直接 PCR,無需萃取
直接PCR是直接利用血液、動物或植物組織等擴增的反應,不需要進行核酸萃取和核酸純化的步驟。它為DNA擴增帶來了前所未有的便利,可以節省大量時間。那麼直接PCR所用的試劑和產品有哪些呢?
1. 什麼是直接 PCR
2. 直接 PCR 需要哪些試劑
3. Direct PCR Kit應用場景及特點
4. 產品數據
5. 客戶回饋
6. 產品訂購資訊
1. 什麼是直接 PCR
經過全球無數學者的不斷補充與完善,PCR技術已成為整個生命科學領域應用最廣泛、最頻繁、最重要的基礎研究方法。在傳統PCR技術的廣泛應用基礎上發展起來的Touch Down PCR、RT-PCR、Real-Time PCR、Multi PCR等以及最新的Digital PCR(數位PCR)大大豐富了廣大科研人員的研究。這些方法大大加速了現代生命科學特別是分子生物學的發展,為全人類對生命和自然的研究做出了巨大貢獻。傳統的PCR技術以及由此衍生的各種新技術、新應用都有一個前提條件,即需要事先獲得高純度的核酸模板。任何生物樣本都需要經過一系列複雜、繁瑣的樣本處理,才能取得符合PCR技術要求的核酸樣本。 DNA和RNA的分離萃取一直是相關科技人員每天需要重複的基礎工作。由於樣本之間差異巨大,DNA和RNA的分離萃取過程也有很大不同。此項工作對操作人員的技術熟練程度有很高的要求。由於傳統的分離萃取技術中使用了一些劇毒的化學試劑,長期接觸會對操作人員的身體造成不可逆的損害,甚至在實驗過程中造成直接傷害。苯酚、氯仿等化學試劑是實驗室中的重要致癌物質,而植物組織核酸分離萃取過程中所使用的液態氮由於其超低溫特性,對實驗過程中操作人員的安全構成較大威脅。同時,對於擁有大量樣本需要研究的人來說,分離萃取核酸是一項勞力密集的任務。現在市面上的核酸分離萃取試劑盒已經成熟,品牌眾多,但都大致相同。無論是矽膠膜柱離心試劑盒,或是磁珠法試劑盒,都需要花費大量的時間,而且成本較高。除了試劑盒的成本外,對實驗室設備也有特殊要求。磁珠法採用的自動化工作站是非常典型的大型高值設備,對實驗室來說是一筆龐大的開銷。綜上所述,在進行PCR實驗之前,樣本預處理是讓科學研究人員無法避免且一直頭痛的問題。如何解決這個問題,不進行核酸分離萃取,直接進行PCR實驗,一直是許多科學研究人員和臨床檢驗人員思考的問題。
直接PCR是不需要萃取核酸,直接利用動物或植物組織進行擴增的反應。在許多方面,直接 PCR 的工作原理與傳統 PCR 類似。主要區別在於直接 PCR 中使用的客製化緩衝液。樣本不需經過核酸萃取即可直接進行PCR反應,但對直接PCR反應中涉及的酵素的耐受性、緩衝液的相容性都有相應的要求。儘管常見樣本中存在或多或少的PCR抑制劑,但直接PCR在酵素和緩衝液的作用下仍然可以實現可靠的擴增。然而傳統的PCR反應需要採用高品質的核酸作為反應模板。若模板中含有蛋白質等雜質,將會抑制PCR反應的順利進行。
直接PCR最早應用領域是動植物領域,如小鼠、貓、雞、兔、羊、牛等動物的血液、組織、毛髮等;植物葉片、種子等,用於基因分型、轉基因、質粒檢測、基因敲除分析、DNA來源鑑定、物種鑑定、SNP分析等領域研究。這些領域有一些共同的特點,即目的基因含量相對較高,核酸提取比較麻煩。因此直接PCR不僅節省時間、對結果影響小,還節省成本。
2. 直接 PCR 需要哪些試劑
2.1 樣品裂解液
樣品裂解液可以自行製備或購買。不同品牌的裂解液成分不同,會造成裂解能力的差異,進而裂解時間也會略有不同。例如,動物組織樣本的製備,一般建議裂解30分鐘或過夜,而病毒的裂解時間為3-10分鐘。
2.2 PCR 預混液
建議使用熱啟動DNA聚合酶,以增強特異性擴增和更強的擴增能力。直接 PCR 的核心是高抗性聚合酶。
