Figure 1. Schéma de la structure des billes magnétiques

02 Principe

Les systèmes de billes magnétiques commerciaux comprennent des billes magnétiques, du polyéthylène glycol (PEG), des ions de sel, etc. Les principaux facteurs affectant la récupération de l'ADN sont le PEG, la taille et la concentration de l'ADN, le temps d'incubation, etc. Parmi eux, le PEG est le facteur décisif. Des concentrations élevées de PEG et de NaCl font que l'ADN perd sa couche d'hydratation, se comprime en une forme sphérique et exposer les groupes phosphate chargés négativement. Grâce à la formation d'un « pont électrique » par Na+ avec les groupes carboxyles à la surface des billes magnétiques, l'ADN est adsorbé sur les billes magnétiques. Après l'élimination du PEG et du NaCl, l'effet d'hydratation rompt les liaisons ioniques et l'ADN est purifié. Des ADN de différentes longueurs peuvent être précipités de manière sélective en fonction des changements de concentrations de PEG et de sel.

figure 2. Schéma du principe d'adsorption d'ADN par des billes magnétiques.

UNapplications

Les billes magnétiques sont très appréciées dans le séquençage à haut débit en raison de leurs caractéristiques de débit élevé et de leur aptitude à l'automatisation. Elles sont largement utilisées pour l'extraction, la purification et le tri de l'ADN dans la construction de bibliothèques de séquençage de nouvelle génération (NGS).

01 Extraction d'acide nucléique

Dans la méthode d'extraction par billes magnétiques, le tampon de lyse cellulaire, agissant comme un dénaturant protéique, peut lyser les cellules et libérer les acides nucléiques. Les billes magnétiques sont chargées positivement et ont tendance à adsorber les acides nucléiques chargés négativement. Après la liaison, les impuretés sont éliminées par lavage et capture par champ magnétique. Enfin, les acides nucléiques sont dissociés avec un tampon d'élution. L'ADN/ARN purifié peut être utilisé pour des tests tels que la PCR. Cette méthode est largement appliquée dans l'industrie du diagnostic et prend en charge l'extraction automatisée et à haut débit des acides nucléiques.

figure 3. Schéma du processus d’extraction d’acide nucléique par billes magnétiques.

02 Purification de l'ADN

Le but de la purification de l'ADN est d'éliminer les fragments non ciblés. Les billes magnétiques adsorbent préférentiellement les gros fragments. En contrôlant la proportion de billes magnétiques, l'ADN de tailles spécifiques peut être adsorbé de manière sélective et les petits fragments du surnageant peuvent être éliminés. Enfin, l'ADN cible est élué et récupéré. Il est souvent utilisé pour éliminer les petits fragments tels que les dimères adaptateurs/dimères amorces, ou pour l'enrichissement des échantillons.

figure 4. Schéma du processus de purification de l'ADN.

Lors du processus de purification de l'ADN à l'aide de billes magnétiques, il y aura une perte d'échantillon. L'efficacité de récupération peut être calculée par la formule : Efficacité de récupération = (masse d'ADN après purification / masse d'ADN d'entrée) × 100 %. Les données montrent que la stabilité du lot de billes magnétiques d'ADN Yeasen est bonne et que l'efficacité de récupération est comparable à celle des billes magnétiques XP, ce qui en fait un produit alternatif rentable.

Tableau 1. Calcul de l'efficacité de récupération des billes magnétiques

Échantillon parallèle	échantillon	Entrée (ng)	Purification de l'ADN(1,8×)
			unaprès purification(ng)	Pourcentage de récupération %	unpourcentage moyen de récupération
Échantillon parallèle 1	A-XP	169,5	153,25	90,41%	90,41%
	B-Y		159,75	94,25%	94,50%
	C-YS		162	95,58%
	D-YS		158,75	93,66%
Échantillon parallèle 2	A-XP		156	92,04 %	92,04 %
	B-Y		156,5	92,33%	93,51%
	C-YS		160	94,40%
	D-YS		159	93,81%

【REMARQUE】 : Les données de test des billes magnétiques proviennent d'une certaine société de biotechnologie de Shanghai. Dans le tableau, A représente les billes magnétiques AMPure XP ; B, C et D sont respectivement trois lots différents de billes magnétiques Yeasen.

