo y la temperatura de elución o repetir el paso de elución dos veces.

(3) ¿Cómo eliminar eficazmente el ARNr?

——Si la operación es incorrecta, el ARNr se unirá de manera no específica a las perlas magnéticas junto con el ARNm durante la purificación. especialmente cuando hay una gran cantidad de entrada de ARN total. En el proceso de purificación se suelen utilizar dos rondas de unión. para evitar eficazmente la contaminación del ARNr. Asegúrese de que esté completamente mezclado durante el experimento de lavado para eliminar la unión no específica y tratar de eliminar la contaminación del ARNr.

(4) Para muchas aplicaciones posteriores, ¿es necesario eluir el ARNm? ¿Interferirán las perlas magnéticas con las reacciones enzimáticas posteriores?

——Algunas reacciones posteriores se pueden llevar a cabo directamente con perlas magnéticas sin eluir los ARNm, como la fragmentación del ARNm y la transcripción inversa en la construcción de bibliotecas de ARN.Sin embargo, si se van a realizar reacciones de PCR, es necesario asegurarse de que no haya contaminación del ADN genómico, ya que de lo contrario se generarán muchos fragmentos de amplificación genómica que interferirán con los resultados experimentales. Se pueden realizar operaciones detalladas de acuerdo con las instrucciones de las reacciones posteriores correspondientes, como la construcción de la biblioteca de ARN-Seq.

(5) ¿Puede el kit separar el ARNm directamente de las células o los tejidos?

——¡No lo recomiendo! El lisado contiene algunos componentes que afectarán la unión del ARNm. Se recomienda utilizar un kit especial.

5. Recomendación de productos de perlas magnéticas Yeasen

Respecto a la lectura

Sobre la tecnología relacionada con NGS, ¿cuánto sabes?

5 minutos para comprender el pasado y el presente de las perlas de selección de ADN (incluido el análisis de resultados y la interpretación de preguntas frecuentes)