Ett anmärkningsvärt genombrott i strängspecifik RNA-biblioteksförberedelse

Har du någonsin mött tvivel när du byggde ett RNA-bibliotek? Oron för toxiciteten hos vissa reagenser och behovet av att arbeta i en ljusfri miljö kan vara ganska förvirrande, särskilt när det handlar om många prover. Aktinomycin D har ofta varit källan till dessa bekymmer, eftersom det är känt för sin toxicitet och ljuskänslighet. Men varför ingår aktinomycin D i bibliotekssatser?

Nya fynd har visat att aktinomycin D har förmågan att hämma transkription. Den uppnår detta genom att binda till DNA vid transkriptionsinitieringskomplexet, och därigenom förhindra förlängning av RNA-kedjor av RNA-polymeras. I huvudsak interfererar aktinomycin D med polymerasaktivitet, vilket hindrar den samtidiga syntesen av den andra strängen under cDNA-syntesprocessen. Detta möjliggör användning av dUTP istället för dTTP i tvåsträngssyntes, vilket leder till ökad kedjespecificitet i RNA-bibliotekskonstruktion.

Inkorporeringen av aktinomycin D i RNA-bibliotekskonstruktionssatser har onekligen förbättrat konstruktionen av strängspecifika bibliotek, vilket avsevärt förbättrat kedjespecificiteten. Denna innovation har effektiviserat den experimentella processen och förenklat den för forskare. Dessutom har det väsentligt förbättrad kedjespecificitet, en central aspekt av RNA-relaterade vetenskapliga undersökningar.

Emellertid har aktinomycin D sina nackdelar: det uppvisar toxicitet och kräver skydd mot ljus. I dagens landskap med ökande efterfrågan på färdigblandade och plåtbibliotekskonstruktionssatser, innebär nödvändigheten att skydda mot ljus begränsningar för plåtsatsens framsteg.

Lyckligtvis finns det inte längre ett behov av att oroa sig för aktinomycin D. Yeasen ZymeEditor-plattformen har introducerat en banbrytande MMLV-enzymmutant som ersätter funktionen av aktinomycin D. Denna nya Satsen är luktfri, giftfri och no behöver undvika ljus. Den erbjuder överlägsen kedjespecificitet, vilket eliminerar farhågor relaterade till hälsa och ljuskänslighet.

Tabell 1: Utmärkande egenskaper hos Yeasens RNA Lib Prep Kit

Figur 3. När man använder kitet som innehåller aktinomycin D tillsammans med det nya kitet som saknar aktinomycin D, var utbyten jämförbara för båda kiten vid RNA-inmatningar på 10 ng och 1 μg. Men vid en RNA-inmatning på 4 μg uppvisade det nya kitet utan aktinomycin D högre avkastning.

Figur 4. Användningen av det nya kitet, som innehåller en MMLV-mutant utan tillsats av Actinomycin D, resulterar i överlägsen strängspecificitet jämfört med kitet som innehåller Actinomycin D. Denna distinktion blir mer uttalad, särskilt vid lägre RNA-inmatningar på 10 ng.

Yeasen, dedikerad till att förbättra kundupplevelsen, fortsätter att bryta ny mark inom området för RNA-bibliotekssatser.

Produktrekommendation