Una notevole svolta nella preparazione della libreria RNA specifica per il filo

Hai mai avuto dubbi durante la costruzione di una libreria di RNA? Le preoccupazioni sulla tossicità di alcuni reagenti e la necessità di lavorare in un ambiente privo di luce possono essere piuttosto sconcertanti, in particolare quando si ha a che fare con numerosi campioni. L'actinomicina D è stata spesso la fonte di queste preoccupazioni, in quanto è nota per la sua tossicità e sensibilità alla luce. Ma perché l'actinomicina D è inclusa nei kit di librerie?

Recenti scoperte hanno rivelato che l'actinomicina D possiede la capacità di inibire la trascrizione. Ciò avviene legandosi al DNA nel complesso di inizio della trascrizione, impedendo così l'allungamento delle catene di RNA da parte della RNA polimerasi. In sostanza, l'actinomicina D interferisce con l'attività della polimerasi, ostacolando la sintesi simultanea del secondo filamento durante il processo di sintesi del cDNA. Ciò consente l'uso di dUTP invece di dTTP nella sintesi a due filamenti, portando a una maggiore specificità della catena nella costruzione della libreria di RNA.

L'incorporazione dell'actinomicina D nei kit di costruzione di librerie di RNA ha innegabilmente migliorato la costruzione di librerie specifiche per filamento, migliorando significativamente la specificità della catena. Questa innovazione ha semplificato il processo sperimentale, semplificandolo per i ricercatori. Inoltre, ha migliorato sostanzialmente la specificità della catena, un aspetto fondamentale delle indagini scientifiche correlate all'RNA.

Tuttavia, l'actinomicina D ha i suoi svantaggi: è tossica e richiede protezione dalla luce. Nel panorama odierno di crescente domanda di kit di costruzione di librerie premiscelate e su piastra, la necessità di schermare dalla luce pone delle limitazioni ai progressi dei kit su piastra.

Fortunatamente, non c'è più bisogno di preoccuparsi dell'actinomicina D. La piattaforma Yeasen ZymeEditor ha introdotto un rivoluzionario mutante enzimatico MMLV che sostituisce la funzione dell'actinomicina D. Questo nuovo Il kit è inodore, non tossico e no bisogno di evitare luce. Offre una specificità di catena superiore, eliminando le preoccupazioni relative alla salute e alla sensibilità alla luce.

Tabella 1: Caratteristiche distintive dei kit di preparazione RNA Lib di Yeasen

Figura 3. Utilizzando il kit contenente actinomicina D insieme al nuovo kit privo di actinomicina D, le rese sono state comparabili per entrambi i kit con input di RNA di 10 ng e 1 μg. Tuttavia, con un input di RNA di 4 μg, il nuovo kit senza actinomicina D ha mostrato rese più elevate.

Figura 4. L'utilizzo del nuovo kit, caratterizzato da un mutante MMLV senza l'aggiunta di Actinomicina D, determina una specificità del filamento superiore rispetto al kit che incorpora Actinomicina D. Questa distinzione diventa più pronunciata, in particolare a input di RNA inferiori a 10 ng.

Yeasen, impegnato a migliorare l'esperienza del cliente, continua a esplorare nuove strade nel campo dei kit di librerie di RNA.

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