直接 PCR,無需萃取

直接PCR是直接利用血液、動物或植物組織等擴增的反應,不需要進行核酸萃取和核酸純化的步驟。它為DNA擴增帶來了前所未有的便利,可以節省大量時間。那麼直接PCR所用的試劑和產品有哪些呢?

1. 什麼是直接 PCR
2. 直接 PCR 需要哪些試劑
3. Direct PCR Kit應用場景及特點
4. 產品數據
5. 客戶回饋
6. 產品訂購資訊

1. 什麼是直接 PCR

經過全球無數學者的不斷補充與完善,PCR技術已成為整個生命科學領域應用最廣泛、最頻繁、最重要的基礎研究方法。在傳統PCR技術的廣泛應用基礎上發展起來的Touch Down PCR、RT-PCR、Real-Time PCR、Multi PCR等以及最新的Digital PCR(數位PCR)大大豐富了廣大科研人員的研究。這些方法大大加速了現代生命科學特別是分子生物學的發展,為全人類對生命和自然的研究做出了巨大貢獻。傳統的PCR技術以及由此衍生的各種新技術、新應用都有一個前提條件,即需要事先獲得高純度的核酸模板。任何生物樣本都需要經過一系列複雜、繁瑣的樣本處理,才能取得符合PCR技術要求的核酸樣本。 DNA和RNA的分離萃取一直是相關科技人員每天需要重複的基礎工作。由於樣本之間差異巨大,DNA和RNA的分離萃取過程也有很大不同。此項工作對操作人員的技術熟練程度有很高的要求。由於傳統的分離萃取技術中使用了一些劇毒的化學試劑,長期接觸會對操作人員的身體造成不可逆的損害,甚至在實驗過程中造成直接傷害。苯酚、氯仿等化學試劑是實驗室中的重要致癌物質,而植物組織核酸分離萃取過程中所使用的液態氮由於其超低溫特性,對實驗過程中操作人員的安全構成較大威脅。同時,對於擁有大量樣本需要研究的人來說,分離萃取核酸是一項勞力密集的任務。現在市面上的核酸分離萃取試劑盒已經成熟,品牌眾多,但都大致相同。無論是矽膠膜柱離心試劑盒,或是磁珠法試劑盒,都需要花費大量的時間,而且成本較高。除了試劑盒的成本外,對實驗室設備也有特殊要求。磁珠法採用的自動化工作站是非常典型的大型高值設備,對實驗室來說是一筆龐大的開銷。綜上所述,在進行PCR實驗之前,樣本預處理是讓科學研究人員無法避免且一直頭痛的問題。如何解決這個問題,不進行核酸分離萃取,直接進行PCR實驗,一直是許多科學研究人員和臨床檢驗人員思考的問題。

直接PCR是不需要萃取核酸,直接利用動物或植物組織進行擴增的反應。在許多方面,直接 PCR 的工作原理與傳統 PCR 類似。主要區別在於直接 PCR 中使用的客製化緩衝液。樣本不需經過核酸萃取即可直接進行PCR反應,但對直接PCR反應中涉及的酵素的耐受性、緩衝液的相容性都有相應的要求。儘管常見樣本中存在或多或少的PCR抑制劑,但直接PCR在酵素和緩衝液的作用下仍然可以實現可靠的擴增。然而傳統的PCR反應需要採用高品質的核酸作為反應模板。若模板中含有蛋白質等雜質,將會抑制PCR反應的順利進行。

直接PCR最早應用領域是動植物領域,如小鼠、貓、雞、兔、羊、牛等動物的血液、組織、毛髮等;植物葉片、種子等,用於基因分型、轉基因、質粒檢測、基因敲除分析、DNA來源鑑定、物種鑑定、SNP分析等領域研究。這些領域有一些共同的特點,即目的基因含量相對較高,核酸提取比較麻煩。因此直接PCR不僅節省時間、對結果影響小,還節省成本。

2. 直接 PCR 需要哪些試劑

2.1 樣品裂解液

樣品裂解液可以自行製備或購買。不同品牌的裂解液成分不同,會造成裂解能力的差異,進而裂解時間也會略有不同。例如,動物組織樣本的製備,一般建議裂解30分鐘或過夜,而病毒的裂解時間為3-10分鐘。

2.2 PCR 預混液

建議使用熱啟動DNA聚合酶,以增強特異性擴增和更強的擴增能力。直接 PCR 的核心是高抗性聚合酶。

2.3 去除或抑制樣本中影響DNA擴增的成分

樣本經過裂解液處理後,會釋放出蛋白質、脂質和其他細胞碎片,這些物質會抑制PCR反應。因此直接PCR需要添加相應的去除或抑制劑來減少這些因素的影響。

3. Direct PCR Kit應用場景及特點

直接 PCR 試劑盒 Yeasen 可直接擴增植物、動物組織或血液等樣本,無需核酸純化,大幅簡化了PCR實驗流程。使用未經基因組純化的原始樣本(圖 1A)或其裂解物(圖 1B)作為模板進行基於 PCR 的基因分型(圖 1)。與一般的PCR基因分型相比,直接PCR試劑盒樣本消耗少,操作簡單,實驗成本低,且能獲得高品質的定量樣本檢測。

Figure 1. Direct PCR technology.

