Et bemærkelsesværdigt gennembrud i streng-specifik RNA-bibliotekforberedelse

Har du nogensinde været i tvivl, mens du konstruerede et RNA-bibliotek? Bekymringer om toksiciteten af ​​visse reagenser og behovet for at arbejde i et lysfrit miljø kan være ret forvirrende, især når man har at gøre med talrige prøver. Actinomycin D har ofte været kilden til disse bekymringer, da det er kendt for dets toksicitet og lysfølsomhed. Men hvorfor er actinomycin D inkluderet i bibliotekssæt?

Nylige resultater har afsløret, at actinomycin D besidder evnen til at hæmme transkription. Det opnår dette ved at binde til DNA ved transkriptionsinitieringskomplekset og derved forhindre forlængelsen af ​​RNA-kæder med RNA-polymerase. I det væsentlige interfererer actinomycin D med polymeraseaktivitet, hvilket hindrer den samtidige syntese af den anden streng under cDNA-synteseprocessen. Dette giver mulighed for brugen af ​​dUTP i stedet for dTTP i tostrenget syntese, hvilket fører til øget kædespecificitet i RNA-bibliotekskonstruktion.

Inkorporeringen af ​​actinomycin D i RNA-bibliotekskonstruktionssæt har unægtelig forbedret konstruktionen af ​​strengspecifikke biblioteker, hvilket væsentligt forbedrer kædespecificiteten. Denne innovation har strømlinet den eksperimentelle proces og forenklet den for forskere. Desuden har det væsentligt forbedret kædespecificitet, et centralt aspekt af RNA-relaterede videnskabelige undersøgelser.

Actinomycin D har dog sine ulemper: det udviser toksicitet og kræver beskyttelse mod lys. I nutidens landskab med stigende efterspørgsel efter færdigblandede og pladebibliotekskonstruktionssæt, udgør nødvendigheden af ​​at afskærme mod lys begrænsninger for pladesættets fremskridt.

Heldigvis er der ikke længere behov for at bekymre sig om actinomycin D. Yeasen ZymeEditor-platformen har introduceret en banebrydende MMLV-enzymmutant, der erstatter funktionen af ​​actinomycin D. Denne nye Sættet er lugtfrit, ikke-giftigt og no nødt til at undgå lys. Det tilbyder overlegen kædespecificitet, hvilket eliminerer bekymringer relateret til sundhed og lysfølsomhed.

Tabel 1: Kendetegn ved Yeasens RNA Lib Prep Kits

Figur 3. Når kittet indeholdende actinomycin D blev brugt sammen med det nye kit, der mangler actinomycin D, var udbyttet sammenlignelige for begge kits ved RNA-input på 10 ng og 1 μg. Men ved et RNA-input på 4 μg udviste det nye kit uden actinomycin D højere udbytter.

Figur 4. Anvendelsen af ​​det nye kit, der indeholder en MMLV-mutant uden tilsætning af Actinomycin D, resulterer i overlegen strengspecificitet sammenlignet med kittet, der inkorporerer Actinomycin D. Denne skelnen bliver mere udtalt, især ved lavere RNA-input på 10 ng.

Yeasen, dedikeret til at forbedre kundeoplevelsen, fortsætter med at bryde ny vej inden for RNA-bibliotekssæt.

Produktanbefaling