您在构建 RNA 文库时是否曾有过疑虑?对某些试剂的毒性以及需要在无光环境中工作的担忧可能会让人感到困惑,尤其是在处理大量样本时。放线菌素 D 通常是这些问题的根源,因为它以毒性和光敏感性而闻名。但为什么放线菌素 D 包含在文库试剂盒中呢?

最近的研究表明,放线菌素 D 具有抑制转录的能力。它通过在转录起始复合物处与 DNA 结合来实现这一功能,从而阻止 RNA 聚合酶延长 RNA 链。本质上,放线菌素 D 会干扰聚合酶活性,阻碍 cDNA 合成过程中第二条链的同时合成。这使得在双链合成中使用 dUTP 代替 dTTP,从而增强 RNA 文库构建中的链特异性。

RNA 文库构建试剂盒中加入放线菌素 D 无疑改善了链特异性文库的构建,显著提高了链特异性。这一创新简化了实验过程,为研究人员简化了实验过程。此外,它还大大提高了链特异性,这是 RNA 相关科学研究的一个关键方面。

图 1:NEB 公司对比测试结果: 放线菌素 D。
图表中的数据显示了显著的结果。超过 90% 的读段与预期的正义链对齐,表明包含放线菌素 D 的序列库具有出色的链特异性。(来自 NEB 网站)

然而,放线菌素 D 也有缺点:它具有毒性,需要避光。在当今对预混和板库构建试剂盒的需求不断增长的背景下,避光的必要性限制了板库试剂盒的进步。

幸运的是,我们不再需要担心放线菌素 D。 Yeasen ZymeEditor 平台引入了突破性的 MMLV 酶突变体,可取代放线菌素 D 的功能。这种新的 该套件无味、无毒,并且o 需要避免 光。它提供了优越的链特异性,消除了与健康和光敏感性相关的担忧。

图 2:对 MMLV 进行工程改造,以识别可能有助于标准 RNA 测序的 MMLV 突变体

12301ES

12308ES

12310ES

12340ES

放线菌素D

×

麦格达

×

伊路明纳

预混料

×

×

元件数量

10

10

6

5

发行年份

2017

2021

2022

2023

表1: 区别性特征 Yeasen的 RNA 库制备试剂盒

图 3. 当使用含放线菌素 D 的试剂盒和不含放线菌素 D 的新试剂盒时,在 RNA 输入量为 10 ng 和 1 μg 时,两种试剂盒的产量相当。然而,在 RNA 输入量为 4 μg 时,不含放线菌素 D 的新试剂盒的产量更高。

图 4. 新试剂盒以 MMLV 突变体为特征,未添加放线菌素 D,与添加放线菌素 D 的试剂盒相比,其链特异性更佳。这种区别更加明显,尤其是在 10 ng 的较低 RNA 输入量下。

Yeasen致力于提升客户体验,在 RNA 文库试剂盒领域不断开拓新天地。

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