您在建構 RNA 文庫時是否曾面臨疑問?對某些試劑的毒性以及需要在無光環境中工作的擔憂可能會令人相當困惑,特別是在處理大量樣本時。放線菌素 D 常常成為這些問題的根源,因為它具有毒性和光敏感性。但是為什麼放線菌素 D 包含在文庫試劑盒中?

最近的研究表明,放線菌素 D 具有抑制轉錄的能力。它透過在轉錄起始複合物上與 DNA 結合來實現這一點,從而阻止 RNA 聚合酶延長 RNA 鏈。本質上,放線菌素 D 會幹擾聚合酶活性,阻礙 cDNA 合成過程中第二鏈的同時合成。這使得在雙股合成中使用 dUTP 代替 dTTP 成為可能,從而增強 RNA 文庫建構中的鏈特異性。

放線菌素 D 在 RNA 文庫建構試劑盒中的加入無疑地改善了鏈特異性文庫的構建,顯著提高了鏈特異性。這項創新簡化了實驗流程,為研究人員簡化了實驗過程。此外,它大大提高了鏈特異性,這是 RNA 相關科學研究的關鍵方面。

圖 1:NEB 公司比較測試結果: 放線菌素 D。
圖表中所描繪的數據揭示了一個顯著的結果。超過 90% 的讀段與預期的正義鏈對齊,表明包含放線菌素 D 的序列文庫具有出色的鏈特異性。

然而,放線菌素 D 也有其缺點:它具有毒性並且需要避光。在當今對預混和板庫建構套件的需求不斷增加的背景下,避光的必要性對板套件的進步造成了限制。

幸運的是,我們不再需要擔心放線菌素 D。 Yeasen ZymeEditor 平台引入了突破性的 MMLV 酶突變體,可取代放線菌素 D 的功能。 該套件無味、無毒,且o 需要避免 光。它具有卓越的鏈特異性,消除了與健康和光敏感性相關的擔憂。

圖 2:對 MMLV 進行工程改造,以識別可能有助於標準 RNA 定序的 MMLV 突變體

12301ES

12308ES

12310ES

12340ES

放線菌素D

×

麥格達

×

伊路明納

預混料

×

×

元件數量

10

10

6

5

發行年份

2017

2021

2022

2023

表1: 區別性特徵 Yeasen的 RNA 庫製備試劑盒

圖 3. 當使用含有放線菌素 D 的試劑盒與缺乏放線菌素 D 的新試劑盒時,在 RNA 輸入量為 10 ng 和 1 μg 時,兩個試劑盒的產量相當。然而,當 RNA 輸入量為 4 μg 時,不含放線菌素 D 的新試劑盒表現出更高的產量。

圖 4. 新試劑盒以 MMLV 突變體為特徵,未添加放線菌素 D,與添加放線菌素 D 的試劑盒相比,其鏈特異性更佳。

Yeasen致力於提升顧客體驗,在 RNA 文庫試劑盒領域不斷開拓新天地。

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