圖 1.直接 PCR 技術。

A.直接法:取少量樣本直接加入PCR Mix進行PCR鑑定。 B.裂解法:將樣本加入裂解液中釋放基因組,取少量裂解上清加入PCR Mix中進行PCR鑑定。

3.1 應用

動物基因擴增檢測、基因改造動物基因分型、基因改造植物鑑定、植物基因分型等。

3.2 特點

★   直接:無需 DNA 純化;
★   快速:10分鐘完成模板製備,50分鐘完成PCR反應;
★   簡單:無需剪切或研磨即可裂解樣品;
PCR Mix 採用主混合物的形式,減少了樣品添加步驟
★   節省:減少材料消耗
★   高通量:裂解反應可在96孔板中完成
★   強抑制劑耐受性

4. 產品數據

4.1 多動物通用型:動物組織直接PCR試劑盒

4.1.1最快:縮短手術時間

Figure 2. An animal tissue direct PCR kit from Yeasen could save more time.

圖 2. 來自 Yeasen 可以節省更多時間。

4.1.2 例:基因敲除小鼠的基因型鑑定

Figure 3. The results of direct amplification of animal tissue direct PCR kit for detection of gene knockout animals.

圖3.動物組織直接PCR試劑盒檢測基因敲除動物的直接擴增結果。

M: 100bp DNA 梯子。 1-8泳道:以裂解物為模板。 +:50 ng 純化的基因組 DNA 作為模板。 ﹣:以去離子水為模板。循環次數:35次。單一片段(580bp):敲除動物純合基因組。單一片段(180bp):野生型基因組。兩個片段(580bp/180bp):敲除動物雜合基因組。

4.2 囓齒類動物專用:小鼠組織直接 PCR 試劑盒

4.2.1 更快:足夠的基因釋放

Figure 4 Direct amplification results of mouse tissue direct PCR kit with different lysis times.

圖4 小鼠組織直接PCR試劑盒不同裂解時間的直接擴增結果。

M: 100bp DNA 梯子。 +:50 ng 純化的基因組 DNA 作為模板。循環次數:35次。

4.2.2 優於一般鹼裂解法

Figure 5. SOX21 gene amplification results of mouse tail treated with different lysis methods.

圖5. 不同裂解方法處理的小鼠尾部SOX21基因擴增結果。

M:100 bp DNA 梯子。 1-2 泳道:經由一般鹼性裂解所得的裂解物作為模板。泳道 3-4:以小鼠組織直接 PCR 試劑盒為模板的裂解物。 +:50 ng 純化基因組 DNA 作為模板。 -:以去離子水為模板。循環次數:35次。

4.2.3 與同類產品比較

Figure 6. SOX21 gene amplification results of mouse tail treated with similar products from different brands.

圖6.不同品牌同類產品處理小鼠尾部SOX21基因擴增結果。

M:100 bp DNA 梯子。 +:50 ng 純化的基因組 DNA 作為模板。循環次數:35次。

4.3 植物組織直接PCR試劑盒

4.3.1 多類型植物樣品驗證

Figure 7. Results of direct amplification of leaves from different plants.

圖7.不同植物葉子直接擴增的結果。

M:100 bp DNA 梯子。 C:純化的基因組DNA作為模板。1-2泳道:以葉組織裂解物為模板。循環次數:30次。

5. 客戶回饋

5.1 小鼠基因分型

Figure 8. The results of mouse genotype identification using mouse tissue direct PCR kit by users from Beijing Jishi Life Technology Co., Ltd.

圖8.北京吉實生命科技有限公司使用者使用小鼠組織直接PCR試劑盒進行小鼠基因型鑑定結果。

5.2 水稻直接 PCR

Figure 9. Amplification of rice-related genes using plant tissue direct PCR kits by users of Huazhong Agricultural University.

圖9.華中農業大學使用者利用植物組織直接PCR試劑盒擴增水稻相關基因。

6. 產品訂購資訊

Yeasen 是一家從事分子、蛋白質、細胞三大生物試劑研發、生產和銷售的生物技術公司。提供的產品 Yeasen 如下。

表 1. 產品訂購資訊

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