RNA 라이브러리를 구성하는 동안 의심에 직면한 적이 있습니까? 특정 시약의 독성과 빛이 없는 환경에서 작업해야 한다는 필요성에 대한 우려는 특히 수많은 샘플을 다룰 때 매우 당혹스러울 수 있습니다. 액티노마이신 D는 종종 이러한 우려의 원천이 되었는데, 독성과 빛에 민감한 것으로 알려져 있기 때문입니다. 하지만 라이브러리 키트에 액티노마이신 D가 포함된 이유는 무엇일까요?

최근의 연구 결과에 따르면 액티노마이신 D는 전사를 억제하는 능력을 가지고 있는 것으로 밝혀졌습니다. 이것은 전사 개시 복합체에서 DNA에 결합하여 RNA 중합효소에 의한 RNA 사슬의 연장을 방지함으로써 달성됩니다. 본질적으로 액티노마이신 D는 중합효소 활동을 방해하여 cDNA 합성 과정 동안 두 번째 가닥의 동시 합성을 방해합니다. 이를 통해 2가닥 합성에서 dTTP 대신 dUTP를 사용할 수 있어 RNA 라이브러리 구축에서 사슬 특이성이 향상됩니다.

RNA 라이브러리 구축 키트에 액티노마이신 D를 통합하면 가닥 특이적 라이브러리 구축이 확실히 개선되어 사슬 특이성이 크게 향상되었습니다. 이 혁신은 실험 과정을 간소화하여 연구자에게 단순화되었습니다. 게다가 RNA 관련 과학적 탐구의 핵심 측면인 사슬 특이성이 크게 향상되었습니다.

그림 1: NEB 회사별 비교 시험 결과: 액티노마이신 D 의 영향
그래프에 나타난 데이터는 놀라운 결과를 보여줍니다. 90% 이상의 판독이 예상된 양성 스트랜드와 정렬되어 액티노마이신 D를 포함하는 시퀀스 라이브러리의 뛰어난 체인 특이성을 보여줍니다. (NEB 웹사이트에서 발췌)

그러나 액티노마이신 D에는 단점이 있습니다. 독성이 있고 빛으로부터 보호해야 합니다. 오늘날 사전 혼합 및 플레이트 라이브러리 구축 키트에 대한 수요가 증가하는 상황에서 빛으로부터 보호해야 할 필요성은 플레이트 키트 발전에 제한을 가합니다.

다행히도 액티노마이신 D에 대해 더 이상 걱정할 필요가 없습니다. Yeasen ZymeEditor 플랫폼은 액티노마이신 D의 기능을 대체하는 획기적인 MMLV 효소 돌연변이를 도입했습니다. 이 새로운 키트는 무취, 무독성이며 빛을 피할 필요가 없습니다. 뛰어난 사슬 특이성을 제공하여 건강 및 빛 민감성과 관련된 우려를 제거합니다.

그림 2: Standed RNA-seq에 기여할 수 있는 MMLV 돌연변이를 식별하기 위한 MMLV 엔지니어링

12301ES

12308ES

12310ES

12340ES

액티노마이신 D

×

엠지아이

×

일루미나

프리믹스

×

×

구성품 수량

10

10

6

5

출시년도

2017

2021

2022

2023

표 1: Yeasen RNA Lib Prep Kit의 구별되는 특징

그림 3. 액티노마이신 D가 없는 새로운 키트와 함께 액티노마이신 D가 포함된 키트를 사용했을 때, RNA 입력 10ng과 1μg에서 두 키트 모두 수율이 비슷했습니다. 그러나 RNA 입력 4μg에서 액티노마이신 D가 없는 새로운 키트가 더 높은 수율을 보였습니다.

그림 4. 액티노마이신 D를 추가하지 않고 MMLV 돌연변이를 특징으로 하는 새로운 키트를 활용하면 액티노마이신 D를 통합한 키트에 비해 더 뛰어난 스트랜드 특이성을 얻을 수 있습니다. 이러한 차이는 특히 10ng의 낮은 RNA 입력에서 더욱 두드러집니다.

고객 경험 향상에 전념하는 Yeasen은 RNA 라이브러리 키트 분야에서 계속해서 새로운 영역을 개척하고 있습니다.

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