03 ADN Sélection de taille double

Le séquençage de nouvelle génération (NGS) nécessite que les bibliothèques NGS atteignent une longueur spécifique. Le criblage des fragments est utilisé pour sélectionner les fragments cibles à partir de l'ADN fragmenté. Tirant parti de la caractéristique selon laquelle les billes magnétiques adsorbent préférentiellement les gros fragments, après le premier tour d'adsorption des gros fragments, les billes magnétiques sont éliminées et le surnageant est conservé, les fragments cibles restant dans le surnageant. Au cours du deuxième tour, les billes magnétiques adsorbent les fragments cibles et, après avoir éliminé le surnageant, les fragments cibles sont élués et récupérés.

Figure 5.Sélection de double taille d'ADN aperçu du processus

Pour évaluer la précision du tri, les tailles de fragments triés sous différentes proportions d'entrée de billes magnétiques sont généralement détectées par l'instrument Agilent 2100.

Sous une proportion spécifique de billes magnétiques, les distributions de fragments de différents échantillons doivent être concentrées dans la même position. L'effet de tri idéal est un seul pic étroit et arrondi au sommet. En raison des différences de tampons entre les différents fabricants, les distributions varieront sous une proportion spécifique de billes magnétiques. Avant utilisation, il est nécessaire de se référer au manuel d'instructions pour confirmer la proportion de tri des fragments cibles. Les données montrent que sous la même proportion de tri, les effets de tri des billes magnétiques Yeasen et des billes magnétiques XP importées sont très cohérents.

Tableau 2. Récupération typique

échantillon		Sélection de taille double(0,65×/0,2×)
	Entrée (ng)	Après Sélection de taille double(ng)	Pourcentage de récupération %	Moyenne Pourcentage de récupération
A-XP	276,44	55.2	19,97%	19,97%
B-Y
		61,35	22,19%	22,84%
C-YS		65,4	23,68%
D-YS		62,55	22,63%

【Remarque】 : les données de test des billes magnétiques proviennent d'une certaine société de biotechnologie de Shanghai. Dans le tableau, A représente les billes magnétiques AMPure XP, tandis que B, C et D sont respectivement trois lots différents de billes magnétiques Yeasen.

Informations sur le produit

Hieff NGS^MT Les billes de sélection d'ADN sont basées sur le principe SPRI et combinées à un système tampon optimisé, ce qui les rend adaptées au tri et à la purification des fragments d'ADN dans les bibliothèques de séquençage de nouvelle génération. Ce produit est compatible avec les kits de construction de bibliothèques de différentes marques, et son efficacité de récupération des fragments et la distribution de la taille de la bibliothèque sont similaires à celles des billes magnétiques XP. Il convient de noter que le prix des billes magnétiques Yeasen peut être aussi bas que 3 yuans par bibliothèque, ce qui est trois fois inférieur à celui des billes magnétiques XP importées !

Tableau 3.Recommandations pour Hieff NGS^MT Série de produits à billes magnétiques

Classification de magnétique perles	Nom du produit	Numéro de produit	Tailles	Prix ​​promotionnel(yuans)	applications
ADN perles magnétiques	Hieff NGSMT Billes de sélection d'ADN	12601ES08	5 ml	595	Nettoyage de l'ADN Sélection des tailles d'ADN Purification des produits PCR Purification des produits de digestion et de ligature par enzymes de restriction
		12601ES56	60 ml	3775
		12601ES75	450 ml	15715
	Hieff NGSMT Des billes de nettoyage d'ADN plus intelligentes	12600ES08	5 ml	835	Purification de petits fragments (＞50 pb) Purification de petits fragments dans la construction de la bibliothèque CUT&Tag Purification de petits fragments dans la construction de la bibliothèque ATAC-Seq.
		12600ES56	60 ml	4555
		12600ES75	450 ml	17935
ARN perles magnétiques	Hieff NGSMT Nettoyeur d'ARN	12602ES08	5 ml	635	Construction d'une bibliothèque d'ARN Purification des échantillons d'ARN total après élimination de l'ARN ribosomique (ARNr) Purification de produits d'ARN transcrits ou synthétisés in vitro Purification des produits marqués à l'ARN
		12602ES56	60 ml	2555
		12602ES75	450 ml	23135
	Hieff NGSMT Kit maître d'isolement d'ARNm V2	12629ES24	24 T	308	Isolement et purification de l'ARNm. Construction de bibliothèques de transcriptome
		12629ES96	96 T	1128