Ein bemerkenswerter Durchbruch bei der Vorbereitung der Strangspezifischen RNA-Bibliothek

Hatten Sie beim Aufbau einer RNA-Bibliothek schon einmal Zweifel? Bedenken hinsichtlich der Toxizität bestimmter Reagenzien und der Notwendigkeit, in einer lichtfreien Umgebung zu arbeiten, können ziemlich verwirrend sein, insbesondere beim Umgang mit zahlreichen Proben. Actinomycin D war oft die Quelle dieser Bedenken, da es für seine Toxizität und Lichtempfindlichkeit bekannt ist. Aber warum ist Actinomycin D in Bibliothekskits enthalten?

Jüngste Erkenntnisse haben gezeigt, dass Actinomycin D die Fähigkeit besitzt, die Transkription zu hemmen. Dies erreicht es, indem es am Transkriptionsinitiationskomplex an DNA bindet und so die Verlängerung von RNA-Ketten durch RNA-Polymerase verhindert. Im Wesentlichen stört Actinomycin D die Polymeraseaktivität und behindert die gleichzeitige Synthese des zweiten Strangs während des cDNA-Syntheseprozesses. Dies ermöglicht die Verwendung von dUTP anstelle von dTTP bei der Zweistrangsynthese, was zu einer verbesserten Kettenspezifität beim Aufbau von RNA-Bibliotheken führt.

Die Einbindung von Actinomycin D in RNA-Bibliotheksbaukästen hat die Konstruktion strangspezifischer Bibliotheken unbestreitbar verbessert und die Kettenspezifität deutlich erhöht. Diese Innovation hat den experimentellen Prozess rationalisiert und ihn für Forscher vereinfacht. Darüber hinaus hat sie die Kettenspezifität, einen zentralen Aspekt RNA-bezogener wissenschaftlicher Untersuchungen, erheblich verbessert.

Actinomycin D hat jedoch auch seine Nachteile: Es ist toxisch und muss vor Licht geschützt werden. Angesichts der steigenden Nachfrage nach vorgefertigten Kits und Kits zum Aufbau von Plattenbibliotheken stellt die Notwendigkeit des Lichtschutzes eine Einschränkung für die Weiterentwicklung von Plattenkits dar.

Glücklicherweise besteht kein Grund mehr, sich über Actinomycin D Sorgen zu machen. Die Yeasen ZymeEditor-Plattform hat einen bahnbrechenden MMLV-Enzymmutanten eingeführt, der die Funktion von Actinomycin D ersetzt. Diese neue Das Kit ist geruchlos, ungiftig und no müssen vermeiden Licht. Es bietet eine überlegene Kettenspezifität und beseitigt Bedenken in Bezug auf Gesundheit und Lichtempfindlichkeit.

Tabelle 1: Besondere Merkmale der RNA Lib Prep Kits von Yeasen

Abbildung 3. Bei Verwendung des Kits mit Actinomycin D zusammen mit dem neuen Kit ohne Actinomycin D waren die Ausbeuten bei RNA-Eingaben von 10 ng und 1 μg für beide Kits vergleichbar. Bei einer RNA-Eingabe von 4 μg wies das neue Kit ohne Actinomycin D jedoch höhere Ausbeuten auf.

Abbildung 4. Die Verwendung des neuen Kits mit einem MMLV-Mutanten ohne Zusatz von Actinomycin D führt zu einer höheren Strangspezifität im Vergleich zum Kit mit Actinomycin D. Dieser Unterschied wird insbesondere bei geringeren RNA-Zugaben von 10 ng deutlicher.

Yeasen hat sich der Verbesserung des Kundenerlebnisses verschrieben und beschreitet weiterhin Neuland im Bereich der RNA-Bibliothekskits.

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