2.3 去除或抑制樣本中影響DNA擴增的成分
樣本經過裂解液處理後,會釋放出蛋白質、脂質和其他細胞碎片,這些物質會抑制PCR反應。因此直接PCR需要添加相應的去除或抑制劑來減少這些因素的影響。
3. Direct PCR Kit應用場景及特點
直接 PCR 試劑盒
圖 1.直接 PCR 技術。
A.直接法:取少量樣本直接加入PCR Mix進行PCR鑑定。 B.裂解法:將樣本加入裂解液中釋放基因組,取少量裂解上清加入PCR Mix中進行PCR鑑定。
3.1 應用
動物基因擴增檢測、基因改造動物基因分型、基因改造植物鑑定、植物基因分型等。
3.2 特點
★ 直接:無需 DNA 純化;
★ 快速:10分鐘完成模板製備,50分鐘完成PCR反應;
★ 簡單:無需剪切或研磨即可裂解樣品;
PCR Mix 採用主混合物的形式,減少了樣品添加步驟
★ 節省:減少材料消耗
★ 高通量:裂解反應可在96孔板中完成
★ 強抑制劑耐受性
4. 產品數據
4.1 多動物通用型:動物組織直接PCR試劑盒
4.1.1最快:縮短手術時間
圖 2. 來自
4.1.2 例:基因敲除小鼠的基因型鑑定
圖3.動物組織直接PCR試劑盒檢測基因敲除動物的直接擴增結果。
M: 100bp DNA 梯子。 1-8泳道:以裂解物為模板。 +:50 ng 純化的基因組 DNA 作為模板。 ﹣:以去離子水為模板。循環次數:35次。單一片段(580bp):敲除動物純合基因組。單一片段(180bp):野生型基因組。兩個片段(580bp/180bp):敲除動物雜合基因組。
4.2 囓齒類動物專用:小鼠組織直接 PCR 試劑盒
4.2.1 更快:足夠的基因釋放
圖4 小鼠組織直接PCR試劑盒不同裂解時間的直接擴增結果。
M: 100bp DNA 梯子。 +:50 ng 純化的基因組 DNA 作為模板。循環次數:35次。
4.2.2 優於一般鹼裂解法
圖5. 不同裂解方法處理的小鼠尾部SOX21基因擴增結果。
M:100 bp DNA 梯子。 1-2 泳道:經由一般鹼性裂解所得的裂解物作為模板。泳道 3-4:以小鼠組織直接 PCR 試劑盒為模板的裂解物。 +:50 ng 純化基因組 DNA 作為模板。 -:以去離子水為模板。循環次數:35次。
4.2.3 與同類產品比較
圖6.不同品牌同類產品處理小鼠尾部SOX21基因擴增結果。
M:100 bp DNA 梯子。 +:50 ng 純化的基因組 DNA 作為模板。循環次數:35次。
4.3 植物組織直接PCR試劑盒
4.3.1 多類型植物樣品驗證
圖7.不同植物葉子直接擴增的結果。
M:100 bp DNA 梯子。 C:純化的基因組DNA作為模板。1-2泳道:以葉組織裂解物為模板。循環次數:30次。
5. 客戶回饋
5.1 小鼠基因分型
圖8.北京吉實生命科技有限公司使用者使用小鼠組織直接PCR試劑盒進行小鼠基因型鑑定結果。
5.2 水稻直接 PCR
圖9.華中農業大學使用者利用植物組織直接PCR試劑盒擴增水稻相關基因。
6. 產品訂購資訊
表 1. 產品訂購資訊
產品名稱 | 貓# | 尺寸 |
2× Hieff™ Ultra-Rapid II HotStart PCR Master Mix(菌落直接 PCR) | 10167ES | 1毫升/5毫升 |
小鼠組織直接 PCR 試劑盒(含染料) | 10185ES | 50噸/200噸 |
植物組織直接 PCR 試劑盒(含染料) | 10187ES | 50噸/200噸 |
血液進階直接 PCR 試劑盒(含染料) | 10188ES | 20/50/100/500噸 |
小鼠組織/細胞裂解試劑 | 19697ES | 50噸/200噸 |